-
Metagenomic Sequencing -NGS
Մետագենոմը օրգանիզմների խառը համայնքի ընդհանուր գենետիկական նյութի հավաքածու է, ինչպիսիք են շրջակա միջավայրի և մարդու մետագենոմները: Այն պարունակում է ինչպես մշակվող, այնպես էլ անմշակ միկրոօրգանիզմների գենոմներ։ Որսորդական մետագենոմիկ հաջորդականությունը NGS-ով հնարավորություն է տալիս ուսումնասիրել այս բարդ գենոմային լանդշաֆտները, որոնք ներառված են շրջակա միջավայրի նմուշներում՝ ապահովելով ավելին, քան դասակարգային պրոֆիլավորումը, տալով նաև հատիկավոր պատկերացումներ տեսակների բազմազանության, առատության դինամիկայի և պոպուլյացիայի բարդ կառուցվածքների վերաբերյալ: Տաքսոնոմիական ուսումնասիրություններից դուրս, որսորդական հրացանի մետագենոմիկան առաջարկում է նաև ֆունկցիոնալ գենոմիկայի հեռանկար՝ հնարավորություն տալով բացահայտել կոդավորված գեները և դրանց ենթադրյալ դերերը էկոլոգիական գործընթացներում: Վերջապես, գենետիկ տարրերի և շրջակա միջավայրի գործոնների միջև փոխկապակցման ցանցերի ստեղծումը նպաստում է մանրէաբանական համայնքների և նրանց էկոլոգիական ֆոնի միջև բարդ փոխազդեցության ամբողջական ըմբռնմանը: Եզրափակելով, մետագենոմիական հաջորդականությունը առանցքային գործիք է տարբեր մանրէաբանական համայնքների գենոմային բարդությունները բացահայտելու համար՝ լուսաբանելով գենետիկայի և էկոլոգիայի միջև բազմակողմանի հարաբերությունները այս բարդ էկոհամակարգերում:
Պլատֆորմներ՝ Illumina NovaSeq և DNBSEQ-T7
-
Metagenomic Sequencing-TGS
Մետագենոմը օրգանիզմների խառը համայնքի գենետիկական նյութի հավաքածու է, ինչպիսիք են շրջակա միջավայրի և մարդու մետագենոմները: Այն պարունակում է ինչպես մշակվող, այնպես էլ անմշակ միկրոօրգանիզմների գենոմներ։ Մետագենոմիկ հաջորդականությունը հնարավորություն է տալիս ուսումնասիրել այս բարդ գենոմային լանդշաֆտները, որոնք ներառված են էկոլոգիական նմուշների մեջ՝ ապահովելով ավելին, քան տաքսոնոմիական պրոֆիլավորում: Այն նաև առաջարկում է ֆունկցիոնալ գենոմիկայի հեռանկար՝ ուսումնասիրելով կոդավորված գեները և դրանց ենթադրյալ դերերը շրջակա միջավայրի գործընթացներում: Չնայած որսորդական հրացանի ավանդական մոտեցումները Illumina-ի հաջորդականությամբ լայնորեն օգտագործվում են մետագենոմիական ուսումնասիրություններում, Nanopore-ի և PacBio-ի երկար ընթերցված հաջորդականության հայտնվելը փոխել է ոլորտը: Nanopore և PacBio տեխնոլոգիաները բարելավում են ներքևի բիոինֆորմատիկական վերլուծությունները, հատկապես մետագենոմների հավաքումը, ապահովելով ավելի շարունակական հավաքներ: Զեկույցները ցույց են տալիս, որ Nanopore-ի վրա հիմնված և PacBio-ի վրա հիմնված մետագենոմիկան հաջողությամբ ստեղծել է ամբողջական և փակ բակտերիալ գենոմներ բարդ միկրոբիոմներից (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020): Nanopore ընթերցումների ինտեգրումը Illumina ընթերցումների հետ ապահովում է սխալների ուղղման ռազմավարական մոտեցում՝ մեղմելով Nanopore-ի բնորոշ ցածր ճշգրտությունը: Այս սիներգետիկ համադրությունը օգտագործում է յուրաքանչյուր հաջորդականության հարթակի ուժեղ կողմերը՝ առաջարկելով ամուր լուծում՝ պոտենցիալ սահմանափակումները հաղթահարելու և մետագենոմիկ վերլուծությունների ճշգրտությունն ու հուսալիությունը զարգացնելու համար:
Պլատֆորմ՝ Nanopore PromethION 48, Illumia և PacBio Revio
-
Ամբողջ գենոմի բիսուլֆիտի հաջորդականությունը (WGBS)
Ամբողջ գենոմի բիսուլֆիտի հաջորդականությունը (WGBS) հանդիսանում է որպես ոսկե ստանդարտ մեթոդոլոգիա ԴՆԹ-ի մեթիլացման խորը հետազոտության համար, մասնավորապես հինգերորդ դիրքը ցիտոզինում (5-mC), որը գեների արտահայտման և բջջային ակտիվության առանցքային կարգավորիչ է: WGBS-ի հիմքում ընկած սկզբունքը ներառում է բիսուլֆիտի մշակումը, որը հրահրում է չմեթիլացված ցիտոսինների փոխակերպումը ուրացիլի (C-ից U), մինչդեռ մեթիլացված ցիտոսինները թողնելով անփոփոխ: Այս տեխնիկան առաջարկում է մեկ հիմքի լուծում, որը թույլ է տալիս հետազոտողներին համակողմանիորեն ուսումնասիրել մեթիլոմը և բացահայտել մեթիլացման աննորմալ ձևերը, որոնք կապված են տարբեր պայմանների, հատկապես քաղցկեղի հետ: Օգտագործելով WGBS-ը՝ գիտնականները կարող են անզուգական պատկերացումներ ստանալ գենոմի լայնածավալ մեթիլացման լանդշաֆտների վերաբերյալ՝ ապահովելով տարբեր կենսաբանական գործընթացների և հիվանդությունների հիմքում ընկած էպիգենետիկ մեխանիզմների նրբերանգ պատկերացում:
-
Տրանսպոզազային հասանելի քրոմատինի վերլուծություն՝ բարձր թողունակության հաջորդականությամբ (ATAC-seq)
ATAC-seq-ը բարձր թողունակության հաջորդականության մեթոդ է, որն օգտագործվում է գենոմի լայնածավալ քրոմատինի հասանելիության վերլուծության համար: Դրա օգտագործումը ապահովում է գեների արտահայտման գլոբալ էպիգենետիկ հսկողության բարդ մեխանիզմների ավելի խորը պատկերացում: Մեթոդը օգտագործում է հիպերակտիվ Tn5 տրանսպոզազա՝ միաժամանակ մասնատելու և պիտակավորելու բաց քրոմատինային շրջանները՝ տեղադրելով հաջորդականության ադապտերներ: ՊՇՌ-ի հետագա ուժեղացումը հանգեցնում է հաջորդականության գրադարանի ստեղծմանը, որը թույլ է տալիս համապարփակ նույնականացնել բաց քրոմատինային շրջանները հատուկ տարածա-ժամանակային պայմաններում: ATAC-seq-ը տրամադրում է հասանելի քրոմատինային լանդշաֆտների ամբողջական պատկերացում, ի տարբերություն մեթոդների, որոնք կենտրոնանում են բացառապես տրանսկրիպցիոն գործոնը կապող վայրերի կամ հատուկ հիստոնային ձևափոխված շրջանների վրա: Այս բաց քրոմատինային շրջանները հաջորդականացնելով՝ ATAC-seq-ը բացահայտում է այն շրջանները, որոնք ավելի հավանական են ակտիվ կարգավորող հաջորդականությունների և տրանսկրիպցիոն գործոնի կապող պոտենցիալ վայրերի համար՝ արժեքավոր պատկերացումներ տալով գենոմի գենային արտահայտման դինամիկ մոդուլյացիայի վերաբերյալ:
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S և 18S rRNA գեները, ինչպես նաև Internal Trancribed Spacer (ITS) շրջանը, ծառայում են որպես առանցքային մոլեկուլային մատնահետքերի մարկեր՝ իրենց խիստ պահպանված և հիպերփոփոխական շրջանների համակցության շնորհիվ՝ դրանք դարձնելով անգնահատելի գործիքներ պրոկարիոտ և էուկարիոտ օրգանիզմները բնութագրելու համար: Այս շրջանների ուժեղացումը և հաջորդականացումը առաջարկում են մեկուսացումից զերծ մոտեցում՝ տարբեր էկոհամակարգերում մանրէաբանական կազմի և բազմազանության ուսումնասիրության համար: Թեև Illumina հաջորդականությունը սովորաբար թիրախավորում է կարճ հիպերփոփոխական շրջանները, ինչպիսիք են V3-V4-ը 16S-ից և ITS1-ից, ցույց է տրվել, որ բարձրակարգ տաքսոնոմիկ ծանոթագրությունը հասանելի է 16S, 18S և ITS-ի ամբողջ երկարության հաջորդականությամբ: Այս համապարփակ մոտեցումը հանգեցնում է ճշգրիտ դասակարգված հաջորդականությունների ավելի բարձր տոկոսների՝ հասնելով լուծման այնպիսի մակարդակի, որը տարածվում է տեսակների նույնականացման վրա: PacBio-ի Single-Molecule Real-Time (SMRT) հաջորդականության հարթակը առանձնանում է բարձր ճշգրիտ երկար ընթերցմամբ (HiFi) ապահովելով, որը ծածկում է ամբողջ երկարությամբ ամպլիկոնները՝ մրցակցելով Illumina-ի հաջորդականության ճշգրտության հետ: Այս հնարավորությունը թույլ է տալիս հետազոտողներին ձեռք բերել անզուգական առավելություն՝ գենետիկական լանդշաֆտի համայնապատկերային տեսարան: Ընդլայնված ծածկույթը զգալիորեն բարձրացնում է տեսակների անոտացիայի լուծումը, հատկապես բակտերիաների կամ սնկային համայնքներում, ինչը հնարավորություն է տալիս ավելի խորը հասկանալ մանրէների պոպուլյացիաների բարդությունները:
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Illumina տեխնոլոգիայով ամպլիկոնի հաջորդականությունը, որը հատուկ ուղղված է 16S, 18S և ITS գենետիկական մարկերներին, հզոր մեթոդ է մանրէաբանական համայնքներում ֆիլոգենիայի, տաքսոնոմիայի և տեսակների առատությունը բացահայտելու համար: Այս մոտեցումը ներառում է տնային տնտեսության գենետիկական մարկերների հիպերփոփոխական շրջանների հաջորդականությունը: Սկզբնապես ներկայացվել է որպես մոլեկուլային մատնահետքՎոեսս և այլք1977թ.-ին այս տեխնիկան հեղափոխեց միկրոբիոմի պրոֆիլավորումը՝ հնարավորություն տալով մեկուսացումից ազատ անալիզներ իրականացնել: 16S (բակտերիաներ), 18S (սնկեր) և ներքին տառադարձված տարածող (ITS, սնկերի) հաջորդականության միջոցով հետազոտողները կարող են բացահայտել ոչ միայն առատ տեսակները, այլև հազվագյուտ և չբացահայտված տեսակները: Լայնորեն ընդունված որպես առանցքային գործիք՝ ամպլիկոնի հաջորդականությունը գործիքային է դարձել տարբեր միջավայրերում, ներառյալ մարդու բերանի խոռոչը, աղիքները, կղանքը և դրանից դուրս տարբեր մանրէաբանական կոմպոզիցիաներ պարզելու համար:
-
Բակտերիալ և սնկային ամբողջ գենոմի վերահերթականացում
Բակտերիաների և սնկերի ամբողջական գենոմի վերասեկվենավորման նախագծերը առանցքային են մանրէների գենոմիկայի առաջխաղացման համար՝ հնարավորություն տալով լրացնել և համեմատել մանրէների գենոմները: Սա հեշտացնում է ֆերմենտացման ճարտարագիտությունը, արդյունաբերական գործընթացների օպտիմալացումը և նյութափոխանակության երկրորդական ուղիների ուսումնասիրությունը: Ավելին, սնկային և բակտերիաների վերահերթականացումը կարևոր է շրջակա միջավայրի հարմարվողականությունը հասկանալու, շտամների օպտիմալացման և գենետիկ էվոլյուցիայի դինամիկան բացահայտելու համար՝ բժշկության, գյուղատնտեսության և բնապահպանական գիտության մեջ լայն ազդեցություն ունենալով:
-
PacBio- Ամբողջական 16S/18S/ITS ամպլիկոնի հաջորդականություն
Amplicon (16S/18S/ITS) հարթակը մշակված է մանրէների բազմազանության նախագծի վերլուծության տարիների փորձով, որը պարունակում է ստանդարտացված հիմնական վերլուծություն և անհատականացված վերլուծություն. և վերլուծության արդյունքները ներկայացվում են ծրագրի հաշվետվությունների տեսքով. Անհատականացված վերլուծության բովանդակությունը բազմազան է: Նմուշները կարող են ընտրվել, և պարամետրերը կարող են ճկուն սահմանվել՝ համաձայն հիմնական վերլուծության զեկույցի և հետազոտության նպատակի՝ անհատականացված պահանջներն իրականացնելու համար: Windows օպերացիոն համակարգ՝ պարզ և արագ:
-
PacBio- Ամբողջական տրանսկրիպտոմ (ոչ հղում)
Որպես մուտքագրում ընդունելով Pacific Biosciences (PacBio) իզոֆորմային հաջորդականության տվյալները՝ այս հավելվածը կարող է նույնականացնել ամբողջական տառադարձության հաջորդականությունները (առանց հավաքման): Հղման գենոմի հետ ամբողջ երկարությամբ հաջորդականությունները քարտեզագրելով՝ տառադարձումները կարող են օպտիմիզացվել հայտնի գեների, տառադարձումների, կոդավորման շրջանների և այլնի միջոցով: NGS տրանսկրիպտոմի հաջորդականության տվյալների հետ համատեղ վերլուծությունը հնարավորություն է տալիս ավելի համապարփակ անոտացիա և ավելի ճշգրիտ քանակականացում արտագրման մակարդակում, ինչը մեծապես օգուտ է տալիս ներքևի դիֆերենցիալ արտահայտմանը և ֆունկցիոնալ վերլուծությանը:
-
Կրճատված ներկայացուցչական բիսուլֆիտի հաջորդականություն (RRBS)
Կրճատված ներկայացուցչական բիսուլֆիտի հաջորդականությունը (RRBS) հայտնվել է որպես ծախսարդյունավետ և արդյունավետ այլընտրանք ամբողջ գենոմի բիսուլֆիտի հաջորդականացմանը (WGBS) ԴՆԹ մեթիլացման հետազոտության մեջ: Թեև WGBS-ը համապարփակ պատկերացումներ է տալիս՝ ուսումնասիրելով ամբողջ գենոմը մեկ բազային լուծաչափով, դրա բարձր արժեքը կարող է սահմանափակող գործոն լինել: RRBS-ը ռազմավարականորեն մեղմացնում է այս մարտահրավերը՝ ընտրողաբար վերլուծելով գենոմի ներկայացուցչական մասը: Այս մեթոդաբանությունը հիմնված է CpG կղզիներով հարուստ շրջանների հարստացման վրա MspI-ի կտրվածքով, որին հաջորդում է 200-500/600 բ/վ բեկորների չափի ընտրությունը: Հետևաբար, միայն CpG կղզիներին մոտ գտնվող շրջանները հաջորդականացված են, մինչդեռ հեռավոր CpG կղզիներով շրջանները բացառված են վերլուծությունից: Այս գործընթացը, զուգորդված բիսուլֆիտի հաջորդականության հետ, թույլ է տալիս բարձր լուծաչափով հայտնաբերել ԴՆԹ մեթիլացումը, իսկ հաջորդականության մոտեցումը՝ PE150, կենտրոնանում է հատկապես ներդիրների ծայրերին, այլ ոչ թե միջինին՝ բարձրացնելով մեթիլացման պրոֆիլավորման արդյունավետությունը: RRBS-ն անգնահատելի գործիք է, որը հնարավորություն է տալիս ծախսարդյունավետ ԴՆԹ-ի մեթիլացման հետազոտություն և զարգացնում էպիգենետիկ մեխանիզմների մասին գիտելիքները:
-
Պրոկարիոտիկ ՌՆԹ-ի հաջորդականություն
ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը հնարավորություն է տալիս բջիջներում ՌՆԹ-ի բոլոր տառադարձումների համապարփակ պրոֆիլավորումը հատուկ պայմաններում: Այս գերժամանակակից տեխնոլոգիան ծառայում է որպես հզոր գործիք՝ բացահայտելով գեների արտահայտման բարդ պրոֆիլներ, գենային կառուցվածքներ և մոլեկուլային մեխանիզմներ՝ կապված տարբեր կենսաբանական գործընթացների հետ: Լայնորեն ընդունված հիմնարար հետազոտությունների, կլինիկական ախտորոշման և դեղերի մշակման մեջ՝ ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը պատկերացումներ է տալիս բջջային դինամիկայի և գենետիկական կարգավորման բարդությունների մասին: Մեր պրոկարիոտիկ ՌՆԹ-ի նմուշների մշակումը հարմարեցված է պրոկարիոտային տրանսկրիպտոմների համար՝ ներառյալ rRNA-ի սպառումը և ուղղորդված գրադարանի պատրաստումը:
Հարթակ՝ Illumina NovaSeq
-
Metatranscriptome Sequencing
Illumina-ի հաջորդականացման տեխնոլոգիայի կիրառմամբ՝ BMKGENE-ի մետատրանսկրիպտոմի հաջորդականության ծառայությունը բացահայտում է միկրոբների բազմազան զանգվածի դինամիկ գենային էքսպրեսիան, որը տարածում է էուկարիոտները մինչև պրոկարիոտներ և վիրուսներ, բնական միջավայրերում, ինչպիսիք են հողը, ջուրը, ծովը, կղանքը և աղիքները: Մեր համապարփակ ծառայությունը հնարավորություն է տալիս հետազոտողներին խորանալ բարդ մանրէաբանական համայնքների գենային արտահայտման ամբողջական պրոֆիլների մեջ: Տաքսոնոմիական վերլուծությունից բացի, մետատրանսկրիպտոմի հաջորդականության մեր ծառայությունը հեշտացնում է ֆունկցիոնալ հարստացման ուսումնասիրությունը՝ լույս սփռելով տարբեր կերպ արտահայտված գեների և դրանց դերերի վրա: Բացահայտեք բազմաթիվ կենսաբանական պատկերացումներ, երբ նավարկեք գեների արտահայտման, տաքսոնոմիական բազմազանության և ֆունկցիոնալ դինամիկայի բարդ լանդշաֆտներում այս բազմազան բնապահպանական խորշերում:
-
De novo սնկային գենոմի ժողով
BMKGENE-ն առաջարկում է բազմակողմանի լուծումներ սնկային գենոմների համար, որոնք բավարարում են տարբեր հետազոտական կարիքները և գենոմի ցանկալի ամբողջականությունը: Միայն կարճ ընթերցված Illumina-ի հաջորդականության օգտագործումը թույլ է տալիս ստեղծել գենոմի նախագիծ: Nanopore-ի կամ Pacbio-ի օգտագործմամբ կարճ ընթերցումները և երկար ընթերցված հաջորդականությունը համակցված են ավելի կատարելագործված սնկային գենոմի համար՝ ավելի երկար խտություններով: Ավելին, Hi-C հաջորդականության ինտեգրումն ավելի է մեծացնում հնարավորությունները՝ հնարավորություն տալով հասնել քրոմոսոմի մակարդակի ամբողջական գենոմի:
