-
BMKMANU S3000_Տարածական տրանսկրիպտոմ
Տարածական տրանսկրիպտոմիկան գիտական նորարարության առաջնագծում է, որը հնարավորություն է տալիս հետազոտողներին խորանալ հյուսվածքների ներսում գեների արտահայտման բարդ ձևերի մեջ՝ պահպանելով դրանց տարածական համատեքստը: Տարբեր հարթակներում BMKGene-ը մշակել է BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip-ը, որը պարծենում է 3,5 մկմ բարելավված լուծաչափով, հասնում է ենթաբջջային տիրույթին և հնարավորություն է տալիս բազմաստիճան լուծաչափի կարգավորումներ: S3000 չիպը, որն ունի մոտավորապես 4 միլիոն բծեր, օգտագործում է միկրոհորեր, որոնք շերտավորված են ուլունքներով, որոնք բեռնված են տարածական շտրիխ կոդավորված գրավման զոնդերով: CDNA գրադարան, որը հարստացված է տարածական շտրիխ կոդերով, պատրաստվում է S3000 չիպից և այնուհետև հաջորդականացվում Illumina NovaSeq հարթակում: Տարածական շտրիխ կոդավորված նմուշների և UMI-ների համադրությունն ապահովում է ստեղծվող տվյալների ճշգրտությունն ու առանձնահատկությունը: BMKManu S3000 չիպը չափազանց բազմակողմանի է, որն առաջարկում է բազմաստիճան լուծաչափի կարգավորումներ, որոնք կարող են մանրակրկիտ կարգավորվել տարբեր հյուսվածքների և դետալների ցանկալի մակարդակների վրա: Այս հարմարվողականությունը դիրքավորում է չիպը որպես տարբեր տարածական տրանսկրիպտոմիկայի ուսումնասիրությունների ակնառու ընտրություն՝ ապահովելով ճշգրիտ տարածական կլաստերավորում նվազագույն աղմուկով: Բջջի հատվածավորման տեխնոլոգիայի օգտագործումը BMKManu S3000-ի հետ թույլ է տալիս տառադարձման տվյալների սահմանազատումը բջիջների սահմաններով, ինչը հանգեցնում է վերլուծության, որն ունի անմիջական կենսաբանական նշանակություն: Ավելին, S3000-ի բարելավված լուծաչափը հանգեցնում է յուրաքանչյուր բջջի հայտնաբերված գեների և UMI-ների ավելի մեծ քանակի, ինչը հնարավորություն է տալիս ավելի ճշգրիտ վերլուծել տարածական տառադարձման օրինաչափությունները և բջիջների կլաստերավորումը:
-
Միակ միջուկների ՌՆԹ-ի հաջորդականություն
Մեկ բջիջների գրավման և անհատական գրադարանների կառուցման տեխնիկայի զարգացումը, զուգորդված բարձր թողունակության հաջորդականության հետ, հեղափոխություն է կատարել գեների արտահայտման ուսումնասիրությունների վրա բջջի մակարդակում: Այս բեկումը թույլ է տալիս ավելի խորը և համապարփակ վերլուծել բարդ բջիջների պոպուլյացիաները՝ հաղթահարելով բոլոր բջիջների վրա գենային արտահայտման միջինացման հետ կապված սահմանափակումները և պահպանելով իրական տարասեռությունը այդ պոպուլյացիաների ներսում: Թեև միաբջիջ ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը (scRNA-seq) ունի անհերքելի առավելություններ, այն բախվում է որոշակի հյուսվածքների մարտահրավերների, որտեղ միաբջիջ կախույթի ստեղծումը դժվար է և պահանջում է թարմ նմուշներ: BMKGene-ում մենք լուծում ենք այս խոչընդոտը՝ առաջարկելով մեկ միջուկային ՌՆԹ-ի հաջորդականություն (snRNA-seq)՝ օգտագործելով ժամանակակից 10X Genomics Chromium տեխնոլոգիան: Այս մոտեցումը ընդլայնում է նմուշների սպեկտրը, որոնք ենթակա են տրանսկրիպտոմային վերլուծության միաբջիջ մակարդակում:
Միջուկների մեկուսացումն իրականացվում է նորարարական 10X Genomics Chromium չիպի միջոցով, որն ունի ութ ալիք միկրոհեղուկային համակարգ՝ կրկնակի խաչմերուկներով: Այս համակարգի շրջանակներում գելային ուլունքները, որոնք ներառում են շտրիխ կոդեր, պրայմերներ, ֆերմենտներ և մեկ միջուկ, պարփակվում են նանոլիտրի չափի յուղի կաթիլների մեջ՝ ձևավորելով Gel Bead-in-Emulsion (GEM): GEM-ի ձևավորումից հետո յուրաքանչյուր GEM-ում տեղի է ունենում բջիջների լիզում և շտրիխ կոդի թողարկում: Այնուհետև, mRNA մոլեկուլները ենթարկվում են հակադարձ տրանսկրիպցիայի cDNA-ների՝ ներառելով 10X շտրիխ կոդեր և եզակի մոլեկուլային նույնացուցիչներ (UMIs): Այս cDNA-ները այնուհետև ենթարկվում են ստանդարտ հաջորդականության գրադարանի կառուցմանը, ինչը հեշտացնում է գեների արտահայտման պրոֆիլների ամուր և համապարփակ ուսումնասիրությունը մեկ բջջային մակարդակում:
Պլատֆորմ՝ 10× Genomics Chromium և Illumina NovaSeq հարթակ
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Տարածական տրանսկրիպտոմիկան նորագույն տեխնոլոգիա է, որը թույլ է տալիս հետազոտողներին ուսումնասիրել գեների արտահայտման ձևերը հյուսվածքներում՝ պահպանելով դրանց տարածական համատեքստը: Այս տիրույթում հզոր հարթակներից մեկը 10x Genomics Visium-ն է՝ զուգորդված Illumina հաջորդականությամբ: 10X Visium-ի սկզբունքը ընկած է մասնագիտացված չիպի վրա՝ հատուկ գրավման տարածքով, որտեղ տեղադրվում են հյուսվածքների հատվածները: Այս գրավման տարածքը պարունակում է շտրիխ կոդավորված բծեր, որոնցից յուրաքանչյուրը համապատասխանում է հյուսվածքի ներսում եզակի տարածական դիրքին: Հյուսվածքից գրավված ՌՆԹ մոլեկուլները այնուհետև պիտակավորվում են եզակի մոլեկուլային նույնացուցիչներով (UMIs) հակադարձ տառադարձման գործընթացում: Այս շտրիխ կոդավորված բծերը և UMI-ները հնարավորություն են տալիս ճշգրիտ տարածական քարտեզագրում և գեների արտահայտման քանակականացում մեկ բջջի լուծաչափով: Տարածական շտրիխ կոդավորված նմուշների և UMI-ների համադրությունն ապահովում է ստեղծվող տվյալների ճշգրտությունն ու առանձնահատկությունը: Օգտագործելով այս Spatial Transcriptomics տեխնոլոգիան՝ հետազոտողները կարող են ավելի խորը պատկերացում կազմել բջիջների տարածական կազմակերպման և հյուսվածքների ներսում տեղի ունեցող բարդ մոլեկուլային փոխազդեցությունների մասին՝ առաջարկելով անգնահատելի պատկերացումներ բազմաթիվ ոլորտներում կենսաբանական գործընթացների հիմքում ընկած մեխանիզմների մասին՝ ներառյալ ուռուցքաբանությունը, նյարդաբանությունը, զարգացման կենսաբանությունը, իմունոլոգիան: , և բուսաբանական ուսումնասիրություններ։
Պլատֆորմ՝ 10X Genomics Visium և Illumina NovaSeq
