Ջերմային քարտեզ
Heatmap գործիքը ընդունում է մատրիցային տվյալների ֆայլը որպես մուտքագրում և թույլ է տալիս օգտվողներին զտել, նորմալացնել և խմբավորել տվյալները: Ջերմային քարտեզների առաջնային օգտագործման դեպքը տարբեր նմուշների միջև գեների արտահայտման մակարդակի կլաստերային վերլուծությունն է:
Գենի անոտացիա
Gene Annotation գործիքը կատարում է գեների անոտացիա՝ հիմնված մուտքագրված FASTA ֆայլերի հաջորդականության վրա՝ տարբեր տվյալների բազաների նկատմամբ:
Հիմնական տեղական հավասարեցման որոնման գործիք (BLAST)
BLAST գործիքը NCBI BLAST-ի BMKCloud-ի ինտեգրված տարբերակն է և կարող է օգտագործվել նույն գործառույթներն իրականացնելու համար՝ օգտագործելով BMKCloud հաշվում վերբեռնված տվյալները:
CDS_UTR կանխատեսում
CDS_UTR կանխատեսման գործիքը նախագծված է կանխատեսելու կոդավորման շրջանները (CDS) և ոչ կոդավորող շրջանները (UTR) տրված տառադարձման հաջորդականություններում՝ հիմնված BLAST արդյունքների վրա՝ հայտնի սպիտակուցային տվյալների բազաների և ORF կանխատեսման արդյունքների դեմ:
Մանհեթենի սյուժե
Manhattan Plot գործիքը հնարավորություն է տալիս ցուցադրել բարձր նմուշի փորձեր և սովորաբար օգտագործվում է գենոմի լայն ասոցիացիայի ուսումնասիրություններում (GWAS):
Կիրկոսի դիագրամ
CIRCOS Diagram գործիքը արդյունավետ պատկերացում է տալիս, թե ինչպես են գենոմային հատկանիշը բաշխվում գենոմի վրա: Ընդհանուր հատկանիշները ներառում են քանակական տեղորոշիչներ, SNPs, InDels, կառուցվածքային և պատճենների թվերի տարբերակներ:
Գենային գոյաբանություն (GO) հարստացում
GO Enrichment գործիքը ապահովում է ֆունկցիոնալ հարստացման վերլուծություն: Այս գործիքի առաջնային ծրագրաշարը TopGO-Bioconductor փաթեթն է, որը ներառում է դիֆերենցիալ արտահայտման վերլուծություն, GO հարստացման վերլուծություն և արդյունքների վիզուալացում:
Գենի համակցված արտահայտման ցանցի վերլուծություն (WGCNA)
WGCNA-ն տվյալների արդյունահանման լայնորեն կիրառվող մեթոդ է գեների համատեղ արտահայտման մոդուլներ հայտնաբերելու համար: Այն կիրառելի է տարբեր արտահայտչական տվյալների հավաքածուի համար, ներառյալ միկրոզանգվածը և NGS գենային արտահայտման տվյալները:
InterProScan
InterProScan գործիքը տրամադրում է InterPro սպիտակուցի հաջորդականության վերլուծություն և դասակարգում:
GO KEGG հարստացում
GO KEGG հարստացման գործիքը նախատեսված է GO հարստացման հիստոգրամա, KEGG հարստացման հիստոգրամա և KEGG հարստացման ուղի ստեղծելու համար՝ հիմնված տրամադրված գեների հավաքածուի և համապատասխան անոտացիայի վրա: