Genomik komparatif
Keuntungan Layanan
●Keahlian dan catatan publikasi yang luas: Dengan akumulasi, BMKGENE telah menyelesaikan lebih dari 90 proyek genomik komparatif, dengan faktor dampak kumulatif mencapai 900.
●Analisis Bioinformatika Komprehensif: Paket Analisis berisi delapan analisis yang paling umum diperlukan, memberikan angka yang siap dipublikasikan dengan baik dan memungkinkan interpretasi yang mudah dari hasil
●Tim bioinformatika yang sangat terampil dan siklus analisis pendek: Dengan pengalaman hebat dalam analisis genomik komparatif, tim BMKGene memenuhi beragam tuntutan analisis yang dipersonalisasi dalam waktu turn-sekitar yang singkat
●Dukungan pasca-penjualan:Komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan periode layanan setelah penjualan 3 bulan. Selama waktu ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menangani setiap pertanyaan yang terkait dengan hasilnya.
Spesifikasi layanan
| Perkiraan waktu turn-sekitar | Jumlah spesies | Analisis |
| 30 hari kerja | 6 - 12 | Gene Family Clustering Ekspansi dan Kontraksi Keluarga Gene Konstruksi pohon filogenetik Estimasi waktu divergensi (diperlukan kalibrasi fosil) Waktu penyisipan LTR (untuk tanaman) Duplikasi genom utuh (untuk tanaman) Tekanan selektif Analisis Synteny |
Analisis Bioinformatika
● Keluarga gen
● Filogenetik
● Waktu divergensi
● Tekanan selektif
● Analisis Synteny
Persyaratan dan pengiriman sampel
Persyaratan Sampel:
Jaringan atau DNA untuk pengurutan dan perakitan genom
Untuk tisu
| Jenis | Jaringan | Survei | Pacbio CCS |
| Hewan | Jaringan mendalam | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Jaringan otot | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Darah mamalia | |||
| ≥ 0,5 mL | |||
| Darah unggas/ikan | |||
| Tanaman | Daun segar | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Kelopak/batang | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Akar/biji | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Sel | Sel kultur | - | ≥ 1 x 108 |
Data
File urutan genom (.fasta) dan file anotasi (.gff3) dari spesies yang terkait erat
Aliran kerja layanan
Desain Eksperimen
Pengiriman sampel
Konstruksi Perpustakaan
Sekuensing
Analisis Data
Layanan setelah penjualan
*Hasil demo yang ditampilkan di sini semua dari genom yang diterbitkan dengan Biomarker Technologies
1.LTR Sisipkan Estimasi Waktu: Gambar tersebut menunjukkan distribusi bimodal yang unik dalam waktu penyisipan LTR-RTS dalam genom gandum gandum, dibandingkan dengan spesies lain. Puncak terbaru muncul sekitar 0,5 juta tahun yang lalu.
Li Guang et al.,Genetika Alam, 2021
2. Analisis Keluarga Phylogeny dan Gen pada Chayote (Sechium Edule): Dengan menganalisis chayote dan 13 spesies terkait lainnya dalam keluarga gen, chayote ditemukan paling erat terkait dengan labu ular (Trichosanthes anguina). Chayote yang berasal dari labu ular di sekitar 27-45 Mya dan seluruh genom duplikasi (WGD) diamati dalam chayote dalam 25 ± 4 Mya, yang merupakan peristiwa WGD ketiga di Cucuibitaceae.
Fu a et al.,Penelitian Hortikultura, 2021
3. Analisis Synteny: Beberapa gen yang terkait dengan phytohormon dalam perkembangan buah ditemukan dalam chayote, labu ular dan labu. Korelasi antara chayote dan squash sedikit lebih tinggi dari antara chayote dan labu ular.
Fu a et al.,Penelitian Hortikultura, 2021
4. Analisis Keluarga Gene: Pengayaan KEGG pada ekspansi dan kontraksi keluarga gen pada genom G.thurberi dan G.DavidsonII menunjukkan bahwa biosintesis steroid dan gen terkait biosintesis brassinosteroid diperluas.
Yang Z et al.,Biologi BMC, 2021
5. Analisis Duplikasi Genome: Analisis distribusi 4DTV dan KS menunjukkan seluruh peristiwa duplikasi genom. Puncak intraspesies menunjukkan peristiwa duplikasi. Puncak interspesies menunjukkan peristiwa spesiasi. Analisis menunjukkan bahwa membandingkan dengan tiga spesies terkait erat lainnya, O. europaea melalui duplikasi gen skala besar baru -baru ini.
Rao G et al.,Penelitian Hortikultura, 2021
Kasus BMK
Rose Without Tuscle: Wawasan Genomik Terkait dengan Adaptasi Kelembaban
Diterbitkan: Ulasan Sains Nasional, 2021
Strategi Sequencing:
'Basye'sThornless' (R.Wichurainan) Genom:
Kira -kira. 93 x Pacbio + Approx. 90 x Nanopore + 267 x Illumina
Hasil utama
1. Kualitas tinggi genom r.wichuraiana dibangun menggunakan teknik sekuensing membaca panjang, yang menghasilkan perakitan 530,07 MB (perkiraan ukuran genom sekitar 525,9 Mb dengan flow cytometry dan 525,5 dengan survei genom ； heterozigositas sekitar 1,03%). Skor perkiraan Busco adalah 93,9%. Dibandingkan dengan “Old Blush” (Haploob), kualitas dan kelengkapan genom ini dikonfirmasi oleh akurasi basis tunggal dasar dan indeks perakitan LTR (LAI = 20.03). Genom R.Wichuraiana mengandung 32.674 gen pengkode protein.
2. Analisis bersama omics, yang terdiri dari genomik komparatif, transkriptomik, analisis QTL populasi genetik, mengungkapkan spesiasi penting antara R. wichuraiana dan Rosa chinensis. Juga, variasi ekspresi gen terkait dalam QTL cenderung dikaitkan dengan pola tusukan batang.
Genomik komparatif anaysis antara Basye; S Thornless dan Rosa chinensis termasuk analisis sinteni, gugus keluarga gen, ekspansi dan analisis kontraksi, mengungkapkan sejumlah besar variasi, yang terkait dengan sifat -sifat penting dalam mawar. Ekspansi unik dalam keluarga gen NAC dan FAR1/FRS sangat mungkin dikaitkan dengan resistensi terhadap bintik hitam.
Analisis genomik komparatif antara BT dan genom haploob.
Zhong, M., et al. “Rose Without Prickle: Genomic Insights terkait dengan adaptasi kelembaban”Ulasan Sains Nasional, 2021;, NWAB092.
