Bmkcloud Մուտք գործել
1

MRNA-SEQ (NGS) հղումային գենոմով

站 -11

MRNA-SEQ (NGS) հղումային գենոմով

RNA-SEQ- ը կյանքի եւ բերքի գիտությունների ստանդարտ գործիք է, կամրջելով գենոմների եւ սպիտակուցների միջեւ եղած բացը: Դրա ուժը կայանում է նոր գրառումներ հայտնաբերելու եւ դրանց արտահայտությունը մեկ փորձարկումում հայտնաբերելու մեջ: Այն լայնորեն օգտագործվում է համեմատական ​​տառափոխման ուսումնասիրությունների համար, լույս սփռում է տարբեր հատկությունների կամ ֆենոտիպերի հետ կապված գեների վրա, ինչպիսիք են մուտանտները վայրի-տեսակների նկատմամբ կամ բացահայտելու համար հատուկ պայմաններում: BMKCloud MRNA (հղում) Ծրագիրը ինտեգրվում է արտահայտության քանակականացում, դիֆերենցիալ արտահայտության վերլուծություն (DEG) եւ հաջորդականության կառուցվածքի վերլուծությունները MRNA-SEQ (NGS) բիոինֆֆֆորմատիկ խողովակաշարով եւ հարմարեցնում են նմանատիպ ծրագրաշարի ուժեղությունը: Օգտագործողները կարող են վերբեռնել իրենց RNA-SEQ տվյալները ամպի վրա, որտեղ ծրագիրը առաջարկում է համապարփակ, մեկ կանգառ բիոինֆորմատիկ վերլուծության լուծում: Բացի այդ, այն առաջնահերթություն է տալիս հաճախորդների փորձին, առաջարկելով անհատականացված գործողություններ, որոնք հարմարեցված են օգտագործողների հատուկ կարիքներին: Օգտագործողները կարող են պարամետրեր սահմանել եւ ինքնուրույն ներկայացնել խողովակաշարային առաքելությունը, ստուգել ինտերակտիվ զեկույցը, դիտել տվյալները / դիագրամները եւ ամբողջական տվյալների հանքարդյունաբերությունը, ինչպիսիք են. Թիրախային գեների ընտրություն, ֆունկցիոնալ կլաստեր, դիագրինգ եւ այլն:

Դեմո արդյունքներ
Տվյալների հանքարդյունաբերություն
Ներմուծման պահանջ
Հիմնական վերլուծություն
Տեղեկանք
Դեմո արդյունքներ

Տվյալների հանքարդյունաբերություն

Ներմուծման պահանջ

Պլատֆորմ:Illumina, MGI
Ռազմավարություն.RNA-SEQ
Դասավորություն: Մարիա, մաքուր տվյալներ:
Գրադարանի տեսակը.fr-unstranded, fr-firststrand կամ fr-sjobstrand
Կարդացեք երկարությունը.150 BP
Ֆայլի տեսակը.* .Այս, * .fq, * .fast.gz կամ * .fq.gz: Համակարգը կլինիԱվտոմատ կերպով զույգացրեք:օրինակ * _1.fastq զույգը * ._ 2.fastq:
Նմուշների քանակը.Թվերի սահմանափակումներ չկաննմուշների, բայց վերլուծության ժամանակը կավելանա որպես թիվնմուշներն աճում են:
Տվյալների առաջարկվող գումարը.6 գ մեկ նմուշի համար

Հիմնական վերլուծություն
MRNA-SEQ- ի հիմնական վերլուծությունը եւ բիոինֆորմատիկ գործիքները (տեղեկանք)Խողովակաշարը հետեւյալն է.
1. Հումդատայի որակի հսկողություն.
• ցածրորակ հաջորդականությունների, ադապտերի հաջորդականությունների հեռացում,եւ այլն;
• Գործիքներ. Ներքին զարգացած խողովակաշար;
2-ը: Տվյալների հավասարեցում հղումային գենոմի.
• Հավասարեցումը կարդում է Splice-Awing Algorithm- ի դեմՏեղեկատու գենոմ:
• Գործիքներ.Hisat2, սամթուլներ
3. Գրադարանի որակի վերլուծություն.
• Տեղադրեք երկարության վերլուծություն, հաջորդականության հագեցվածության վերլուծություն եւ այլն;
• Գործիքներ.սամթուլներ;
4. Հաջորդական կառուցվածքի վերլուծություն.
• այլընտրանքային պառակտման վերլուծություն, գենի կառուցվածքի օպտիմիզացում,Նոր գեների կանխատեսում եւ այլն;
• Գործիքներ.Stringtie, gffcompare, ԳագաթՈճի լինելԱդամանդ, ԲնաբանեւՀմայք.
5. Դիֆերենցիալ արտահայտության վերլուծություն.
• DEG Screen ուցադրություն, համագործակցության վերլուծություն, ֆունկցիոնալհարստացում;
ԱռաջՏեսողականացման տարբեր արդյունքներ;
ԱռաջRհետՍեգ, Ցնցող, ggplot2, Դեքս
Տեղեկանք
1. Քիմ, Դեհվան եւ այլն: «Գրաֆիկի վրա հիմնված գենոմի հավասարեցում եւgenotyping- ը Hisat2- ի եւ Hisat-Genotype- ի հետ »:ԲնավորությունԿենսատեխնոլոգիա37 (2019), 907 - 915:
2-ը: McKenna, Aaron et al. «Գենոմի վերլուծության գործիքակազմ. ԱMapReduce Franimum- ը `հաջորդ սերնդի ԴՆԹ-ն վերլուծելու համարհաջորդականացնել տվյալները »:Գենոմի հետազոտություն20 9 (2010), 1297-303:
3. Լի, Հենգ եւ այլն: «Հաջորդականության հավասարեցում / քարտեզի ձեւաչափը եւSamtools »:Բիոինֆորմատիկա25 (2009), 2078 - 2079:
4. Perţea, Mihaela et al. «Լարթը հնարավորություն է տալիս բարելավվելԿարդում է RNA-SEQ- ի գրադարձային վերակառուցումը »:ԲնավորությունԿենսատեխնոլոգիա33 (2015), 290-295:
5. Սեր, Michael I. et al. «Փայտի փոփոխության չափավոր գնահատումը եւDispersion RNA-SEQ տվյալների Deseq2- ով »:ԳենոմԿենսաբանություն15 (2014). N. հեքիաթ
6. Էդդի, Շոն r .. «Արագացված պրոֆիլ HMM որոնումները»:Plos Հաշվողական կենսաբանություն7 (2011). N. հեքիաթ

Ստացեք մեջբերում

Գրեք ձեր հաղորդագրությունը այստեղ եւ ուղարկեք մեզ

Ուղարկեք ձեր հաղորդագրությունը մեզ.