Փոքր ՌՆԹ-ները 18-30 նտ միջին երկարությամբ կարճ ոչ կոդավորող ՌՆԹ-ի տեսակ են, ներառյալ miRNA, siRNA և piRNA: Այս փոքր ՌՆԹ-ները զանգվածաբար ներգրավված են կենսաբանական տարբեր գործընթացներում, ինչպիսիք են mRNA-ի քայքայումը, թարգմանության արգելակումը, հետերոքրոմատինի ձևավորումը և այլն: հաջորդականության վերլուծության հարթակը բաղկացած է ստանդարտ վերլուծությունից և առաջադեմ տվյալների արդյունահանումից: RNA-seq տվյալների հիման վրա ստանդարտ վերլուծությունը կարող է հասնել miRNA-ի նույնականացման և կանխատեսման, miRNA-ի թիրախային գենի կանխատեսման, անոտացիայի և արտահայտման վերլուծության: Ընդլայնված վերլուծությունը հնարավորություն է տալիս հարմարեցված miRNA որոնում և արդյունահանում, Venn դիագրամի ստեղծում, miRNA և թիրախային գենային ցանցի ստեղծում:
