Majelis Genom Bakteri De Novo
Kami menyediakan layanan perakitan genom bakteri lengkap, menjamin 0 kesenjangan. Ini dimungkinkan dengan mengintegrasikan teknologi sekuensing yang sudah lama dibaca, seperti nanopore dan PacBio untuk perakitan dan sekuensing membaca pendek dengan Illumina untuk validasi perakitan dan koreksi kesalahan pembacaan ONT. Layanan kami menyediakan alur kerja bioinformatik lengkap dari perakitan, anotasi fungsional, dan analisis bioinformatik lanjutan, memenuhi tujuan penelitian spesifik. Layanan ini memungkinkan pengembangan genom referensi yang tepat untuk berbagai studi genetik dan genomik. Selain itu, ini membentuk dasar untuk aplikasi seperti optimasi regangan, rekayasa genetika, dan pengembangan teknologi mikroba, memastikan data genomik yang andal dan bebas kesenjangan penting untuk memajukan wawasan ilmiah dan inovasi bioteknologi.
Fitur Layanan
● Dengan dua opsi yang mungkin untuk dipilih tergantung pada tingkat kelengkapan genom yang diinginkan.
● Opsi draft genom: sekuensing membaca pendek dengan Illumina novaseq PE150.
● Lengkapi 0 genom gap.
● Urutan membaca panjang pada Promethion Nanopore 48 atau Pacbio Revio untuk perakitan genom.
● Urutan membaca pendek pada Illumina novaseq untuk validasi genom dan koreksi kesalahan (nanopore) atau untuk menghasilkan draft genom.
Keuntungan Layanan
●Genom nol-gap dijamin: Ini karena integrasi sekuensing Illumina dengan sekuensing baca yang panjang (Nanopore atau Pacbio).
●Alur kerja bioinformatika lengkap:Ini termasuk perakitan genom dan prediksi beberapa elemen genomik, anotasi gen fungsional, dan visualisasi genom seperti plot Circos.
●Keahlian yang luas: Dengan lebih dari 20.000 genom mikroba yang dirakit, BMKGENE membawa lebih dari satu dekade pengalaman, tim analisis yang sangat terampil, konten komprehensif, dan dukungan pasca-penjualan yang sangat baik.
●Dukungan pasca-penjualan:Komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan periode layanan setelah penjualan 3 bulan. Selama waktu ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menangani setiap pertanyaan yang terkait dengan hasilnya.
●Beberapa strategi sekuensing tersedia:Untuk tujuan penelitian yang berbeda dan persyaratan kelengkapan genom.
Spesifikasi layanan
| Melayani | Strategi Sequencing |
| Draft genom | Illumina PE150 100X |
| 0 Genome Gap | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100X (Opsional) |
Persyaratan Sampel:
| Konsentrasi (ng/μl) | Jumlah Total (μg) | Volume (μl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· Bakteri: ≥3.5x1010 sel
Aliran kerja layanan
Pengiriman sampel
Konstruksi Perpustakaan
Sekuensing
Analisis Data
Layanan setelah penjualan
Termasuk analisis berikut:
● Kontrol kualitas data sekuensing
● Majelis Genom
● Analisis komponen genom: prediksi CD dan elemen genom berganda
● Anotasi fungsional dengan beberapa database umum (GO, KEGG, dll) dan database lanjutan (kartu, VFDB, dll)
● Visualisasi genom
Kami menyediakan genom dalam format FASTA yang mudah diakses dan file anotasi genom (GFF).
Anotasi Gen - Pergi
Anotasi Gen - Karbohidrat Cazy
Visualisasi Genome - Plot Circos
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan perakitan genom bakteri BMKGENE melalui kumpulan publikasi yang dikuratori.
Dai, W. et al. (2023) 'Penemuan Bacteroides uniformis F18-22 sebagai bakteri probiotik yang aman dan baru untuk pengobatan kolitis ulserativa dari kolon manusia yang sehat',Jurnal Internasional Ilmu Molekuler, 24 (19), hlm. 14669. DOI: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Isolat Proteus Mirabilis yang resistan terhadap obat-obatan yang membawa Blaoxa-1 dan Blandm-1 dari satwa liar di Cina: meningkatkan risiko kesehatan masyarakat',Zoologi Integratif, 16 (6), hlm. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'Urutan genom lengkap dari endofit Bacillus flexus Klbmp 4941 mengungkapkan mekanisme promosi pertumbuhan tanaman dan dasar genetik untuk toleransi garam',Jurnal Bioteknologi, 260, hlm. 38–41. doi: 10.1016/j.jbiotec.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Plasmid resistensi multi-replison dari Klebsiella memediasi penyebaran luas gen antimikroba',Perbatasan dalam mikrobiologi, 12, hlm. 754931. Doi: 10.3389/fmicb.2021.754931/Bibtex.
