Հատուկ-Լոկուսի ուժեղացված հատվածի հաջորդականացում (Slaf-SEQ)
Աշխատուժ
Տեխնիկական սխեման
Ծառայության առանձնահատկություններ
● Նովասիքում հաջորդականությունը PE150- ի հետ:
● Գրադարանի պատրաստում կրկնակի շտրիխիկով, հնարավորություն տալով ավելի քան 1000 նմուշ:
● Այս տեխնիկան կարող է օգտագործվել հղման գենոմի հետ կամ առանց որեւէ բիոինֆորմատիկ խողովակաշարերով `յուրաքանչյուր դեպքի համար.
Հղումի գենոմով. SNP եւնդլիկների հայտնաբերում
Առանց հղման գենոմ. Նմուշի կլաստերինգ եւ SNP Discovery
●ՍիլիկոյումՆախնական ձեւավորման փուլ Բազմաթիվ սահմանափակման ֆերմենտային համադրություններ ցուցադրվում են գտնելու համար, որոնք գենոմի երկայնքով բերում են SLAF պիտակների միասնական բաշխում:
● Նախնական փորձի ընթացքում երեք ֆերմենտային կոմբինացիան փորձարկվում է 3 նմուշի մեջ, 9 SLAF գրադարաններ ստեղծելու համար, եւ այդ տեղեկատվությունն օգտագործում է ծրագրի համար օպտիմալ սահմանափակման ֆերմենտային համադրությունը ընտրելու համար:
Ծառայության առավելություններ
●Բարձր գենետիկ մարկեր հայտնաբերումԲարձր կապի կրկնակի շտրիխ համակարգի ինտեգրումը թույլ է տալիս մեծ բնակչության միաժամանակյա հաջորդականացնելը, եւ տեղակայման հատուկ ուժեղացումը ուժեղացնում է արդյունավետությունը, ապահովելով, որ Tag թվերը բավարարում են տարբեր հետազոտական հարցերի բազմազան պահանջները:
● Ցածր կախվածություն գենոմիցԱյն կարող է կիրառվել նշված գենոմի հետ կամ առանց դրա:
●Flexible կուն սխեմայի ձեւավորումՄիայն ֆերմենտ, երկկողմանի, բազմամյա ֆերմենտային մարսողություն եւ տարբեր տեսակի ֆերմենտներ կարող են ընտրվել `սպասարկելու տարբեր հետազոտական նպատակներ կամ տեսակներ: ԷՍիլիկոյումՆախնական ձեւավորումն իրականացվում է օպտիմալ ֆերմենտային ձեւավորում ապահովելու համար:
● Էնցմատիկ մարսողության բարձր արդյունավետություն. An- ի անցկացումըՍիլիկոյումՆախնական ձեւավորումը եւ նախնական փորձը հավաստիացրել են օպտիմալ ձեւավորում `Chromosome (1 Slaf Tag / 4KB) եւ կրճատված կրկնվող հաջորդականության (<5%):
●Ընդարձակ փորձաքննությունՄեր թիմը հարուստ փորձ է բերում յուրաքանչյուր նախագծի, հարյուրավոր տեսակների վրա ավելի քան 5000 SLAF-SEQ նախագծերի փակման գրառում `ներառյալ բույսեր, կաթնասուններ, թռչուններ, միջատներ եւ ջրային օրգանիզմներ:
● Ինքնազարգացած բիոինֆորմատիկ աշխատանքային հոսքBMKGene- ը մշակեց SLAF-SEQ- ի ինտեգրված բիոինֆորմատիկ աշխատանքային հոսք `վերջնական արդյունքի հուսալիությունն ու ճշգրտությունն ապահովելու համար:
Ծառայության բնութագրերը
| Վերլուծության տեսակը | Առաջարկվող բնակչության մասշտաբը | Կիսապայմանագրային ռազմավարություն | |
| TAG- ի հաջորդականության խորությունը | Պիտակի համարը | ||
| Գենետիկ քարտեզներ | 2 ծնող եւ> 150 սերունդ | Ծնողներ. 20x WGS Offsping: 10x | Գենոմի չափը. <400 MB. WGS- ն առաջարկվում է <1GB: 100k Tags 1-2GB :: 200k Tags > 2GB: 300K թեգեր MAX 500K Tags |
| Գենոմ-լայն ասոցիացիայի ուսումնասիրություններ (GWAS) | ≥200 նմուշներ | 10x | |
| Գենետիկ էվոլյուցիա | ≥30 նմուշներ, յուրաքանչյուր ենթախմբից> 10 նմուշ | 10x | |
Ծառայության պահանջներ
Համակենտրոնացում ≥ 5 նգ / մկլ
Ընդհանուր գումարը ≥ 80 NG
Nanodrop OD260 / 280 = 1.6-2.5
Ագարոզ գել. Ոչ կամ սահմանափակ քայքայումը կամ աղտոտումը
Առաջարկվող նմուշի առաքում
Բեռնարկղ, 2 մլ ցենտրիֆուգու խողովակ
(Նմուշների մեծամասնության համար խորհուրդ ենք տալիս չխոչընդոտել էթանոլում)
Նմուշի պիտակավորում. Նմուշները պետք է հստակ պիտակավորված լինեն եւ նույնականորեն ներկայացված նմուշի տեղեկատվության ձեւը:
Առաքում. Չոր սառույց. Նմուշները նախ պետք է փաթեթավորվեն պայուսակների մեջ եւ թաղվեն չոր սառույցի մեջ:
Ծառայության աշխատանքային հոսք
Նմուշ QC
Փորձնական փորձ
Slaf-Experiment
Գրադարանի պատրաստում
Հաջորդականացում
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքի ծառայություններ
Ներառում է հետեւյալ վերլուծությունը.
- Կիսապաշտպանիչ տվյալների QC
- SLAF պիտակի զարգացում
Քարտեզագրում `հղման գենոմը
Առանց հղման գենոմի. Կլաստերինգ
- SLAF Tags. Վիճակագրություն, բաշխում գենոմի ամբողջ տարածքում
- Մարկերի հայտնաբերում. SNP, նդել, snv, CV զանգահարող եւ ծանոթագրություն
SLAF պիտակների բաշխում քրոմոսոմների վրա.
SNPS- ի բաշխում քրոմոսոմների վրա.
SNP Ծանոթագրություն
| Տարի | Ամսագիր | IF | Վերնագիր | Ծրագրեր |
| 2022 | Բնության հաղորդակցություն | 17.694 | Գիգա-քրոմոսոմների եւ ծառերի պոնի գիգա-գենոմի գենոմիական հիմք Paeonia ostii | Slaf-gwas |
| 2015 թ | ՆՈՐ ՖԻԼՈՏՈԼՈԳ | 7.433 | Տնային ոտնահետքերի խարիսխի գենոմիական շրջանները ագրոնոմիական նշանակության բնագավառներում սոյա | Slaf-gwas |
| 2022 | Ամսագիր առաջադեմ հետազոտությունների մասին | 12.822 | Gossypium Barbadense- ի գենոմի լայն արհեստական ներխուժումները Գ. Հիրսուտում Բացահայտեք վերադաս տեղանքը բամբակյա մանրաթելերի որակի եւ բերքատվության միաժամանակյա բարելավման համար հատկություններ | Slaf-Evolutionary Genetics |
| 2019 թ | Մոլեկուլային գործարան | 10.81 | Բնակչության գենոմիկական վերլուծությունը եւ դե Նովո ժողովը բացահայտում են մոլախոտի ծագումը Բրինձ, որպես էվոլյուցիոն խաղ | Slaf-Evolutionary Genetics |
| 2019 թ | Բնության գենետիկա | 31.616 | Գենոմի հաջորդականությունը եւ ընդհանուր կարպի գենետիկական բազմազանությունը, Կիպրինուս Կարպիոն | Slaf-կապի քարտեզ |
| 2014 թ | Բնության գենետիկա | 25.455 | Մշակված գետնանուշի գենոմը պատկերացում է տալիս բուսականության մեջ, պոլիկլոիդ էվոլյուցիա եւ բերքահավաքի տնային տնտեսություն: | Slaf-կապի քարտեզ |
| 2022 | Բույսերի կենսատեխնոլոգիական հանդես | 9.803 | ST1- ի նույնականացումը բացահայտում է սերմերի մորֆոլոգիայի հորձանքի ներգրավմամբ ընտրություն եւ նավթի պարունակությունը սոյայի տնային տարիներին | Slaf-Marker Development |
| 2022 | Մոլեկուլային գիտությունների միջազգային ամսագիր | 6.208 | Նույնականացման եւ ԴՆԹ-ի ցուցիչների զարգացում ցորենի-լիդմուսի մոլլիսի 2ns (2D) Առանձնացրեք քրոմոսոմի փոխարինումը | Slaf-Marker Development |
| Տարի | Ամսագիր | IF | Վերնագիր | Ծրագրեր |
| 2023 | Սահմաններ բույսերի գիտության մեջ | 6.735 | Pyrus Pyrifolia- ի պտղի հասունացման ընթացքում շաքարի պարունակության քարտեզագրման եւ շաքարի պարունակության տառադարձում | Գենետիկ քարտեզ |
| 2022 | Բույսերի կենսատեխնոլոգիական հանդես | 8.154 | ST1- ի նույնականացումը բացահայտում է սերմնաբուծության ընթացքում սերմերի մորֆոլոգիայի եւ նավթի պարունակության հետ կապված ընտրություն
| SNP զանգահարել |
| 2022 | Սահմաններ բույսերի գիտության մեջ | 6.623 | Երաշտի միջավայրում անօգուտ հազիվ ֆենոտիպերի գենոմ-լայն ասոցիացիայի քարտեզագրում:
| Գվաս |
