PacBio 2+3 Full Length mRNA լուծում
Առանձնահատկություններ
● Ուսումնասիրության ձևավորում.
Համախմբված նմուշը հաջորդականացվել է PacBio-ով` տառադարձման իզոֆորմները բացահայտելու համար
Առանձին նմուշներ (կրկնօրինակներ և փորձարկվող պայմաններ) հաջորդականացվածNGS՝ արտագրման արտահայտությունը քանակականացնելու համար
● PacBio-ի հաջորդականացում CCS ռեժիմում, որն առաջացնում է HiFi ընթերցումներ
● Ամբողջական վերծանումների հաջորդականություն
● Վերլուծությունը չի պահանջում հղումային գենոմի առկայությունը. այնուամենայնիվ, այն կարող է կիրառվել
● Կենսաինֆորմատիկ վերլուծությունը ներառում է ոչ միայն արտահայտումը գենի և իզոֆորմի մակարդակում, այլ նաև lncRNA-ի, գեների միաձուլման, պոլիադենիլացման և գենի կառուցվածքի վերլուծություն
Առավելությունները
● Բարձր ճշգրտությունHiFi-ը կարդում է ավելի քան 99,9% ճշգրտությամբ (Q30), համեմատելի է NGS-ի հետ
● Այլընտրանքային միացման վերլուծությունԲոլոր տառադարձումների հաջորդականությունը թույլ է տալիս իզոֆորմների նույնականացում և բնութագրում:
● PacBio-ի և NGS-ի ուժեղ կողմերի համակցությունհնարավորություն տալով քանակականացնել էքսպրեսիան իզոֆորմի մակարդակում, բացահայտելով փոփոխություն, որը կարող է քողարկվել գենի ամբողջ արտահայտությունը վերլուծելիս
● Ընդարձակ փորձաքննությունՈւնենալով PacBio-ի 1100-ից ավելի ամբողջական տրանսկրիպտոմային նախագծեր ավարտելու և ավելի քան 2300 նմուշների մշակման փորձառություն՝ մեր թիմը հարուստ փորձ է բերում յուրաքանչյուր նախագծին:
● Վաճառքից հետո աջակցությունՄեր պարտավորությունը տարածվում է ծրագրի ավարտից դուրս՝ վաճառքից հետո սպասարկման 3 ամիս ժամկետով: Այս ընթացքում մենք առաջարկում ենք ծրագրի հետևում, անսարքությունների վերացման օգնություն և հարցուպատասխանի նիստեր՝ արդյունքների հետ կապված ցանկացած հարցում լուծելու համար:
Նմուշի պահանջներ և առաքում
| Գրադարան | Հերթականության ռազմավարություն | Առաջարկվող տվյալներ | Որակի վերահսկում |
| PolyA հարստացված mRNA CCS գրադարան | PacBio-ի շարունակություն II PacBio Revio | 20/40 Գբ 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A հարստացված | Illumina PE150 | 6-10 Գբ | Q30≥85% |
Նուկլեոտիդներ
|
| խտ. (նգ/մլ) | Գումարը (մկգ) | Մաքրություն | Անարատություն |
| Illumina գրադարան | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Գելի վրա ցուցադրված է սպիտակուցի կամ ԴՆԹ-ի սահմանափակ կամ ոչ աղտոտվածություն: | Բույսերի համար՝ RIN≥4.0; Կենդանիների համար՝ RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; սահմանափակ կամ առանց բազային բարձրության |
| PacBio գրադարան | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Գելի վրա ցուցադրված է սպիտակուցի կամ ԴՆԹ-ի սահմանափակ կամ ոչ աղտոտվածություն: | Բույսեր՝ RIN≥7.5 Կենդանիներ՝ RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; սահմանափակ կամ առանց բազային բարձրության |
Առաջարկվող նմուշի առաքում
Բեռնարկղ՝ 2 մլ ցենտրիֆուգային խողովակ (անագե փայլաթիթեղը խորհուրդ չի տրվում)
Նմուշի պիտակավորում. Խումբ+կրկնօրինակ, օրինակ՝ A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Առաքում:
1. Չոր սառույց:Նմուշները պետք է փաթեթավորվեն տոպրակների մեջ և թաղվեն չոր սառույցի մեջ:
2. ՌՆԹ կայուն խողովակներ. ՌՆԹ-ի նմուշները կարելի է չորացնել ՌՆԹ կայունացնող խողովակում (օրինակ՝ RNAstable®) և ուղարկել սենյակային ջերմաստիճանում:
Ներառում է հետևյալ վերլուծությունը.
Հում տվյալների որակի վերահսկում
Այլընտրանքային պոլիադենիլացման վերլուծություն (APA)
Միաձուլման տառադարձման վերլուծություն
Այլընտրանքային միացման վերլուծություն
Համընդհանուր մեկ օրինակով օրթոլոգների (BUSCO) վերլուծություն
Նոր տառադարձության վերլուծություն. կոդավորման հաջորդականությունների (CDS) կանխատեսում և ֆունկցիոնալ անոտացիա
lncRNA վերլուծություն. lncRNA-ի և թիրախների կանխատեսում
MicroSatelite Identification (SSR)
Դիֆերենցիալ արտահայտված տառադարձումներ (DETs) վերլուծություն
Դիֆերենցիալ արտահայտված գեների (DEGs) վերլուծություն
DEG-ների և DET-ների ֆունկցիոնալ անոտացիա
BUSCO վերլուծություն
Այլընտրանքային միացման վերլուծություն
Այլընտրանքային պոլիադենիլացման վերլուծություն (APA)
Դիֆերենցիալ արտահայտված գեներ (DEGs) և տառադարձումներ (DETs9 վերլուծություն
DET-ների և DEG-ների սպիտակուց-սպիտակուց փոխազդեցության ցանցեր
Բացահայտեք BMKGene-ի PacBio 2+3 լիամետրաժ mRNA-ի հաջորդականությունը նպաստած առաջխաղացումները հրապարակումների համադրված հավաքածուի միջոցով:
Chao, Q. et al. (2019) «Populus ցողունի տրանսկրիպտոմի զարգացման դինամիկան», Plant Biotechnology Journal, 17(1), էջ 206–219: doi՝ 10.1111/PBI.12958:
Deng, H. et al. (2022) «Ասկորբինաթթվի պարունակության դինամիկ փոփոխություններ Actinidia latifolia-ի (ասկորբատով հարուստ մրգերի մշակաբույսերի) և հարակից մոլեկուլային մեխանիզմների պտուղների զարգացման և հասունացման ընթացքում», Մոլեկուլային գիտությունների միջազգային հանդես, 23(10), էջ. 5808. doi՝ 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) «Կենսասինթետիկ ուղիների գեների արդյունավետ կանխատեսում, որոնք ներգրավված են բիոակտիվ պոլիֆիլիններում Փարիզի պոլիֆիլլայում», Communications Biology 2022 5:1, 5(1), էջ 1–10: doi՝ 10.1038/s42003-022-03000-z:
Liu, M. et al. (2023) «Համակցված PacBio Iso-Seq և Illumina RNA-Seq Analysis of the Tuta absoluta (Meyrick) transcriptome and Cytochrome P450 Genes», Insects, 14(4), էջ. 363. doi՝ 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) «Տրանսկրիպտոմի բարդության հետազոտություն՝ օգտագործելով PacBio մեկ մոլեկուլ իրական ժամանակի վերլուծությունը՝ համակցված Illumina RNA հաջորդականության հետ՝ Ricinus communis-ում ռիցինոլաթթվի կենսասինթեզի ավելի լավ ըմբռնման համար», BMC Genomics, 20(1), էջ 1–17: doi՝ 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
