Urutan Amplikon (16S/18S/ITS)

Urutan Amplikon (16S/18S/ITS) dengan Illumina adalah metode menganalisis keanekaragaman mikroba dengan mengidentifikasi profil mikroba menurut urutannya dan kemudian mencoba menguraikan kekayaan dan keanekaragaman komunitas dalam setiap sampel dan antar sampel. Saluran pipa BMKCloud Amplicon (NGS) memungkinkan analisis 16S, 18S, ITS, dan beberapa gen fungsional. Ini dimulai dengan pemangkasan baca, perakitan baca berpasangan dan penilaian kualitas, diikuti dengan pengelompokan bacaan serupa untuk menghasilkan Unit Taksonomi Operasional (OTU) yang digunakan dalam enam bagian analisis berbeda. Anotasi taksonomi memberikan informasi tentang kelimpahan relatif dan komposisi setiap sampel, sedangkan analisis keanekaragaman alfa dan beta masing-masing berfokus pada keanekaragaman mikroba di dalam dan di antara sampel. Analisis diferensial antar kelompok menemukan OTU yang berbeda menggunakan uji parametrik dan non-parametrik, sedangkan analisis korelasi menghubungkan perbedaan tersebut dengan faktor lingkungan. Terakhir, kelimpahan gen fungsional diprediksi berdasarkan kelimpahan gen penanda, sehingga memberikan wawasan tentang fungsi dan ekologi di setiap sampel.