Majelis Genom Jamur De novo
BMKGENE menawarkan solusi serbaguna untuk genom jamur, memenuhi beragam kebutuhan penelitian dan kelengkapan genom yang diinginkan. Memanfaatkan sekuensing Illumina yang dibaca singkat saja memungkinkan pembuatan rancangan genom. Urutan baca pendek dan baca panjang menggunakan Nanopore atau Pacbio digabungkan untuk genom jamur yang lebih halus dengan contig yang lebih panjang. Selain itu, pengintegrasian pengurutan Hi-C semakin meningkatkan kemampuan, memungkinkan pencapaian genom tingkat kromosom yang lengkap.
Fitur Layanan
Dengan tiga opsi yang dapat dipilih tergantung pada tingkat kelengkapan genom yang diinginkan:
● Opsi Draf Genom: Urutan baca singkat dengan Illumina NovaSeq PE150.
● Opsi Genom Halus Jamur:
Survei Genom: Illumina NovaSeq PE150.
Perakitan Genom: PacBio Revio (bacaan HiFi) atau Nanopore PromethION 48.
● Genom Jamur Tingkat Kromosom:
Survei Genom: Illumina NovaSeq PE150.
Perakitan Genom: PacBio Revio (bacaan HiFi) atau Nanopore PromethION 48.
Contig penahan dengan perakitan Hi-C.
Keunggulan Layanan
●Tersedia Berbagai Strategi Pengurutan: Untuk tujuan penelitian yang berbeda dan persyaratan kelengkapan genom
●Alur Kerja Bioinformatika Lengkap:Ini termasuk perakitan genom dan prediksi beberapa elemen genom, anotasi gen fungsional, dan penahan contig.
●Keahlian yang Luas: Dengan lebih dari 12.000 genom mikroba yang dikumpulkan, kami menghadirkan pengalaman lebih dari satu dekade, tim analisis yang sangat terampil, konten komprehensif, dan dukungan pasca-penjualan yang sangat baik.
●Dukungan Pasca Penjualan:Komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan periode layanan purna jual 3 bulan. Selama waktu ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasil.
Spesifikasi Layanan
| Melayani | Strategi Pengurutan | Kontrol Kualitas |
| Draf Genom | Menerangi PE150 100x | Q30≥85% |
| Genom Halus | Survei genom: Illumina PE150 50 x Perakitan: PacBio HiFi 30x atau Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb（Pacbio Uniseluler） contig N50 ≥2Mb（ONT Uniseluler） contig N50 ≥500kb（Lainnya） |
| Genom tingkat kromosom | Survei genom: Illumina PE150 50 x Perakitan: PacBio HiFi 30x atau Nanopore 100x Perakitan Hi-C 100x | Rasio penahan lanjutan>90%
|
Persyaratan Layanan
| Konsentrasi (ng/µL) | Jumlah total (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| nanopori | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| menerangi | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Jamur Uniseluler: ≥3.5x1010 sel
Jamur Makro: ≥10 g
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Pembangunan perpustakaan
Urutan
Analisis data
Layanan purna jual
Termasuk Analisis Berikut:
Survei Genom:
- Mengurutkan kontrol kualitas data
- Estimasi genom: ukuran, heterozigositas, elemen berulang
Perakitan Genom Halus:
- Mengurutkan Kontrol Kualitas Data
- Baru-baru iniPerakitan
- Analisis Komponen Genom: Prediksi CDS dan berbagai elemen genom
- Anotasi fungsional dengan beberapa database umum (GO, KEGG, dll.) dan database tingkat lanjut (CARD, VFDB, dll.)
Majelis Hi-C:
- Penilaian Perpustakaan Hi-C.
- Contigs penahan pengelompokan, pemesanan dan orientasi
- Evaluasi Majelis HI-C: Berdasarkan genom referensi dan peta panas
Survei genom: distribusi k-mer
Perakitan genom: anotasi homolog gen (database NR)
Perakitan genom: anotasi gen fungsional (GO)
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan perakitan genom jamur BMKGene melalui koleksi publikasi yang dikurasi.
Hao, J. dkk. (2023) 'Profil omic terpadu dari jamur obat Inonotus obliquus dalam kondisi terendam',Genomik BMC, 24(1), hlm.1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/GAMBAR/3.
Lu, L. dkk. (2023) 'Urutan genom mengungkap evolusi dan mekanisme patogenik patogen bintik mata tajam gandum Rhizoctonia serealis',Jurnal Tanaman, 11(2), hlm.405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. dkk. (2023) 'Sumber Daya Genom untuk Empat Spesies Clarireedia yang Menyebabkan Nilai Dolar di Beragam Turfgrass',Penyakit Tanaman, 107(3), hlm.929–934. doi : 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS dkk. (2023) 'Bukti Genetik dan Molekuler Sistem Perkawinan Tetrapolar pada Jamur yang Dapat Dimakan Grifola frondosa',Jurnal Jamur, 9(10), hal. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
