Բույսեր / կենդանիների ամբողջ գենոմի հաջորդականացում
Ծառայության առանձնահատկություններ
● Գրադարանի պատրաստումը կարող է լինել ստանդարտ կամ PCR-անվճար
● Առկա է 4 հաջորդականացվող պլատֆորմներում. Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Propetion P48, կամ PacBio Revio:
● Bioinformatical- ի վերլուծությունը կենտրոնացած էր տարբերակների հայտնաբերման վրա. SNP, նդել, sv եւ cnv
Ծառայության առավելություններ
●Ընդարձակ փորձաքննություն եւ հրապարակման գրառումներԱվելի քան 1000 տեսակների համար գենոմի հաջորդականությամբ կուտակված փորձը հանգեցրել է ավելի քան 1000 հրապարակված դեպքերի, ավելի քան 5000 կուտակային ազդեցության գործոնով:
●Բիոինֆորմատիկայի համապարփակ վերլուծությունՆերառյալ փոփոխության զանգի եւ գործառույթի անոտացիա:
● Հետընտրական վաճառքի աջակցություն.Մեր հանձնառությունը տարածվում է ծրագրի ավարտից դուրս 3 ամսվա վաճառքի ծառայության ժամանակահատվածով: Այս ընթացքում մենք առաջարկում ենք նախագծի հետեւում, խնդիրներ ցուցաբերել, եւ Q & A դասընթացներ `արդյունքների հետ կապված ցանկացած հարցում անդրադառնալու համար:
●Համապարփակ ծանոթագրությունՄենք օգտագործում ենք բազմաթիվ տվյալների բազաներ, որոնք կարող են մուտքագրվել գեները հայտնաբերված տատանումներով եւ կատարել համապատասխան հարստացման վերլուծություն, տրամադրել բազմաթիվ հետազոտական նախագծերի վերաբերյալ պատկերացումներ:
Ծառայության բնութագրերը
| Նույնականացվելու են տարբերակներ | Կիսապայմանագրային ռազմավարություն | Առաջարկվող խորություն |
| SNP եւնդակ | Illumina Novaseq PE150 կամ mgi t7 | 10x |
| SV եւ CNV (պակաս ճշգրիտ) | 30x | |
| SV եւ CNV (ավելի ճշգրիտ) | Nanopore prom p48 | 20x |
| SNPS, DELESS, SV եւ CNV | Pacbio Revio | 10x |
Նմուշի պահանջներ
| Հյուսվածք կամ արդյունահանված նուկլեաթթուներ | Illumina / MGI | Նանոբոր | PacBio
| ||
| Կենդանիների մածուցիկություն | 0,5-1 գ | ≥ 3.5 գ
| ≥ 3.5 գ
| ||
| Կենդանիների մկաններ | ≥ 5 գ
| ≥ 5 գ
| |||
| Մամալիյան արյուն | 1.5 մլ | ≥ 0.5 մլ
| ≥ 5 մլ
| ||
| Թռչնաբուծություն / ձուկ արյուն | ≥ 0,1 մլ
| ≥ 0.5 մլ
| |||
| Բույսեր - թարմ տերեւ | 1-2 գ | ≥ 2 գ
| ≥ 5 գ
| ||
| Մշակույթային բջիջներ |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Միջատների փափուկ հյուսվածք / անհատական | 0,5-1 գ | ≥ 1 գ
| ≥ 3 գ
| ||
| Արդյունահանված ԴՆԹ
| Համակենտրոնացում. ≥ 1 NG / μL Գումարը, ≥ 30 նգ Սահմանափակ կամ ոչ դեգրադացիա կամ աղտոտում
| Համակենտրոնացում Գումար
OD260 / 280
OD260 / 230
Սահմանափակ կամ ոչ դեգրադացիա կամ աղտոտում
| 40 նգ / մկլ 4 մկգ / հոսքի բջիջ / նմուշ
1.7-2.2
≥1.5 | Համակենտրոնացում Գումար
OD260 / 280
OD260 / 230
Սահմանափակ կամ ոչ դեգրադացիա կամ աղտոտում | 50 նգ / μL 10 մկգ / հոսքի բջիջ / նմուշ
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| PCR-Free Գրադարան Պատրաստում. Համակենտրոնացում 40 նգ / մկլ Գումարը 500 նգ | |||||
Ծառայության աշխատանքի հոսքը
Նմուշի առաքում
ԴՆԹ-ի արդյունահանում
Գրադարանների կառուցում
Հաջորդականացում
Տվյալների վերլուծություն
Տվյալների առաքում
Ներառում է հետեւյալ վերլուծությունը.
- Հում տվյալների որակի հսկողություն
- Հայտարարության գենոմի հավասարեցման վիճակագրությունը
- Variant նույնականացում. SNP, վերնաշապիկ, SV եւ CNV
- Տարբերակների ֆունկցիոնալ ծանոթագրությունը
Հայտարարության գենոմի համապատասխանության վիճակագրությունը - Կիսապաշտպանման խորության բաշխում
SNP զանգահարելով բազմաթիվ նմուշների
Անցկացնի նույնականացում - Մոլդի տարածաշրջանում եւ գենոմի տարածաշրջանում դնի երկարության վիճակագրությունը
Տարբեր բաշխում գենոմի մեջ - կրկեսային հողամաս
Գենների ֆունկցիոնալ ծանոթագրությունը `հայտնաբերված տարբերակներով. Գեն Ուտոլոգիա
Chai, Q. et al. (2023) «Glutathione S-Transferase Ghttt19- ը որոշում է ծաղիկների ծաղկաթերթի պիգմենտացիան, բամբակյա բիոտեխնոլոգիական պիտույքների համար, բիոտեխնոլոգիական հանդերձանքը կարգավորելու միջոցով, 21 (2), էջ 15: 433: DOI: 10.1111 / PBI.13965:
Cheng, h. et al. (2023) «Քրոմոսոմի մակարդակը վայրի Hevea Brasiliensis Genome» - ը ներկայացնում է գենոմիական օժանդակ բուծման եւ արժեքավոր տեղանքի համար նոր գործիքներ `ռետինե բերքատվության բարձրացման համար, 21 (5), PP: 1058-1072: DOI: 10.1111 / PBI.14018:
LI, A. et al. (2021) «Էստրուկի ոստրեների գենոմը պատկերացնում է կլիմայի ազդեցության եւ հարմարվողական պլաստիկության», կապի կենսաբանություն 2021 4: 1, 4 (1), էջ 1-12: DOI: 10.1038 / S42003-021-02823-6:
Zeng, T. et al. (2022) «Գենոմի եւ մեթիլացման փոփոխությունների վերլուծությունը ժամանակի ընթացքում» պատկերացում է տալիս տեսակների պահպանման, կապի կենսաբանություն, 5 (1), էջ: 1-12: DOI: 10.1038 / S42003-022-03907-7:
