Ամբողջ գենոմի բիսուլֆիտի հաջորդականությունը (WGBS)
Ամբողջ գենոմի բիսուլֆիտի հաջորդականությունը (WGBS) հանդիսանում է որպես ոսկե ստանդարտ մեթոդոլոգիա ԴՆԹ-ի մեթիլացման խորը հետազոտության համար, մասնավորապես հինգերորդ դիրքը ցիտոզինում (5-mC), որը գեների արտահայտման և բջջային ակտիվության առանցքային կարգավորիչ է: WGBS-ի հիմքում ընկած սկզբունքը ներառում է բիսուլֆիտի մշակումը, որը հրահրում է չմեթիլացված ցիտոսինների փոխակերպումը ուրացիլի (C-ից U), մինչդեռ մեթիլացված ցիտոսինները թողնելով անփոփոխ: Այս տեխնիկան առաջարկում է մեկ հիմքի լուծում, որը թույլ է տալիս հետազոտողներին համակողմանիորեն ուսումնասիրել մեթիլոմը և բացահայտել մեթիլացման աննորմալ ձևերը, որոնք կապված են տարբեր պայմանների, հատկապես քաղցկեղի հետ: Օգտագործելով WGBS-ը՝ գիտնականները կարող են անզուգական պատկերացումներ ստանալ գենոմի լայնածավալ մեթիլացման լանդշաֆտների վերաբերյալ՝ ապահովելով տարբեր կենսաբանական գործընթացների և հիվանդությունների հիմքում ընկած էպիգենետիկ մեխանիզմների նրբերանգ պատկերացում:
Ծառայության առանձնահատկությունները
● Պահանջում է տեղեկատու գենոմ:
● Լամբդա ԴՆԹ-ն ավելացվում է բիսուլֆիտի փոխակերպման արդյունավետությունը վերահսկելու համար:
● Հերթականություն Illumina NovaSeq-ում:
Ծառայության առավելությունները
●ԴՆԹ-ի մեթիլացման հետազոտության ոսկե ստանդարտՄեթիլացման փոխակերպման այս հասուն տեխնոլոգիան ունի բարձր ճշգրտություն և լավ վերարտադրելիություն:
●Լայն ծածկույթ և մեկ հիմքի լուծում.մեթիլացման վայրերի հայտնաբերում գենոմի ամբողջ մակարդակում:
●Ամբողջական հարթակ.ապահովել միանգամյա գերազանց ծառայություն՝ նմուշների մշակումից, գրադարանի կառուցումից, հաջորդականությունից մինչև կենսաինֆորմատիկական վերլուծություն:
●Ընդարձակ փորձաքննությունWGBS հաջորդականության նախագծերի շնորհիվ, որոնք հաջողությամբ ավարտվել են տեսակների բազմազան տեսականիով, BMKGENE-ն բերում է ավելի քան մեկ տասնամյակի փորձ, բարձր հմուտ վերլուծական թիմ, համապարփակ բովանդակություն և գերազանց հետվաճառքային աջակցություն:
●Տրանսկրիպտոմիկայի վերլուծությանը միանալու հնարավորությունթույլ տալով WGBS-ի ինտեգրված վերլուծությունը այլ omics տվյալների հետ, ինչպիսիք են RNA-seq:
Նմուշի բնութագրեր
| Գրադարան | Հաջորդականության ռազմավարություն | Առաջարկվող տվյալների ելք | Որակի վերահսկում |
| Բիսուլֆիտով մշակված | Illumina PE150 | 30x խորություն | Q30 ≥ 85% Բիսուլֆիտի փոխակերպում > 99% |
Նմուշի պահանջներ
| Համակենտրոնացում (նգ/մլ) | Ընդհանուր քանակություն (մկգ) | Լրացուցիչ պահանջներ | |
| Գենոմային ԴՆԹ | ≥ 5 | ≥ 400 նգ | Սահմանափակ դեգրադացիա կամ աղտոտում |
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Նմուշի առաքում
ԴՆԹ արդյունահանում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Տվյալների առաքում
Ներառում է հետևյալ վերլուծությունը.
● Հումքի հաջորդականության որակի վերահսկում;
● Հղում գենոմի քարտեզագրում;
● 5mC մեթիլացված հիմքերի հայտնաբերում;
● Մեթիլացման բաշխման և անոտացիայի վերլուծություն;
● Դիֆերենցիալ մեթիլացված շրջանների (DMRs) վերլուծություն;
● DMR-ների հետ կապված գեների ֆունկցիոնալ նշում:
5mC մեթիլացման հայտնաբերում. մեթիլացված տեղամասերի տեսակները
Մեթիլացման քարտեզ. 5mC մեթիլացման գենոմի բաշխում
Բարձր մեթիլացված շրջանների անոտացիա
Դիֆերենցիալ մեթիլացված շրջաններ. կապված գեներ
Դիֆերենցիալ մեթիլացված շրջաններ. հարակից գեների անոտացիա (գենային գոյաբանություն)
Բացահայտեք հետազոտական առաջընթացները, որոնք նպաստում են BMKGene-ի գենոմի բիսուլֆիտի հաջորդականության ամբողջ ծառայությունների միջոցով՝ հրատարակությունների համադրված հավաքածուի միջոցով:
Fan, Y. et al. (2020) «ԴՆԹ-ի մեթիլացման պրոֆիլների վերլուծություն ոչխարի կմախքի մկանների զարգացման ընթացքում՝ օգտագործելով ամբողջ գենոմի բիսուլֆիտի հաջորդականությունը»,BMC Genomics, 21 (1), էջ 1–15։ doi՝ 10.1186/S12864-020-6751-5:
Zhao, X. et al. (2022) «Նոր դեզօքսիռիբոնուկլեինաթթվի մեթիլացման խանգարումներ վինիլքլորիդին ենթարկված աշխատողների մոտ»,Թունաբանություն և արդյունաբերական առողջություն, 38 (7), էջ 377–388։ doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) «Գենոմի մեթիլացման, չկոդավորող ՌՆԹ-ների, mRNA-ների և մետաբոլիտների մակարդակների հարաբերությունները հասունացող լոլիկի պտուղներում»,The Plant Journal, 103 (3), էջ 980–994։ doi՝ 10.1111/TPJ.14778:
