Exclusive Agency for Korea

Masuk BMKCloud

Produk

16S/18S/Amcicon Sequencing-Pacbio

Gen rRNA 16S dan 18S, bersama dengan daerah spacer transkrip internal (ITS), berfungsi sebagai penanda sidik jari molekul yang sangat penting karena kombinasi daerah mereka yang sangat terkonservasi dan sangat bervariasi, menjadikannya alat yang tak ternilai untuk mengkarakterisasi organisme prokariotik dan eukariotik. Amplifikasi dan pengurutan wilayah ini menawarkan pendekatan bebas isolasi untuk menyelidiki komposisi dan keragaman mikroba di berbagai ekosistem. Sementara pengurutan Illumina biasanya menargetkan daerah hipervariabel pendek seperti V3-V4 dari 16S dan ITS1, telah ditunjukkan bahwa anotasi taksonomi yang unggul dapat dicapai dengan mengurutkan panjang penuh 16s, 18s, dannya. Pendekatan komprehensif ini menghasilkan persentase yang lebih tinggi dari urutan yang diklasifikasikan secara akurat, mencapai tingkat resolusi yang meluas ke identifikasi spesies. Platform sekuensing real-time-time-time (SMRT) Pacbio menonjol dengan memberikan bacaan panjang yang sangat akurat (HIFI) yang mencakup amplikon panjang penuh, menyaingi ketepatan sekuensing Illumina. Kemampuan ini memungkinkan para peneliti untuk mendapatkan keuntungan yang tak tertandingi - pandangan panorama dari lanskap genetik. Cakupan yang diperluas secara signifikan meningkatkan resolusi anotasi spesies, terutama dalam komunitas bakteri atau jamur, memungkinkan pemahaman yang lebih dalam tentang seluk -beluk populasi mikroba.

Hubungi kami

Detail Layanan

Bioinformatika

Hasil demo

Publikasi unggulan

Fitur Layanan

● Platform Sequencing: Pacbio Revio

● Mode Sequencing: CCS (HiFi Reads)

● Amplifikasi wilayah target diikuti oleh tandem yang menghubungkan amplikon sebelum persiapan perpustakaan lonceng smrt hifi

Keuntungan Layanan

●Resolusi taksonomi yang lebih tinggi: tSequencing Han Short-amplikon,Mengaktifkan tingkat klasifikasi OTU yang lebih tinggi di tingkat spesies.

●Panggilan dasar yang sangat akurat: Pacbio CCS Mode Sequencing (HiFi Reads).

●Bebas isolasi: Identifikasi cepat komposisi mikroba dalam sampel lingkungan.

●Berlaku secara luas: Beragam studi komunitas mikroba.

●Analisis bioinformatik yang komprehensif: Paket QIIME2 terbaru (wawasan kuantitatif ke dalam ekologi mikroba) dengan beragam analisis dalam hal database, anotasi, OTU/ASV.

●Keahlian yang luas: Dengan ribuan proyek pengurutan amplikon yang dilakukan setiap tahun, BMKGENE membawa lebih dari satu dekade pengalaman, tim analisis yang sangat terampil, konten komprehensif, dan dukungan pasca-penjualan yang sangat baik.

Spesifikasi layanan

Perpustakaan	Strategi Sequencing	Data direkomendasikan
Amplikon	Pacbio Revio	10/30/50 K Tag (CCS)

Persyaratan sampel

Konsentrasi (ng/μl)	Jumlah Total (μg)	Volume (μl)
≥5	≥0.3	≥20

Pengiriman sampel yang disarankan

Bekukan sampel dalam nitrogen cair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cair atau -80 derajat untuk reservasi jangka panjang. Pengiriman sampel dengan es kering diperlukan.

Aliran kerja layanan

Pengiriman sampel

Konstruksi Perpustakaan

Sekuensing

Analisis Data

Layanan setelah penjualan

Sebelumnya: 16S/18S/sekuensing amplikon-nya

Berikutnya: Uji untuk kromatin yang dapat diakses transposase dengan sekuensing throughput tinggi (ATAC-seq)

Termasuk analisis berikut:

● Kontrol kualitas data mentah

● OTU clustering/de-noise (ASV)

● Anotasi OTU

● Analisis keanekaragaman alfa: beberapa indeks, termasuk Shannon, Simpson dan ACE.

● Analisis keragaman beta

● Analisis antar kelompok

● Analisis korelasi: antara faktor lingkungan dan komposisi dan keragaman

● Prediksi gen fungsional 16S

Histogram distribusi taksonomi

Pohon filogenetik distribusi komunitas

Analisis Keragaman Alpha: ACE

indeks

Analisis Keragaman Beta: PCOA

Analisis Antar Kelompok: ANOVA

Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan sekuensing amplikon BMKGENE dengan PACBIO melalui kumpulan publikasi yang dikuratori.

Gao, X. dan Wang, H. (2023) 'Analisis komparatif profil dan fungsi bakteri rumen selama adaptasi dengan fenologi yang berbeda (Regreen vs Grassy) pada domba merino alpine dengan dua tahap yang tumbuh di padang rumput alpine', fermentasi, 9 (9 ( 1), hlm. 16. doi: 10.3390/fermentasi9010016/s1.

Li, S. et al. (2023) 'Menangkap materi gelap mikroba di tanah gurun menggunakan metagenomik berbasis kulturomik dan analisis resolusi tinggi', biofilm NPJ dan mikrobioma 2023 9: 1, 9 (1), hlm. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) 'Efek garam asam lemak pada karakteristik fermentasi, keragaman bakteri dan stabilitas aerobik silase campuran yang disiapkan dengan alfalfa, jerami padi dan dedak gandum', Jurnal Ilmu Makanan dan Pertanian, 102 (4), hlm. 1475– 1487. doi: 10.1002/jsfa.11482.

Yang, J. et al. (2023) 'Interaksi antara biomarker stres oksidatif dan mikrobiota usus dalam efek antioksidan ekstrak dari Sonchus brachyotus DC. Dalam stres oksidatif usus yang diinduksi oxazolone pada ikan zebra dewasa ', antioksidan 2023, vol. 12, halaman 192, 12 (1), hlm. 192. DOI: 10.3390/AntiOX12010192.