16S/18S/sekuensing amplikon-nya
Fitur Layanan
● Platform Sequencing: Illumina Novaseq.
● Amplifikasi daerah pendek 16 -an, 18 dan, di antara target amplifikasi lainnya.
● Pilihan amplikon yang fleksibel.
● Pengalaman proyek sebelumnya dengan beberapa target amplifikasi.
Keuntungan Layanan
●Bebas isolasi:Identifikasi cepat komposisi mikroba dalam sampel lingkungan.
●Resolusi tinggi: Dalam komponen rendah yang berlimpah dalam sampel lingkungan.
●Berlaku secara luas: Beragam studi komunitas mikroba.
●Analisis bioinformatik yang komprehensif: Paket QIIME2 terbaru (wawasan kuantitatif ke dalam ekologi mikroba) dengan beragam analisis dalam hal database, anotasi, OTU/ASV.
●Keahlian yang luas: Dengan 150 ribu proyek sekuensing amplikon yang dilakukan setiap tahun, BMKGENE membawa lebih dari satu dekade pengalaman, tim analisis yang sangat terampil, konten komprehensif, dan dukungan pasca-penjualan yang sangat baik.
Spesifikasi layanan
| Perpustakaan | Strategi Sequencing | Data direkomendasikan |
| Amplikon | Illumina PE250 | Tag 50/100/300k (Baca pasangan) |
Persyaratan layanan
| Konsentrasi (ng/μl) | Jumlah Total (NG) | Volume (μl) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Tanah/lumpur: 1-2g
● Konten usus-hewan: 0,5-2g
● Isi usus-serangga: 0.1-0.25g
● Permukaan tanaman (sedimen yang diperkaya): 0.1-0.5g
● Sedimen yang diperkaya kaldu fermentasi): 0.1-0.5g
● Feses (hewan besar): 0,5-2g
● Feses (mouse): 3-5 tahun
● Cairan lavage alveolar paru: kertas filter
● Sapu vagina: 5-6 swab
● Sapu kulit/genital/saliva/jaringan lunak oral/swab faring/swab dubur: 2-3 swab
● Mikroorganisme permukaan: kertas saring
● Waterbody/Air/Biofilm: Paper Filter
● Endofit: 1-2g
● Plak gigi: 0,5-1g
Aliran kerja layanan
Pengiriman sampel
Konstruksi Perpustakaan
Sekuensing
Analisis Data
Layanan setelah penjualan
Termasuk analisis berikut:
- Kontrol kualitas data mentah
- OTU clustering /de-noise (ASV)
- Anotasi OTU
- Analisis keanekaragaman alfa: beberapa indeks, termasuk Shannon, Simpson dan ACE.
- Analisis Keragaman Beta
- Analisis antar kelompok
- Analisis Korelasi: Antara Faktor Lingkungan dan Komposisi dan Keragaman
- Prediksi gen fungsional 16S
Histogram distribusi taksonomi
Peta panas pengelompokan kelimpahan taksonomi
Analisis Keragaman Alpha: Kurva Rarefaction
Analisis Keragaman Beta: NMDS
Analisis Antar Kelompok: Penemuan Biomarker Lefse
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan sekuensing amplikon BMKGENE dengan Illumina melalui koleksi publikasi yang dikuratori.
Dong, C. et al. (2022) 'perakitan, mikrobiota inti, dan fungsi tanah rhizosfer dan mikrobiota kulit di Eucommia ulmoides', perbatasan dalam mikrobiologi, 13. doi: 10.3389/fmicb.2022.855317/penuh.
Li, Y. et al. (2023) 'Transplantasi konsorsium bakteri sintetis untuk pengobatan vaginosis bakteri yang diinduksi Gardnerella vaginalis pada tikus', mikrobioma, 11 (1), hlm. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. dan Liu, H. (2022) 'Mikrobioma debu udara yang dikumpulkan selama eksperimen pendukung bioreneratif berbasis darat “Istana Lunar 365”', mikrobioma lingkungan, 17 (1), hal. 1–20. doi: 10.1186/s40793-022-00399-0/angka/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Kelimpahan gen fungsional yang bergantung pada bahan baku terkait dengan kehilangan nitrogen yang dikendalikan transformasi nitrogen dalam pengomposan', Teknologi Bioresource, 361, hal. 127678. Doi: 10.1016/j.biortech.2022.127678.
