Կրճատված ներկայացուցչական բիսուլֆիտի հաջորդականություն (RRBS)
Կրճատված ներկայացուցչական բիսուլֆիտի հաջորդականությունը (RRBS) հայտնվել է որպես ծախսարդյունավետ և արդյունավետ այլընտրանք ամբողջ գենոմի բիսուլֆիտի հաջորդականացմանը (WGBS) ԴՆԹ մեթիլացման հետազոտության մեջ: Թեև WGBS-ը համապարփակ պատկերացումներ է տալիս՝ ուսումնասիրելով ամբողջ գենոմը մեկ բազային լուծաչափով, դրա բարձր արժեքը կարող է սահմանափակող գործոն լինել: RRBS-ը ռազմավարականորեն մեղմացնում է այս մարտահրավերը՝ ընտրողաբար վերլուծելով գենոմի ներկայացուցչական մասը: Այս մեթոդաբանությունը հիմնված է CpG կղզիներով հարուստ շրջանների հարստացման վրա MspI-ի կտրվածքով, որին հաջորդում է 200-500/600 բ/վ բեկորների չափի ընտրությունը: Հետևաբար, միայն CpG կղզիներին մոտ գտնվող շրջանները հաջորդականացված են, մինչդեռ հեռավոր CpG կղզիներով շրջանները բացառված են վերլուծությունից: Այս գործընթացը, զուգորդված բիսուլֆիտի հաջորդականության հետ, թույլ է տալիս բարձր լուծաչափով հայտնաբերել ԴՆԹ մեթիլացումը, իսկ հաջորդականության մոտեցումը՝ PE150, կենտրոնանում է հատկապես ներդիրների ծայրերին, այլ ոչ թե միջինին՝ բարձրացնելով մեթիլացման պրոֆիլավորման արդյունավետությունը: RRBS-ն անգնահատելի գործիք է, որը հնարավորություն է տալիս ծախսարդյունավետ ԴՆԹ-ի մեթիլացման հետազոտություն և զարգացնում էպիգենետիկ մեխանիզմների մասին գիտելիքները:
Ծառայության առանձնահատկությունները
● Պահանջում է տեղեկատու գենոմ:
● Լամբդա ԴՆԹ-ն օգտագործվում է բիսուլֆիտի փոխակերպման արդյունավետությունը վերահսկելու համար:
● MspI-ի մարսողության արդյունավետությունը նույնպես վերահսկվում է:
● Կրկնակի ֆերմենտային մարսողություն բույսերի նմուշների համար:
● Հերթականություն Illumina NovaSeq-ում:
Ծառայության առավելությունները
●WGBS-ի ծախսարդյունավետ և արդյունավետ այլընտրանքհնարավորություն տալով, որ վերլուծությունն իրականացվի ավելի ցածր գնով և ավելի ցածր նմուշի պահանջներով:
●Ամբողջական հարթակ.ապահովել միանգամյա գերազանց ծառայություն՝ նմուշների մշակումից, գրադարանի կառուցումից և հաջորդականությունից մինչև կենսաինֆորմատիկական վերլուծություն:
●Ընդարձակ փորձաքննությունRRBS հաջորդականության նախագծերի շնորհիվ, որոնք հաջողությամբ ավարտվել են տեսակների բազմազան տեսականիով, BMKGENE-ն բերում է ավելի քան մեկ տասնամյակի փորձ, բարձր հմուտ վերլուծական թիմ, համապարփակ բովանդակություն և գերազանց հետվաճառքային աջակցություն:
Ծառայության բնութագրերը
| Գրադարան | Հաջորդականության ռազմավարություն | Առաջարկվող տվյալների ելք | Որակի վերահսկում |
| MspI մարսված և բիսուլֆիտով մշակված գրադարան | Illumina PE150 | 8 Գբ | Q30 ≥ 85% Բիսուլֆիտի փոխակերպում > 99% MspI կտրման արդյունավետություն > 95% |
Նմուշի պահանջներ
| Համակենտրոնացում (նգ/մլ) | Ընդհանուր քանակություն (մկգ) |
| |
| Գենոմային ԴՆԹ | ≥ 30 | ≥ 1 | Սահմանափակ դեգրադացիա կամ աղտոտում |
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Նմուշի առաքում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
Ներառում է հետևյալ վերլուծությունը.
● Հումքի հաջորդականության որակի վերահսկում;
● Հղում գենոմի քարտեզագրում;
● 5mC մեթիլացված հիմքերի հայտնաբերում և մոտիվների նույնականացում;
● Մեթիլացման բաշխման վերլուծություն և նմուշների համեմատություն;
● Դիֆերենցիալ մեթիլացված շրջանների (DMRs) վերլուծություն;
● DMR-ների հետ կապված գեների ֆունկցիոնալ նշում:
Որակի հսկողություն. մարսողության արդյունավետություն (գենոմի քարտեզագրման մեջ)
Որակի հսկողություն. բիսուլֆիտի փոխակերպում (մեթիլացման տեղեկատվության արդյունահանման մեջ)
Մեթիլացման քարտեզ. 5mC մեթիլացման գենոմի բաշխում
Նմուշի համեմատություն. Հիմնական բաղադրիչի վերլուծություն
Դիֆերենցիալ մեթիլացված շրջանների (DMRs) վերլուծություն. ջերմային քարտեզ
Բացահայտեք հետազոտական առաջընթացները, որոնք նպաստում են BMKGene-ի գենոմի բիսուլֆիտի հաջորդականության ամբողջ ծառայությունների միջոցով՝ հրատարակությունների համադրված հավաքածուի միջոցով:
Li, Z. et al. (2022) «Բարձր հավատարմության վերածրագրավորում Լեյդիգի նման բջիջներում CRISPR-ի ակտիվացման և պարակրին գործոնների միջոցով»,PNAS Nexus, 1(4). doi՝ 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179:
Tian, H. et al. (2023) «Չինական մոնոզիգոտ երկվորյակների մարմնի կազմի գենոմի լայնածավալ ԴՆԹ մեթիլացման վերլուծություն»,European Journal of Clinical Investigation, 53(11), էջ. e14055. doi՝ 10.1111/ECI.14055:
Wu, Y. et al. (2022) «ԴՆԹ մեթիլացում և գոտկատեղ-ազդր հարաբերակցությունը.Էնդոկրինոլոգիական հետազոտության ամսագիր, 45 (12), էջ 2365–2376։ doi՝ 10.1007/S40618-022-01878-4:
