Միակ միջուկների ՌՆԹ-ի հաջորդականություն
Տեխնիկական սխեման
Միջուկների մեկուսացումն իրականացվում է 10× Genomics Chromium™-ի միջոցով, որը բաղկացած է ութ ալիքային միկրոհեղուկ համակարգից՝ կրկնակի հատումներով: Այս համակարգում գել ուլունքները շտրիխ կոդերով և այբբենարանով, ֆերմենտներով և մեկ միջուկով պարփակվում են նանոլիտրի չափ յուղի կաթիլում՝ առաջացնելով Gel Bead-in-Emulsion (GEM): Երբ GEM-ը ձևավորվում է, յուրաքանչյուր GEM-ում կատարվում է բջիջների լիզում և շտրիխ կոդերի թողարկում: mRNA-ն հակադարձ տառադարձվում է cDNA մոլեկուլների՝ 10× շտրիխ կոդերով և UMI-ով, որոնք հետագայում ենթակա են ստանդարտ հաջորդականության գրադարանի կառուցման:
Առանձնահատկություններ
● Սառեցված հյուսվածքներից մեկ միջուկային կախոցի պատրաստում
● Գել բշտիկ-էմուլսիայի (GEM) ձևավորում, որին հաջորդում է cDNA սինթեզը
● GEM-ի յուրաքանչյուր բշտիկ բեռնված է 4 հատվածից բաղկացած այբբենարաններով.
պոլի(dT) պոչ՝ mRNA պրիմինգի և cDNA սինթեզի համար,
Եզակի մոլեկուլային նույնացուցիչ (UMI) ուժեղացման կողմնակալությունը շտկելու համար
10x շտրիխ կոդ
Մասնակի ընթերցված 1 հաջորդականացման այբբենարանի պարտադիր հաջորդականությունը
Առավելությունները
Մեկ միջուկի ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը շրջանցում է միաբջիջ ՌՆԹ-ի հաջորդականության սահմանափակումները՝ հնարավորություն տալով.
● Սառեցված նմուշների օգտագործումը և ոչ միայն սահմանափակվում է թարմ նմուշներով
● Սառեցված բջիջների ցածր սթրեսը, համեմատած թարմ բջիջների ֆերմենտային բուժման հետ, որն արտացոլվում է տրանսկրիպտոմի տվյալների մեջ՝ ավելի քիչ սթրեսից առաջացած գեների տեսքով։
● Կարիք չկա արյան կարմիր բջիջների նախնական հեռացման
● Անսահմանափակ բջջային տրամագիծ
● Նմուշների մեծ տեսականի, որոնք իրավասու են վերլուծության համար, ներառյալ բարդ և փխրուն հյուսվածքների տեսակները, որոնք հակված են բջիջների կուտակման կամ ոչնչացման հյուսվածքների տարանջատման ժամանակ
Նմուշներ, որոնք չեն կարող վերլուծվել միաբջիջ ՌՆԹ-ի հաջորդականությամբ և թույլատրելի են մեկ միջուկի ՌՆԹ-ի հաջորդականության համար.
| Բջջային / Հյուսվածք | Պատճառը |
| Չթարմացրեք սառեցված հյուսվածքը | Հնարավոր չէ ստանալ թարմ կամ երկար ժամանակ պահպանված կազմակերպություններ |
| Մկանային բջիջ, մեգակարիոցիտ, ճարպ… | Բջջի տրամագիծը չափազանց մեծ է գործիք մտնելու համար |
| Լյարդ… | Չափազանց փխրուն է կոտրելու համար, անկարող է տարբերակել առանձին բջիջները |
| Նեյրոնային բջիջ, ուղեղ… | Ավելի զգայուն, հեշտ սթրեսի համար, կփոխի հաջորդականության արդյունքները |
| Ենթաստամոքսային գեղձ, վահանաձև գեղձ… | Հարուստ է էնդոգեն ֆերմենտներով, որոնք ազդում են միայնակ բջջային կասեցման արտադրության վրա |
Միակ միջուկ ընդդեմ միաբջիջ
| Միակ միջուկ | Միաբջիջ |
| Անսահմանափակ բջջային տրամագիծ | Բջջի տրամագիծը՝ 10-40 մկմ |
| Նյութը կարող է լինել սառեցված հյուսվածք | Նյութը պետք է լինի թարմ հյուսվածք |
| Սառեցված բջիջների ցածր սթրեսը | Ֆերմենտային բուժումը կարող է առաջացնել բջիջների սթրեսային ռեակցիա |
| Կարիք չկա արյան կարմիր բջիջների հեռացում | Կարմիր արյան բջիջները պետք է հեռացվեն |
| Միջուկային էքսպրես բիոինֆորմացիա | Ամբողջ բջիջն արտահայտում է բիոինֆորմացիա |
Տեխնիկական պայմաններ
| Նմուշի պահանջներ | Գրադարան | Հերթականության ռազմավարություն | Առաջարկվող տվյալներ | Որակի վերահսկում |
| Կենդանական հյուսվածք ≥ 200 մգ Բուսական հյուսվածք ≥ 400 մգ | 10x Genomics sn cDNA գրադարան | Illumina PE150 | 100K PE ընթերցում մեկ բջջի համար (100-200 Գբ) | 700-1200 միջուկներ/μl և միջուկների ամբողջականությունը դիտվել է մանրադիտակի տակ |
Նմուշի պատրաստման ուղեցույցի և սպասարկման աշխատանքի ընթացքի վերաբերյալ լրացուցիչ մանրամասների համար խնդրում ենք ազատ զգալ զրուցել aBMKGENE փորձագետ
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Ներառում է հետևյալ վերլուծությունը.
● Որակի վերահսկում. բջիջների քանակ, գենի հայտնաբերում, բջիջների ճշգրիտ նույնականացում, ՌՆԹ մոլեկուլներ և արտահայտման քանակականացում
● Ներքին նմուշի վերլուծություն.
Բջիջների կլաստերավորում և կլաստերի անոտացիա
Դիֆերենցիալ արտահայտությունների վերլուծություն. DEG-ների նույնականացում կլաստերներում
Կլաստերային DEG-ների ֆունկցիոնալ անոտացիա և հարստացում
● Միջխմբային վերլուծություն.
Տվյալների համակցություն
Դիֆերենցիալ արտահայտման վերլուծություն. DEG-ների նույնականացում խմբերում
Խմբային DEG-ների ֆունկցիոնալ անոտացիա և հարստացում
● Ընդլայնված վերլուծություն.
Բջջային ցիկլի վերլուծություն
Կեղծ ժամանակային վերլուծություն
Բջջային հաղորդակցության վերլուծություն (CellPhoneDB)
Գենային հավաքածուի հարստացման վերլուծություն (GSEA)
Ներքին նմուշի վերլուծություն
Բջիջների կլաստերավորում.
Դիֆերենցիալ արտահայտությունների վերլուծություն. կլաստերային DEGs
Միջխմբային վերլուծություն
Դիֆերենցիալ արտահայտությունների վերլուծություն. Խմբային DEGs
Ընդլայնված վերլուծություն.
Կեղծ ժամանակային վերլուծություն.
Բջջային ցիկլի վերլուծություն.
Բացահայտեք առաջխաղացումները, որոնք նպաստում են BMKGene-ի մեկ միջուկային ՌՆԹ-ի հաջորդականության ծառայությունների կողմից 10X Chromium-ը այս ցուցադրված հրապարակումներում.
Wang, L. et al. (2021) «Միաբջջային տրանսկրիպտոմիական վերլուծությունը բացահայտում է թոքերի իմունային լանդշաֆտը ստերոիդակայուն ասթմայի սրացման ժամանակ»,Ամերիկայի Միացյալ Նահանգների Գիտությունների ազգային ակադեմիայի նյութեր, 118 (2), էջ. e2005590118. doi՝ 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) «Գլոբալ կարգավորիչ ցանց անկանոնակարգված գեների արտահայտման և իմունային բջիջներում աննորմալ նյութափոխանակության ազդանշանների համար Գրեյվսի հիվանդության և Հաշիմոտոյի թիրեոիդիտի միկրոմիջավայրում»,Սահմանները իմունոլոգիայում, 13, էջ. 879824. doi՝ 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX:
Tian, H. et al. (2023) «Միաբջջային տրանսկրիպտոմը բացահայտում է լեյկոցիտների տարասեռությունը և իմունային պատասխանները ինակտիվացված Edwardsiella tarda-ի հետ պատվաստումից հետո (Paralichthys olivaceus)»,Ջրային կուլտուրա, 566, էջ. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
Yu, Y. et al. (2023) «Ֆոտոդինամիկական թերապիան բարելավում է իմունային անցակետի ինհիբիտորների արդյունքը ստամոքսի քաղցկեղով հիվանդների մոտ հակաուռուցքային իմունիտետի վերափոխման միջոցով»,Ստամոքսի քաղցկեղ, 26 (5), էջ 798–813։ doi՝ 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS:
