Transkriptome Spasial BMKMANU S1000
Skema Teknis Transkriptome Spasial BMKMANU S1000
Fitur
● Resolusi: 5 µM
● Diameter Titik: 2,5 µM
● Jumlah tempat: sekitar 2 Juta
● 3 kemungkinan format area pengambilan: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm, atau 15 mm * 20 mm
● Setiap manik yang diberi kode batang diisi dengan primer yang terdiri dari 4 bagian:
ekor poli(dT) untuk priming mRNA dan sintesis cDNA
Unique Molecular Identifier (UMI) untuk mengoreksi bias amplifikasi
Kode batang spasial
Urutan pengikatan primer sekuensing baca 1 parsial
● H&E dan pewarnaan fluoresens pada bagian tersebut
● Kemungkinan untuk digunakanteknologi segmentasi sel: integrasi pewarnaan H&E, pewarnaan fluoresen, dan sekuensing RNA untuk menentukan batas setiap sel dan menetapkan ekspresi gen dengan benar ke setiap sel.
Keunggulan BMKMANU S1000
●Resolusi Sub-seluler: Setiap area pengambilan berisi >2 juta Barcoded Spot spasial dengan diameter 2,5 µm dan jarak antar pusat spot 5 µm, sehingga memungkinkan analisis transkriptom spasial dengan resolusi sub-seluler (5 µm).
●Analisis Resolusi Bertingkat:Analisis multi-level yang fleksibel mulai dari 100 μm hingga 5 μm untuk menyelesaikan beragam fitur jaringan pada resolusi optimal.
●Kemungkinan Menggunakan Teknologi Segmentasi Sel “Tiga dalam satu slide”:Menggabungkan pewarnaan fluoresensi, pewarnaan H&E, dan pengurutan RNA pada satu slide, algoritme analisis "tiga-dalam-satu" kami memberdayakan identifikasi batas sel untuk transkriptomik berbasis sel selanjutnya.
●Kompatibel dengan Berbagai Platform Pengurutan: Tersedia NGS dan sekuensing yang sudah lama dibaca.
●Desain Fleksibel 1-8 Area Pengambilan Aktif: Ukuran area pengambilan fleksibel, dapat menggunakan 3 format (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm dan 15 mm * 20 mm)
●Layanan Satu Atap: Ini mengintegrasikan semua langkah berbasis pengalaman dan keterampilan, termasuk cryo-sectioning, pewarnaan, optimalisasi jaringan, barcode spasial, persiapan perpustakaan, pengurutan, dan bioinformatika.
●Bioinformatika Komprehensif dan Visualisasi Hasil yang Mudah Digunakan:paket mencakup 29 analisis dan 100+ angka berkualitas tinggi, dikombinasikan dengan penggunaan perangkat lunak yang dikembangkan sendiri untuk memvisualisasikan dan menyesuaikan pemisahan sel dan pengelompokan titik.
●Analisis dan Visualisasi Data yang Disesuaikan: tersedia untuk permintaan penelitian yang berbeda
●Tim Teknis yang sangat terampil: dengan pengalaman di lebih dari 250 jenis jaringan dan 100+ spesies termasuk manusia, tikus, mamalia, ikan, dan tumbuhan.
●Pembaruan Waktu Nyata di Seluruh Proyek: dengan kontrol penuh atas kemajuan eksperimen.
●Analisis Gabungan Opsional dengan Urutan mRNA sel tunggal
Spesifikasi Layanan
|
Mencicipi Persyaratan
| Perpustakaan |
Strategi pengurutan
| Data direkomendasikan | Kontrol Kualitas |
| Sampel cryo yang tertanam di OCT, 3 blok per sampel | Perpustakaan cDNA S1000 | Illumina PE150 (platform lain tersedia) | 100K PE dibaca per 100 uM ( 60-150 Gb ) | RIN>7 |
Untuk rincian lebih lanjut tentang panduan persiapan sampel dan alur kerja layanan, silakan berbicara dengan aPakar BMKGENE
Alur Kerja Layanan
Pada tahap persiapan sampel, percobaan ekstraksi RNA massal awal dilakukan untuk memastikan RNA berkualitas tinggi dapat diperoleh. Pada tahap optimasi jaringan, bagian-bagian tersebut diwarnai dan divisualisasikan dan kondisi permeabilisasi untuk pelepasan mRNA dari jaringan dioptimalkan. Protokol yang dioptimalkan kemudian diterapkan selama pembangunan perpustakaan, diikuti dengan pengurutan dan analisis data.
Alur kerja layanan yang lengkap melibatkan pembaruan waktu nyata dan konfirmasi klien untuk mempertahankan umpan balik yang responsif, memastikan kelancaran pelaksanaan proyek.
Data yang dihasilkan oleh BMKMANU S1000 dianalisis menggunakan perangkat lunak “BSTMatrix”, yang dirancang secara independen oleh BMKGENE, menghasilkan Matriks Ekspresi Gen. Dari sana, laporan standar dihasilkan yang mencakup pengendalian kualitas data, analisis sampel dalam, dan analisis antar kelompok.
● Kontrol Kualitas Data:
Output data dan distribusi skor kualitas
Deteksi gen per titik
Cakupan jaringan
● Analisis sampel dalam:
Kekayaan gen
Pengelompokan titik, termasuk analisis dimensi yang dikurangi
Analisis ekspresi diferensial antar cluster: identifikasi gen penanda
Anotasi fungsional dan pengayaan gen penanda
● Analisis antar kelompok:
Penggabungan kembali titik-titik dari kedua sampel (misalnya yang sakit dan kontrol) dan pengelompokan ulang
Identifikasi gen penanda untuk setiap cluster
Anotasi fungsional dan pengayaan gen penanda
Ekspresi Diferensial dari cluster yang sama antar kelompok
Selain itu, BMKGENE mengembangkan “BSTViewer” yang merupakan alat ramah pengguna yang memungkinkan pengguna memvisualisasikan ekspresi gen dan pengelompokan titik pada resolusi berbeda.
BMKGene mengembangkan perangkat lunak untuk visualisasi yang ramah pengguna
Pengelompokan tempat BSTViewer pada resolusi multi-level
BSTCellViewer: pemisahan sel otomatis dan manual
Analisis Sampel Dalam
Pengelompokan titik:
Identifikasi gen penanda dan distribusi spasial:
Analisis Antar Kelompok
Kombinasi data dari kedua kelompok dan re-cluster:
Gen penanda cluster baru:
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan transkriptomik spasial BMKGene dengan teknologi BMKManu S1000 dalam publikasi unggulan ini:
Lagu, X. dkk. (2023) 'Transkriptomik spasial mengungkap sel klorenkim yang diinduksi cahaya terlibat dalam mendorong regenerasi tunas pada kalus tomat',Prosiding National Academy of Sciences Amerika Serikat, 120(38), hal. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Anda, Y. dkk. (2023) 'Perbandingan sistematis metode transkriptomik spasial berbasis pengurutan',bioRxiv, P. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
