Exclusive Agency for Korea

Masuk BMKCloud

Produk

BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome

BMKMANU S3000_Spatial Transkriptome Fitur Gambar

Transkriptomik spasial berdiri di garis depan inovasi ilmiah, memberdayakan para peneliti untuk mempelajari pola ekspresi gen yang rumit dalam jaringan sambil melestarikan konteks spasial mereka. Di tengah berbagai platform, BMKGENE telah mengembangkan chip transkriptom spasial BMKMANU S3000, membanggakan resolusi yang ditingkatkan 3,5μm, mencapai rentang subselular, dan memungkinkan pengaturan resolusi multi-level. Chip S3000, yang menampilkan sekitar 4 juta bintik, menggunakan microwell yang dilapisi dengan manik -manik yang dimuat dengan probe penangkapan yang dikodekan secara spasial. Perpustakaan cDNA, yang diperkaya dengan barcode spasial, disiapkan dari chip S3000 dan kemudian diurutkan pada platform Illumina Novaseq. Kombinasi sampel dan UMI berskodekan spasial memastikan keakuratan dan spesifisitas data yang dihasilkan. Chip BMKMANU S3000 sangat fleksibel, menawarkan pengaturan resolusi multi-level yang dapat disesuaikan dengan jaringan yang berbeda dan tingkat detail yang diinginkan. Ini kemampuan beradaptasi memposisikan chip sebagai pilihan yang luar biasa untuk studi transkriptomik spasial yang beragam, memastikan pengelompokan spasial yang tepat dengan noise minimal. Penggunaan teknologi segmentasi sel dengan BMKMANU S3000 memungkinkan pembatasan data transkripsional ke batas sel, menghasilkan analisis yang memiliki makna biologis langsung. Selain itu, peningkatan resolusi S3000 menghasilkan jumlah gen yang lebih tinggi dan UMI yang terdeteksi per sel, memungkinkan analisis yang jauh lebih akurat dari pola transkripsi spasial dan pengelompokan sel.

Hubungi kami

Detail Layanan

Bioinformatika

Hasil demo

Perbedaan antara S3000 dan S1000

BMKMANU S3000 Skema Teknis Transkriptome Spasial

Fitur

- Resolusi: 3,5 μm

- Diameter spot: 2,5 μm

- Jumlah bintik: sekitar 4 juta

- 3 Kemungkinan Format Area Penangkapan: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm atau 15 mm * 20 mm

- Setiap manik barcode dimuat dengan primer yang terdiri dari 4 bagian:

• Ekor poli (dt) untuk priming mRNA dan sintesis cDNA,

• Identifier Molekul Unik (UMI) untuk memperbaiki bias amplifikasi

• Barcode spasial

• Urutan mengikat primer parsial baca 1 sequencing

- H&E dan pewarnaan bagian fluoresen

- Kemungkinan untuk menggunakan teknologi segmentasi sel: integrasi pewarnaan H&E, pewarnaan fluoresen, dan sekuensing RNA untuk menentukan batas masing -masing sel dan menetapkan ekspresi gen dengan benar untuk setiap sel. Memproses analisis profil spasial hilir berdasarkan tempat sampah.

- Mungkin untuk mencapai analisis resolusi bertingkat: analisis multi-level fleksibel mulai dari 100um hingga 3,5 um untuk menyelesaikan beragam fitur jaringan pada resolusi optimal.

Keuntungan BMKMANU S3000

-Penggandaan bintik -bintik penangkapan menjadi 4 juta: dengan resolusi peningkatan 3,5 um, yang mengarah pada deteksi gen dan UMI yang lebih tinggi per sel. Ini menghasilkan peningkatan pengelompokan sel berdasarkan profil transkripsi, dengan detail yang lebih baik yang cocok dengan struktur jaringan.

- Resolusi sub-seluler:Setiap area penangkapan berisi> 2 juta bintik-bintik barcode spasial dengan diameter 2,5 μm dan jarak 5 μm antara pusat spot, memungkinkan analisis transkriptom spasial dengan resolusi sub-seluler (5 μm).

-Analisis resolusi multi-level:Analisis multi-level yang fleksibel mulai dari 100 μm hingga 5 μm untuk menyelesaikan fitur jaringan yang beragam pada resolusi optimal.

-Kemungkinan untuk menggunakan teknologi segmentasi sel "tiga dalam satu slide":Menggabungkan pewarnaan fluoresensi, pewarnaan H&E, dan sekuensing RNA pada slide tunggal, algoritma analisis "tiga-in-one" kami memberdayakan identifikasi batas sel untuk transkriptomik berbasis sel berikutnya.

-Kompatibel dengan beberapa platform pengurutan: Kedua NG dan sekuensing membaca yang sudah lama tersedia.

-Desain fleksibel 1-8 area penangkapan aktif: Ukuran area penangkapan fleksibel, dimungkinkan untuk menggunakan 3 format (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm dan 15 mm * 20 mm)

-Layanan satu atap: Mengintegrasikan semua pengalaman berbasis pengalaman dan keterampilan, termasuk cryo-section, pewarnaan, optimasi jaringan, barcode spasial, persiapan perpustakaan, sekuensing, dan bioinformatika.

-Bioinformatika komprehensif dan visualisasi hasil yang ramah pengguna:Paket mencakup 29 analisis dan 100+ angka berkualitas tinggi, dikombinasikan dengan penggunaan perangkat lunak yang dikembangkan di rumah untuk memvisualisasikan dan menyesuaikan pemisahan sel dan pengelompokan spot.

-Analisis dan visualisasi data yang disesuaikan: Tersedia untuk permintaan penelitian yang berbeda

-Tim teknis yang sangat terampil: Dengan pengalaman di lebih dari 250 jenis jaringan dan 100+ spesies termasuk manusia, tikus, mamalia, ikan dan tanaman.

-Pembaruan real-time di seluruh proyek: dengan kontrol penuh atas kemajuan eksperimental.

-Analisis sendi opsional dengan sekuensing mRNA sel tunggal

Spesifikasi layanan

Persyaratan sampel

Perpustakaan

Strategi Sequencing

Data direkomendasikan

Kontrol kualitas

Sampel cryo embedded Oct

(Diameter optimal: kira -kira.

6 × 6 × 6 mm³)

2 blok per sampel

1 untuk percobaan, 1 untuk cadangan

Perpustakaan S3000 cDNA

Illumina PE150

160K PE dibaca per 100υm (250 GB)

Rin> 7

Untuk detail lebih lanjut tentang contoh bimbingan persiapan dan alur kerja layanan, jangan ragu untuk berbicara dengan aPakar BMKGENE

Aliran kerja layanan

Pada fase persiapan sampel, uji coba ekstraksi RNA curah awal dilakukan untuk memastikan RNA berkualitas tinggi dapat diperoleh. Pada tahap optimasi jaringan, bagian diwarnai dan divisualisasikan dan kondisi permeabilisasi untuk pelepasan mRNA dari jaringan dioptimalkan. Protokol yang dioptimalkan kemudian diterapkan selama konstruksi perpustakaan, diikuti oleh pengurutan dan analisis data.

Alur kerja layanan lengkap melibatkan pembaruan waktu nyata dan konfirmasi klien untuk mempertahankan loop umpan balik yang responsif, memastikan pelaksanaan proyek yang lancar.

Sebelumnya: DNBSEQ Perpustakaan Pra-Buatan

Berikutnya:

Data yang dihasilkan oleh BMKMANU S3000 dianalisis menggunakan perangkat lunak "BSTMATRIX", yang dirancang secara independen oleh BMKGENE, menghasilkan matriks ekspresi gen resolusi tingkat sel dan multilevel. Dari sana, laporan standar dihasilkan yang mencakup kontrol kualitas data, analisis sampel dalam dan analisis antar kelompok.

- Kontrol Kualitas Data:

- Output data dan distribusi skor kualitas

- Deteksi gen per spot

- Cakupan jaringan

- Analisis sampel dalam:

- Kekayaan gen

- Spot clustering, termasuk analisis dimensi berkurang

- Analisis ekspresi diferensial antara kelompok: identifikasi gen penanda

- Anotasi fungsional dan pengayaan gen penanda

- Analisis antar kelompok

-Kombinasi ulang bintik-bintik dari kedua sampel (mis. Sakit dan kontrol) dan cluster ulang

- Identifikasi gen penanda untuk setiap cluster

- Anotasi fungsional dan pengayaan gen penanda

- Ekspresi diferensial dari cluster yang sama antar kelompok

Selain itu, BMKGene mengembangkan "BSTViewer" adalah alat yang ramah pengguna yang memungkinkan pengguna untuk memvisualisasikan ekspresi gen dan pengelompokan spot pada resolusi yang berbeda.

BMKGENE menawarkan layanan profil spasial pada resolusi sel tunggal yang tepat (berdasarkan nampan sel atau nampan persegi multilevel dari 100um hingga 3.5um).

Data profil spasial dari bagian jaringan pada slide S3000 dilakukan dengan baik seperti di bawah ini.

Studi Kasus 1: Otak tikus

Analisis bagian otak tikus dengan S3000 menghasilkan identifikasi ~ 94.000 sel, dengan sekuensing median ~ 2000 gen per sel. Peningkatan resolusi 3,5 um menghasilkan pengelompokan sel yang sangat rinci berdasarkan pola transkripsional, dengan kelompok sel yang meniru struktur yang dibedakan otak. Ini mudah diamati dengan memvisualisasikan distribusi sel yang dikelompokkan sebagai oligodendrosit dan sel mikroglia, yang masing -masing hampir secara eksklusif terletak di materi abu -abu dan putih.

xv (1)

Studi Kasus 2: Embrio Tikus

xv (1)

Analisis bagian embrio tikus dengan S3000 menghasilkan identifikasi ~ 2200.000 sel, dengan sekuensing median ~ 1600 gen per sel. Resolusi peningkatan 3,5 um menghasilkan pengelompokan sel yang sangat rinci berdasarkan pola transkripsional, dengan 12 cluster di area mata dan 28 cluster di area otak.

xv (1)

Analisis dalam-sampel pengelompokan sel:

xv (1)

Identifikasi gen penanda dan distribusi spasial:

xv (1)

-Resolusi sub-seluler yang lebih tinggi: Dibandingkan dengan slide S1000, masing-masing area penangkapan S3000 mengandung> 4 juta bintik-bintik barcode spasial dengan diameter 2,5 μm dan jarak 3,5 μm antara pusat spot, memungkinkan analisis transkriptome spasial dengan resolusi sub-seluler yang lebih tinggi (tempat sampah: 3,5 μm).

- Efisiensi penangkapan yang lebih tinggi: Dibandingkan dengan slide S1000, MEDIAN_UMI meningkat dari 30% menjadi 70%, Median_gene meningkat dari 30% menjadi 60%

Skema chip S1000: