Exclusive Agency for Korea

Masuk BMKCloud

Produk

Full-length mRNA sequencing-nanopore

Gambar fitur sekuensing mRNA full-length-nanopore

Sementara sekuensing mRNA berbasis NGS adalah alat serba guna untuk mengukur ekspresi gen, ketergantungannya pada bacaan pendek membatasi kemanjurannya dalam analisis transkriptomik yang kompleks. Di sisi lain, pengurutan nanopore menggunakan teknologi membaca panjang, memungkinkan pengurutan transkrip mRNA full-length. Pendekatan ini memfasilitasi eksplorasi komprehensif splicing alternatif, fusi gen, poli-adenilasi, dan kuantifikasi isoform mRNA.

Sequencing nanopore, metode yang bergantung pada sinyal listrik real-time molekul tunggal nanopore, memberikan hasil secara real-time. Dipandu oleh protein motorik, DNA untai ganda berikatan dengan protein nanopore yang tertanam dalam biofilm, lepas karena melewati saluran nanopore di bawah perbedaan tegangan. Sinyal listrik khas yang dihasilkan oleh basis yang berbeda pada untaian DNA terdeteksi dan diklasifikasikan secara real-time, memfasilitasi sekuensing nukleotida yang akurat dan kontinu. Pendekatan inovatif ini mengatasi keterbatasan membaca singkat dan menyediakan platform dinamis untuk analisis genomik yang rumit, termasuk studi transkriptomik yang kompleks, dengan hasil langsung.

Platform: Promethion Nanopore 48

Hubungi kami

Detail Layanan

Bioinformatika

Hasil demo

Publikasi unggulan

Fitur

● Penangkapan mRNA poli-A diikuti oleh sintesis cDNA dan persiapan perpustakaan

● Urutan transkrip panjang penuh

● Analisis bioinformatik berdasarkan penyelarasan dengan genom referensi

● Analisis bioinformatik mencakup tidak hanya ekspresi pada gen dan tingkat isoform tetapi juga analisis lncRNA, fusi gen, poli-adenilasi dan struktur gen

Keuntungan Layanan

●Kuantifikasi ekspresi pada tingkat isoform: Mengaktifkan analisis ekspresi yang terperinci dan akurat, meluncurkan perubahan yang mungkin ditutupi saat menganalisis seluruh ekspresi gen

●Mengurangi permintaan data:Dibandingkan dengan sequencing generasi berikutnya (NGS), sekuensing nanopore menunjukkan persyaratan data yang lebih rendah, memungkinkan tingkat setara saturasi kuantifikasi ekspresi gen dengan data yang lebih kecil.

●Akurasi kuantifikasi ekspresi yang lebih tinggi: baik pada tingkat gen dan isoform

●Identifikasi informasi transkriptomi tambahan: Polyadenylation alternatif, gen fusi dan lcnrna dan gen targetnya

●Keahlian yang luas: Tim kami membawa banyak pengalaman untuk setiap proyek, setelah menyelesaikan lebih dari 850 proyek transkriptome full-length nanopore dan memproses lebih dari 8.000 sampel.

●Dukungan pasca-penjualan: Komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan periode layanan setelah penjualan 3 bulan. Selama waktu ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menangani setiap pertanyaan yang terkait dengan hasilnya.

Persyaratan dan pengiriman sampel

Perpustakaan	Strategi Sequencing	Data direkomendasikan	Kontrol kualitas
Poly A diperkaya	Illumina PE150	6/12 GB	Skor kualitas rata -rata: Q10

Persyaratan Sampel:

Nukleotida:

Conc. (Ng/μl)

Jumlah (μg)

Kemurnian

Integritas

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280 = 1.7-2.5

OD260/230 = 0,5-2.5

Kontaminasi protein atau tidak ada protein atau DNA yang ditunjukkan pada gel.

Untuk tanaman: rin≥7.0;

Untuk hewan: rin≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

ketinggian terbatas atau tidak ada

● Tanaman:

Root, batang atau kelopak: 450 mg

Daun atau biji: 300 mg

Buah: 1.2 g

● Hewan:

Jantung atau usus: 300 mg

Viscera atau Brain: 240 mg

Otot: 450 mg

Tulang, Rambut atau Kulit: 1G

● Arthropoda:

Serangga: 6g

Crustacea: 300 mg

● Darah utuh: 1 tabung

● Sel: 10⁶sel

Pengiriman sampel yang disarankan

Wadah: 2 ml tabung centrifuge (timah tidak disarankan)

Label sampel: grup+replikasi misalnya A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Pengiriman:

1. Es kering: Sampel perlu dikemas dalam kantong dan dikubur dalam es kering.

2. Tabung RNASTABLE: Sampel RNA dapat dikeringkan dalam tabung stabilisasi RNA (misalnya RNASTABLE®) dan dikirim dalam suhu kamar.

Aliran kerja layanan

Nukleotida:

Pengiriman sampel

Konstruksi Perpustakaan

Sekuensing

Analisis Data

Layanan setelah penjualan

Aliran kerja layanan

Jaringan:

Desain Eksperimen

Pengiriman sampel

Ekstraksi RNA

Konstruksi Perpustakaan

Sekuensing

Analisis Data

Layanan setelah penjualan

Sebelumnya: Sequencing mRNA full -length -pacbio

Berikutnya: Transkriptome Visium Genomik 10x

● Pemrosesan data mentah

● Identifikasi transkrip

● Penyambungan alternatif

● Kuantifikasi ekspresi dalam tingkat gen dan tingkat isoform

● Analisis ekspresi diferensial

● Anotasi dan pengayaan fungsi (DEG dan DET)

Analisis splicing alternatif Analisis Polyadenylation Alternatif (APA)

Prediksi lncRNA

Anotasi gen baru

Pengelompokan det

Jaringan protein-protein dalam DEG

Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan pengurutan mRNA nanopore full-length BMKGENE melalui koleksi publikasi yang dikuratori.

Gong, B. et al. (2023) 'Aktivasi epigenetik dan transkripsional dari sekretori kinase FAM20C sebagai onkogen dalam glioma', Journal of Genetics and Genomics, 50 (6), hlm. 422-433. doi: 10.1016/j.jgg.2023.01.008.

Dia, Z. et al. (2023) 'Sequencing transkriptome full-length limfosit merespons IFN-γ mengungkapkan respons imun TH1-steah pada flounder (Paralichthys olivaceus)', Imunologi Ikan & Kerang, 134, hlm. 108636. Doi: 10.1016/j.fsi.2023.108636.

Ma, Y. et al. (2023) 'Analisis komparatif metode sekuensing PACBIO dan ONT RNA untuk Identifikasi Venom Nemopilema Nomurai', Genomics, 115 (6), hal. 110709. Doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.

Yu, D. et al. (2023) 'Analisis nano-seq mengungkapkan kecenderungan fungsional yang berbeda antara eksosom dan mikrovesikel yang berasal dari humsc', penelitian sel induk dan terapi, 14 (1), hlm. 1–13. doi: 10.1186/s13287-023-03491-5/Tabel/6.