Գործարան / Կենդանիներ Նովո Գենոմի հաջորդականացում
Դե ՆովոՇվեդումը վերաբերում է տեսակը «ամբողջ գենոմի կառուցմանը, ապա հաղորդման գենոմի բացակայության դեպքում հաջորդականացնող տեխնոլոգիաներ օգտագործելով: Երրորդ սերնդի հաջորդականության ներդրումը եւ տարածված ընդունումը, որն ընդգծվում է ավելի երկար ընթերցմամբ, զգալիորեն բարելավում է Գենոմի հավաքը `աճելով համընկնումը կարդացածների միջեւ: Այս բարելավումը հատկապես վերաբերում է դժվարին գենոմների գործ ունենալիս, ինչպիսիք են բարձր հետերոզգոսություն ցուցաբերող, կրկնվող շրջանների, պոլիպլոուի եւ կրկնվող տարրերի, աննորմալ համադրման միջոցով, որոնք սովորաբար վատ են հավաքվում մենակ:
Մեր մեկ կանգառի լուծումը ապահովում է ինտեգրված հաջորդականության ծառայություններ եւ բիոինֆորմատիկ վերլուծություն, որոնք մատուցում են բարձրորակ դե Նովո հավաքված գենոմը: Illumaina- ի հետ նախնական գենոմի հետազոտությունը տալիս է գենոմի չափի եւ բարդության գնահատականներ, եւ այս տեղեկատվությունն օգտագործվում է PacBio Hifi- ի հետ երկար ընթերցված հաջորդականության հաջորդ քայլը ղեկավարելու համարդե ՆովոԿոնտրուկների հավաքում: HIC ASSECTION- ի հետագա օգտագործումը հնարավորություն է տալիս խարսխել ենթադրությունները գենոմի, ձեռք բերելով քրոմոսոմի մակարդակի հավաքույթ: Վերջապես, գենոմը ծանոթագրվում է գեների կանխատեսմամբ եւ արտահայտված գեների հաջորդականացմամբ, դիմելով կարճ եւ երկար ընթերցվածների տառադարձման:
Ծառայության առանձնահատկություններ
● Միանգամյա լուծման մեջ բազմակի հաջորդականության եւ բիոինֆորմատիկ ծառայությունների ինտեգրումը.
Գենոմի հետազոտությունը Լուսավորության հետ `գենոմի չափը գնահատելու եւ հաջորդ քայլերը առաջնորդելու համար.
Երկար ընթերցանության հաջորդականությունըդե ՆովոԿոնտիգների հավաքում;
Hi-c հաջորդականությունը քրոմոսոմի խարիսխի համար.
MRNA- ի հաջորդականությունը գեների ծանոթագրության համար.
Վեհաժողովի վավերացում:
● Ծառայություն, որը հարմար է կառուցապատման վեպի գենոմների կառուցման կամ հետաքրքրության տեսակների առկա տեղեկանքի գենոմների բարելավման համար:
Ծառայության առավելություններ
Հանգստացնող պլատֆորմների եւ բիոինֆորմատների մշակումդե ՆովոԳենոմի ժողով
(Amarasinghe sl et al.,Գենոմի կենսաբանություն, 2020)
●Ընդարձակ փորձաքննություն եւ հրապարակման գրառումBmkgene- ն զանգվածային փորձ է կուտակել բազմազան տեսակների բարձրորակ գենոմի ժողովում, ներառյալ դիպլոիդային գենոմների եւ բազմաբնակարանային եւ ալոպոլիդոիդային տեսակների խիստ բարդ գենոմների: 2018 թվականից մենք ներդրում ունենք300 բարձր ազդեցության հրապարակումներ, եւ դրանց 20+-ը հրապարակվում են Բնության գենետիկայումՄի շարք
● Միանգամյա լուծումՄեր ինտեգրված մոտեցումը համատեղում է բազմակի հաջորդականության տեխնոլոգիաները եւ բիոինֆորմատիկ վերլուծությունները համախմբված աշխատանքի հոսքի մեջ, առաքելով բարձրորակ հավաքված գենոմ:
●Հարմարեցված ձեր կարիքներինՄեր ծառայության աշխատանքային հոսքը կարգավորելի է, թույլ տալով հարմարվել տարատեսակ հատկություններով եւ հատուկ հետազոտական կարիքներով գենոմների համար: Սա ներառում է հսկա գենոմներ, պոլիլային գենոմներ, բարձր հետերոզիգային գենոմներ եւ այլն:
●Բարձր հմուտ բիոինֆորմատիկա եւ լաբորատորիա թիմՄեծ փորձով եւ փորձարարական եւ բիոինֆորմատիկայում `բարդ գենոմի հավաքների եւ արտոնագրերի եւ ծրագրային ապահովման հեղինակային իրավունքի շարք:
●Հետընտրական վաճառքի աջակցություն.Մեր հանձնառությունը տարածվում է ծրագրի ավարտից դուրս 3 ամսվա վաճառքի ծառայության ժամանակահատվածով: Այս ընթացքում մենք առաջարկում ենք նախագծի հետեւում, խնդիրներ ցուցաբերել, եւ Q & A դասընթացներ `արդյունքների հետ կապված ցանկացած հարցում անդրադառնալու համար:
Ծառայության բնութագրերը
| Գենոմի հետազոտություն | Գենոմի ժողով | Քրոմոսոմի մակարդակ | Գենոմի ծանոթագրություն |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30x PacBio CCS HIFI- ն կարդում է | 100x Hi-C | RNA-SEQ Illumina PE150 10 GB + (Ընտրովի) Ամբողջական RNA-SEQ PacBio 40 GB կամ Nanopore 12 GB |
Ծառայության պահանջներ
Գենոմի հետազոտության, Գենոմի հավաքների եւ Hi-C հավաքի համար.
| Հյուսվածք կամ արդյունահանված նուկլեաթթուներ | Գենոմի հետազոտություն | Գենոմի ժողովը PacBio- ի հետ | Hi-C հավաքում |
| Կենդանիների մածուցիկություն | 0,5-1 գ
| ≥ 3.5 գ | ≥2 գ |
| Կենդանիների մկաններ | ≥ 5 գ | ||
| Մամալիյան արյուն | 1.5 մլ
| ≥ 5 մլ | ≥2 մլ |
| Թռչնաբուծություն / ձուկ արյուն | ≥ 0.5 մլ | ||
| Բույսեր - թարմ տերեւ | 1-2 գ | ≥ 5 գ | ≥ 4 գ |
| Մշակույթային բջիջներ |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Միջատ | 0,5-1 գ | ≥ 3 գ | ≥ 2 գ |
| Արդյունահանված ԴՆԹ | Համակենտրոնացում, ≥1 NG / μL Գումարը ≥ 30 նգ Սահմանափակ կամ ոչ դեգրադացիա կամ աղտոտում | Համակենտրոնացում. 50 նգ / մկլ Գումար, 10 մկգ / հոսքի բջիջ / նմուշ OD260 / 280 = 1.7-2.2 OD260 / 230 = 1.8-2.5 Սահմանափակ կամ ոչ դեգրադացիա կամ աղտոտում |
-
|
Գենոմի ծանոթագրության համար `տառադարձման միջոցով.
| Հյուսվածք կամ արդյունահանված նուկլեաթթուներ | Illumina տառադարձող | PacBio տառադարձող | Նանոպոր տառադարձող |
| Բույսեր - արմատ / ցողուն / ծաղկաթերթ | 450 մգ | 600 մգ | |
| Բույս - տերեւ / սերմ | 300 մգ | 300 մգ | |
| Բույս - մրգեր | 1.2 գ | 1.2 գ | |
| Կենդանիների սիրտ / աղիք | 300 մգ | 300 մգ | |
| Կենդանիների viscera / ուղեղ | 240 մգ | 240 մգ | |
| Կենդանիների մկաններ | 450 մգ | 450 մգ | |
| Կենդանիների ոսկորներ / մազեր / մաշկ | 1 գ | 1 գ | |
| Arthropod - միջատ | 6 | 6 | |
| Arthropod -crustacea | 300 մգ | 300 մգ | |
| Ամբողջ արյունը | 1 խողովակ | 1 խողովակ | |
| Արդյունահանված RNA | Համակենտրոնացում. ≥ 20 նգ / մկլ Գումարը ≥ 0,3 մկգ OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Ռին≥ 6 5≥28s / 18S≥1 | Համակենտրոնացում. 100 նգ / մկլ Գումարը ≥ 0,75 մկգ OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Ռին≥ 8 5≥28s / 18S≥1 | Համակենտրոնացում. 100 նգ / մկլ Գումարը ≥ 0,75 մկգ OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Ռին≥ 7,5 5≥28s / 18S≥1 |
Առաջարկվող նմուշի առաքում
Բեռնարկղ. 2 ML կենտրոնացվող խողովակ (անագի փայլաթիթեղը խորհուրդ չի տրվում)
(Նմուշների մեծ մասի համար խորհուրդ ենք տալիս չխորտակել էթանոլում):
Նմուշի պիտակավորում. Նմուշները պետք է հստակ պիտակավորված լինեն եւ նույնականորեն ներկայացված նմուշի տեղեկատվության ձեւին:
Առաքում. Չոր սառույց. Նմուշները նախ պետք է փաթեթավորվեն պայուսակների մեջ եւ թաղվեն չոր սառույցի մեջ:
Աշխատուժ
Ծառայության աշխատանքի հոսքը
Փորձերի ձեւավորում
Նմուշի առաքում
ԴՆԹ-ի արդյունահանում
Գրադարանների կառուցում
Հաջորդականացում
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքի ծառայություններ
Bioinformatic- ի ամբողջական վերլուծություն, տարանջատված 4 քայլով.
1) Գենոմի հետազոտությունը, հիմնվելով K-Mer վերլուծության վրա NGS- ի հետ, ասվում է.
Գենոմի չափի գնահատում
Հետերոզիգոզիայի գնահատում
Կրկնվող շրջանների գնահատումը
2) Գենոմի ժողովը PacBio Hifi- ի հետ.
Դե Նովոժողով
Հավաքների գնահատում. Ներառյալ Busco վերլուծությունը Գենոմի ամբողջականության եւ NGS- ի եւ PacBio Hifi- ի հետադարձման քարտեզագրման համար կարդում է
3) Hi-C հավաքում.
Hi-C գրադարան QC. Վավեր Hi-C փոխազդեցությունների գնահատում
Hi-C հավաքում. Խմբերի մեջ եղջերաթղերի կլաստերինգը, որին հաջորդում է յուրաքանչյուր խմբի շրջանակներում Contic- ի կարգադրությունը եւ նշանակելով մրցակցային կողմնորոշում
Hi-C գնահատում
4) Գենոմի ծանոթագրություն.
RNA- ի չկորցրած կանխատեսում
Կրկնվող հաջորդականությունների նույնականացում (տրանսֆոսներ եւ տանդեմ կրկնում)
Գեների կանխատեսում
§Դե Նովո: AB INTISIO Algorithms
§ Հենոլոգի հիման վրա
§ Հիմնվելով տառադարձող, երկար եւ կարճ ասվածներով. Կարդում ենդե Նովոհավաքվել կամ քարտեզագրվել է գենոմի նախագծին
§ Նախանշված գեների ծանոթագրություն բազմաթիվ տվյալների բազաներով
1) Գենոմի հետազոտություն- K-MER վերլուծություն
2) Գենոմի ժողով
2) Գենոմի հավաքը - PacBio Hifi- ն կարդում է քարտեզագրումը Զամբյուղին
2) Hi-C հավաք. Hi-C վավեր փոխազդեցության զույգերի գնահատում
3) Hi-C հետընտրական հավաքների գնահատում
4) Գենոմի ծանոթագրություն - կանխատեսված գեների ինտեգրում
4) Գենոմի ծանոթագրություն - Կանխատեսված գեներ Անտրոնացում
Ուսումնասիրեք BMKGene- ի դե Նովո Գենոմի հավաքման ծառայությունների կողմից նպաստված առաջխաղացումը հրապարակումների բուժման միջոցով.
Li, C. et al. (2021) «Գենոմի հաջորդականությունները բացահայտում են գլոբալ ցրման ուղիները եւ առաջարկում են կոնվերգենտի գենետիկական հարմարեցումներ Seahorse Evolution- ում», բնության հաղորդակցություններ, 12 (1): DOI: 10.1038 / S41467-021-21379-X:
Li, Y. et al. (2023) «լայնածավալ քրոմոսոմային փոփոխությունները հանգեցնում են գենոմի մակարդակի արտահայտության փոփոխություններին, շրջակա միջավայրի հարմարեցմանը եւ Gayal (BOS Frontalis)», մոլեկուլային կենսաբանություն եւ էվոլյուցիա, 40 (1): DOI: 10.1093 / MOLBEV / MSAD006:
Tian, T. et al. (2023) «Գենոմի ժողովը եւ նշանավոր երաշտի դիմացկուն եգիպտացորենի գենետիլը», բնություն Genetics 2023 55: 3, 55 (3), էջ 496-506: DOI: 10.1038 / S41588-023-01297-Y.
Zhang, F. et al. (2023) «Tropane ալկալոիդ բիոսինթեզի էվոլյուցիայի բացահայտում, վերլուծելով երկու գենոմներ Solanaceae ընտանիքում», բնապահական հաղորդակցություն 2023 14: 1, 14 (1), էջ 1-18: DOI: 10.1038 / S41467-023-37133-4:
Դժվար դեպքերի ուսումնասիրություններ.
Telomere-telomere հավաքում.Fu, A. et al. (2023) «Telomere-to-telomere» դառը սեխի (Momordica Charantia L. Var. Abbreatica Ser. DOI: 10.1093 / HR / UHAC228:
Haplotype հավաքում.Hu, W. et al. (2021) «Allele- ի կողմից սահմանված գենոմը բացահայտում է Biallelic- ի տարբերակումը կասավայի էվոլյուցիայի ժամանակ», մոլեկուլային գործարան, 14 (6), էջ 851-854: DOI: 10.1016 / J.MOLP.2021.04.009:
Հսկա Գենոմի ժողով.Յուան, J .. et al. 2022 DOI: 10.1038 / S41467-022-35063-1:
Պոլիպլոիդ գենոմի հավաքում.Zhang, Q. et al. (2022) «գենոմիկական պատկերացումները վերջին քրոմոսոմի շաքարավազի շաքարավազի շաքարավազի saccharum spontaneum», Բնություն Գենետիկա 2022 54: 6, 54 (6), էջ 885-896: DOI: 10.1038 / S41588-022-01084-1:
