Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Masuk

Produk

Urutan mRNA berdurasi penuh -PacBio

Urutan mRNA berdurasi penuh - Gambar Unggulan PacBio

Meskipun pengurutan mRNA berbasis NGS adalah alat serbaguna untuk mengukur ekspresi gen, ketergantungannya pada pembacaan singkat membatasi penggunaannya dalam analisis transkriptomik yang kompleks. Di sisi lain, pengurutan PacBio (Iso-Seq) menggunakan teknologi baca panjang, memungkinkan pengurutan transkrip mRNA berdurasi penuh. Pendekatan ini memfasilitasi eksplorasi komprehensif mengenai penyambungan alternatif, fusi gen, dan poli-adenilasi. Namun, ada pilihan lain untuk kuantifikasi ekspresi gen karena tingginya jumlah data yang dibutuhkan. Teknologi pengurutan PacBio mengandalkan pengurutan molekul tunggal, real-time (SMRT), memberikan keuntungan tersendiri dalam menangkap transkrip mRNA full-length. Pendekatan inovatif ini melibatkan penggunaan zero-mode waveguides (ZMWs) dan sumur mikrofabrikasi yang memungkinkan pengamatan aktivitas DNA polimerase secara real-time selama pengurutan. Dalam ZMW ini, DNA polimerase PacBio mensintesis untai DNA komplementer, menghasilkan pembacaan panjang yang mencakup keseluruhan transkrip mRNA. Pengoperasian PacBio dalam mode pengurutan Konsensus Melingkar (CCS) meningkatkan akurasi dengan mengurutkan molekul yang sama berulang kali. Pembacaan HiFi yang dihasilkan memiliki akurasi yang sebanding dengan NGS, yang selanjutnya berkontribusi pada analisis fitur transkriptomik kompleks yang komprehensif dan andal.

Platform: Sekuel PacBio II; PacBio Revio

Hubungi kami

Detail Layanan

Bioinformatika

Hasil Demo

Publikasi Unggulan

Fitur

● Sintesis cDNA dari mRNA poli-A diikuti dengan persiapan perpustakaan

● Mengurutkan dalam mode CCS, menghasilkan pembacaan HiFi

● Urutan transkrip lengkap

● Analisis ini tidak memerlukan genom referensi; namun, ini mungkin digunakan

● Analisis bioinformatik memungkinkan analisis transkrip isoform lncRNA, fusi gen, poli-adenilasi, dan struktur gen

Keunggulan Layanan

●Akurasi Tinggi: HiFi terbaca dengan akurasi >99,9% (Q30), sebanding dengan NGS

● Analisis Penyambungan Alternatif: pengurutan seluruh transkrip memungkinkan identifikasi dan karakterisasi isoform

●Keahlian yang Luas: dengan rekam jejak menyelesaikan lebih dari 1100 proyek transkriptom lengkap PacBio dan memproses lebih dari 2300 sampel, tim kami membawa banyak pengalaman ke setiap proyek.

●Dukungan Pasca Penjualan: komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan periode layanan purna jual 3 bulan. Selama waktu ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasil.

Persyaratan Sampel dan Pengiriman

Perpustakaan

Strategi pengurutan

Data direkomendasikan

Kontrol Kualitas

Pustaka CCS mRNA yang diperkaya PolyA

Sekuel PacBio II

PacBio Revio

20/40 Gb

5/10 Jt CCS

Q30≥85%

Persyaratan Sampel:

Nukleotida:

● Tanaman:

Akar, Batang atau Kelopak: 450 mg

Daun atau Biji: 300 mg

Buah: 1,2 gram

● Hewan:

JANTUNG atau Usus: 300 mg

Jeroan atau Otak: 240 mg

Otot: 450 mg

Tulang, Rambut atau Kulit: 1g

● Arthropoda:

Serangga: 6g

Krustasea: 300 mg

● Darah utuh: 1 tabung

● Sel: 10⁶sel

Konsentrasi (ng/μl)

Jumlah (μg)

Kemurnian

Integritas

≥ 100

≥ 1,0

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Kontaminasi protein atau DNA terbatas atau tidak ada pada gel.

Untuk tanaman: RIN≥7.5;

Untuk hewan: RIN≥8.0;

5,0≥ 28S/18S≥1,0;

elevasi dasar yang terbatas atau tidak ada sama sekali

Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan

Wadah: Tabung centrifuge 2 ml (kertas timah tidak disarankan)

Contoh pelabelan: Grup+replikasi misalnya A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Pengiriman:

1. Es kering: Sampel harus dikemas dalam kantong dan dikubur dalam es kering.

2. Tabung RNAstabil: Sampel RNA dapat dikeringkan dalam tabung stabilisasi RNA (misalnya RNAstable®) dan dikirim dalam suhu kamar.

Alur Kerja Layanan

Desain percobaan

Pengiriman sampel

Ekstraksi RNA

Pembangunan perpustakaan

Urutan

Analisis data

Layanan purna jual

Sebelumnya: Urutan mRNA eukariotik-NGS

Berikutnya: Sequencing mRNA Panjang Penuh-Nanopore

Termasuk analisis berikut:

● Kontrol kualitas data mentah

● Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)

● Analisis transkrip fusi

● Analisis Penyambungan Alternatif

● Analisis Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).

● Analisis transkrip baru: prediksi urutan pengkodean (CDS) dan anotasi fungsional

● Analisis lncRNA: prediksi lncRNA dan target

● Identifikasi MikroSatelit (SSR)

Analisis BUSCO

Analisis Penyambungan Alternatif

Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)

Anotasi fungsional transkrip novel

Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan pengurutan mRNA lengkap Nanopore BMKGene dalam publikasi unggulan ini.

Bu, Y. dkk. (2023) 'Analisis perbandingan metode sekuensing PacBio dan ONT RNA untuk identifikasi racun Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), hal. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Chao, Q. dkk. (2019) 'Dinamika perkembangan transkriptom batang Populus', Jurnal Bioteknologi Tanaman, 17(1), hlm.206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.

Deng, H. dkk. (2022) 'Perubahan Dinamis Kandungan Asam Askorbat selama Perkembangan Buah dan Pematangan Actinidia latifolia (Tanaman Buah Kaya Askorbat) dan Mekanisme Molekuler Terkait', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), hal. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.

Hua, X. dkk. (2022) 'Prediksi efektif gen jalur biosintetik yang terlibat dalam polifil bioaktif di Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), hlm.1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.

Liu, M. dkk. (2023) 'Gabungan Analisis PacBio Iso-Seq dan Illumina RNA-Seq dari Transkriptome Tuta absoluta (Meyrick) dan Gen Sitokrom P450', Serangga, 14(4), hal. 363.doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.

Wang, Lijun dkk. (2019) 'Survei kompleksitas transkriptom menggunakan analisis real-time molekul tunggal PacBio dikombinasikan dengan sekuensing RNA Illumina untuk pemahaman yang lebih baik tentang biosintesis asam risinoleat di Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), hlm.1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.