-
Hi-C-ի վրա հիմնված քրոմատինի փոխազդեցություն
Hi-C-ն մեթոդ է, որը նախատեսված է գենոմային կոնֆիգուրացիան ֆիքսելու համար՝ համատեղելով զոնդավորման վրա հիմնված փոխազդեցությունները և բարձր թողունակության հաջորդականությունը: Մեթոդը հիմնված է ֆորմալդեհիդի հետ քրոմատինի խաչաձև կապի վրա, որին հաջորդում է մարսողությունը և վերամիավորումը այնպես, որ միայն կովալենտորեն կապված բեկորները կկազմեն կապակցման արտադրանք: Այս կապակցման արտադրանքների հաջորդականությամբ հնարավոր է ուսումնասիրել գենոմի 3D կազմակերպումը: Hi-C-ն հնարավորություն է տալիս ուսումնասիրել գենոմի այն մասերի բաշխումը, որոնք թեթև փաթեթավորված են (A խցիկներ, էխրոմատին) և ավելի հավանական է, որ տրանսկրիպցիոն առումով ակտիվ են, և այն շրջանները, որոնք ավելի ամուր են փաթեթավորված (B բաժիններ, հետերոքրոմատին): Hi-C-ն կարող է օգտագործվել նաև Տոպոլոգիապես կապված տիրույթները (TADs) մատնանշելու համար, գենոմի այն հատվածները, որոնք ունեն ծալովի կառուցվածքներ և, ամենայն հավանականությամբ, ունեն արտահայտման նման ձևեր, ինչպես նաև բացահայտելու քրոմատինային օղակները, ԴՆԹ-ի շրջանները, որոնք խարսխված են միմյանց սպիտակուցներով և որոնք հաճախ հարստացված է կարգավորող տարրերով: BMKGene-ի Hi-C հաջորդականացման ծառայությունը հետազոտողներին հնարավորություն է տալիս ուսումնասիրել գենոմիկայի տարածական չափերը՝ բացելով նոր ուղիներ՝ հասկանալու գենոմի կարգավորումը և դրա հետևանքները առողջության և հիվանդությունների վրա:
-
Քրոմատինի իմունային նստվածքների հաջորդականություն (ChIP-seq)
Քրոմատինային իմունային նստվածքը (CHIP) մեթոդ է, որն օգտագործում է հակամարմինները՝ ընտրողաբար հարստացնելու ԴՆԹ կապող սպիտակուցները և դրանց համապատասխան գենոմիկայի թիրախները: Դրա ինտեգրումը NGS-ի հետ հնարավորություն է տալիս գենոմի լայն շրջանակով պրոֆիլավորել ԴՆԹ-ի թիրախները, որոնք կապված են հիստոնային ձևափոխման, տրանսկրիպցիոն գործոնների և ԴՆԹ կապող այլ սպիտակուցների հետ: Այս դինամիկ մոտեցումը թույլ է տալիս համեմատել կապող վայրերը տարբեր տեսակի բջիջների, հյուսվածքների կամ պայմանների միջև: ChIP-Seq-ի կիրառությունները ներառում են տրանսկրիպցիոն կարգավորման և զարգացման ուղիների ուսումնասիրությունից մինչև հիվանդության մեխանիզմների պարզաբանումը՝ այն դարձնելով անփոխարինելի գործիք՝ գենոմային կարգավորման լանդշաֆտները հասկանալու և բուժական պատկերացումները զարգացնելու համար:
Հարթակ՝ Illumina NovaSeq
-
Ամբողջ գենոմի բիսուլֆիտի հաջորդականությունը (WGBS)
Ամբողջ գենոմի բիսուլֆիտի հաջորդականությունը (WGBS) հանդիսանում է որպես ոսկե ստանդարտ մեթոդոլոգիա ԴՆԹ-ի մեթիլացման խորը հետազոտության համար, մասնավորապես հինգերորդ դիրքը ցիտոզինում (5-mC), որը գեների արտահայտման և բջջային ակտիվության առանցքային կարգավորիչ է: WGBS-ի հիմքում ընկած սկզբունքը ներառում է բիսուլֆիտի մշակումը, որը հրահրում է չմեթիլացված ցիտոսինների փոխակերպումը ուրացիլի (C-ից U), մինչդեռ մեթիլացված ցիտոսինները թողնելով անփոփոխ: Այս տեխնիկան առաջարկում է մեկ հիմքի լուծում, որը թույլ է տալիս հետազոտողներին համակողմանիորեն ուսումնասիրել մեթիլոմը և բացահայտել մեթիլացման աննորմալ ձևերը, որոնք կապված են տարբեր պայմանների, հատկապես քաղցկեղի հետ: Օգտագործելով WGBS-ը՝ գիտնականները կարող են անզուգական պատկերացումներ ստանալ գենոմի լայնածավալ մեթիլացման լանդշաֆտների վերաբերյալ՝ ապահովելով տարբեր կենսաբանական գործընթացների և հիվանդությունների հիմքում ընկած էպիգենետիկ մեխանիզմների նրբերանգ պատկերացում:
-
Տրանսպոզազային հասանելի քրոմատինի վերլուծություն՝ բարձր թողունակության հաջորդականությամբ (ATAC-seq)
ATAC-seq-ը բարձր թողունակության հաջորդականության մեթոդ է, որն օգտագործվում է գենոմի լայնածավալ քրոմատինի հասանելիության վերլուծության համար: Դրա օգտագործումը ապահովում է գեների արտահայտման գլոբալ էպիգենետիկ հսկողության բարդ մեխանիզմների ավելի խորը պատկերացում: Մեթոդը օգտագործում է հիպերակտիվ Tn5 տրանսպոզազա՝ միաժամանակ մասնատելու և պիտակավորելու բաց քրոմատինային շրջանները՝ տեղադրելով հաջորդականության ադապտերներ: ՊՇՌ-ի հետագա ուժեղացումը հանգեցնում է հաջորդականության գրադարանի ստեղծմանը, որը թույլ է տալիս համապարփակ նույնականացնել բաց քրոմատինային շրջանները հատուկ տարածա-ժամանակային պայմաններում: ATAC-seq-ը տրամադրում է հասանելի քրոմատինային լանդշաֆտների ամբողջական պատկերացում, ի տարբերություն մեթոդների, որոնք կենտրոնանում են բացառապես տրանսկրիպցիոն գործոնը կապող վայրերի կամ հատուկ հիստոնային ձևափոխված շրջանների վրա: Այս բաց քրոմատինային շրջանները հաջորդականացնելով՝ ATAC-seq-ը բացահայտում է այն շրջանները, որոնք ավելի հավանական են ակտիվ կարգավորող հաջորդականությունների և տրանսկրիպցիոն գործոնի կապող պոտենցիալ վայրերի համար՝ արժեքավոր պատկերացումներ տալով գենոմի գենային արտահայտման դինամիկ մոդուլյացիայի վերաբերյալ:
-
Կրճատված ներկայացուցչական բիսուլֆիտի հաջորդականություն (RRBS)
Կրճատված ներկայացուցչական բիսուլֆիտի հաջորդականությունը (RRBS) հայտնվել է որպես ծախսարդյունավետ և արդյունավետ այլընտրանք ամբողջ գենոմի բիսուլֆիտի հաջորդականացմանը (WGBS) ԴՆԹ մեթիլացման հետազոտության մեջ: Թեև WGBS-ը համապարփակ պատկերացումներ է տալիս՝ ուսումնասիրելով ամբողջ գենոմը մեկ բազային լուծաչափով, դրա բարձր արժեքը կարող է սահմանափակող գործոն լինել: RRBS-ը ռազմավարականորեն մեղմացնում է այս մարտահրավերը՝ ընտրողաբար վերլուծելով գենոմի ներկայացուցչական մասը: Այս մեթոդաբանությունը հիմնված է CpG կղզիներով հարուստ շրջանների հարստացման վրա MspI-ի կտրվածքով, որին հաջորդում է 200-500/600 բ/վ բեկորների չափի ընտրությունը: Հետևաբար, միայն CpG կղզիներին մոտ գտնվող շրջանները հաջորդականացված են, մինչդեռ հեռավոր CpG կղզիներով շրջանները բացառված են վերլուծությունից: Այս գործընթացը, զուգորդված բիսուլֆիտի հաջորդականության հետ, թույլ է տալիս բարձր լուծաչափով հայտնաբերել ԴՆԹ մեթիլացումը, իսկ հաջորդականության մոտեցումը՝ PE150, կենտրոնանում է հատկապես ներդիրների ծայրերին, այլ ոչ թե միջինին՝ բարձրացնելով մեթիլացման պրոֆիլավորման արդյունավետությունը: RRBS-ն անգնահատելի գործիք է, որը հնարավորություն է տալիս ծախսարդյունավետ ԴՆԹ-ի մեթիլացման հետազոտություն և զարգացնում էպիգենետիկ մեխանիզմների մասին գիտելիքները:
