Analisis mRNA eukariotik (Tersedia opsi berbasis referensi dan de novo)
Pipeline ini menggunakan data NGS RNA-Seq sebagai masukan dan menghasilkan hasil dari beberapa analisis hilir termasuk namun tidak terbatas pada: pengurutan penilaian kualitas data,de novoanotasi situs transkripsi, analisis penyambungan variabel, analisis ekspresi diferensial, anotasi fungsi, dan analisis pengayaan.
Analisis RNA non-coding yang panjang
RNA non-coding panjang (lncRNA) adalah transkrip non-coding dengan panjang lebih dari 200 nt dan diketahui berperan dalam organisasi dan regulasi kromatin. Teknologi sekuensing throughput tinggi dan bioinformatika telah memberdayakan pemahaman kita tentang sekuens lncRNA dan informasi posisi untuk mengidentifikasi lncRNA dengan fungsi regulasi yang penting. Saluran pipa ini menyediakan analisis lncRNA selain analisis yang disebutkan dalam saluran Analisis mRNA Eukariotik.
Urutan amplikon 16S/18S/ITS
Jalur analisis keanekaragaman mikroba Amplicon Sequencing dikembangkan berdasarkan pengalaman bertahun-tahun dalam analisis proyek keanekaragaman mikroba. Saluran ini berisi analisis dasar standar, yang mencakup konten analisis arus utama dari penelitian mikroba saat ini dan analisis yang dipersonalisasi. Laporan analisisnya kaya dan komprehensif, dengan opsi untuk melakukan beragam analisis pribadi. Selain itu, sampel dan grup dapat dimodifikasi dengan cepat untuk penyesuaian dan kontrol tambahan.
Analisis Metagenomik Senapan
Saluran Analisis Metagenomic Shotgun menggunakan data NGS dari bahan genom campuran yang diekstraksi dari sampel lingkungan. Analisis yang disertakan memberikan informasi rinci tentang keanekaragaman dan kelimpahan spesies, struktur populasi, hubungan filogenetik, gen fungsional, dan jaringan korelasi dengan faktor lingkungan.
Analisis Varian NGS-WGS
Analisis Varian NGS-WGS adalah jalur deteksi varian terintegrasi yang melakukan kontrol kualitas data, penyelarasan urutan, anotasi, dan analisis mutasi gen. Pipeline ini mengikuti praktik terbaik GATK untuk deteksi SNP dan InDel serta menggunakan Manta untuk pemanggilan varian struktural.
Studi Asosiasi Genom Luas (GWAS)
Pipeline GWAS adalah analisis hilir yang mengambil file VCF yang dihasilkan sebelumnya dan data fenotipe yang sesuai untuk kelompok individu sebagai masukan. Dengan menggunakan metodologi statistik tertentu, GWAS bertujuan untuk mengungkap variasi nukleotida seluruh genom yang berkorelasi dengan perbedaan fenotipik. Ia memainkan peran penting dalam mengeksplorasi gen fungsional yang terkait dengan penyakit manusia yang kompleks dan sifat-sifat rumit pada tumbuhan dan hewan.
Analisis Segregasi Massal (BSA)
Analisis BSA melibatkan pengumpulan individu dengan ciri fenotipik ekstrim dari populasi yang terpisah. Dengan membandingkan lokus diferensial antara sampel yang dikumpulkan, pendekatan ini dengan cepat mengidentifikasi penanda molekuler yang terkait erat dengan gen target. Banyak digunakan dalam pemetaan genetik tumbuhan dan hewan, ini adalah alat yang berharga untuk pemuliaan dengan bantuan penanda.
Analisis Genetika Evolusioner
Alur kerja Analisis Genetika Evolusi memanfaatkan pengalaman luas BMKGENE dalam proyek evolusi genetik dan mencakup konstruksi pohon filogenetik, analisis disekuilibrium keterkaitan, penilaian keanekaragaman genetik, identifikasi sapuan selektif, analisis kekerabatan, analisis komponen utama, dan karakterisasi struktur populasi.
