Գենոմի էվոլյուցիա
Պններ
Գոլդսի էվոլյուցիոն ծագումն ու տնային տնտեսությունը (Carassius Auratus)
PacBio | Illumina | Bionano Genome Map | Hi-C Genome հավաքում | Գենետիկ քարտեզ | Gwas | RNA-SEQ
Կարեւորագույն իրադարձություններ
1.Goldfish Genome- ը թարմացվել է բարձրորակ հավաքման տարբերակով, որը խարսխում է 95,75% -ը `50 pseudochromosomes- ի մեջ (Scaffold N50 = 31.84 MB): Երկու ենթաբաժիններ արտանետվել են:
Տեղահանության ընթացքում ընտրովի ավլումների 2. Գերադասելի տարածաշրջանները հայտնաբերվել են 201 անձի վերազինման տվյալների, բացելով ավելի քան 390 թեկնածուի գեներ, որոնք, ամենայն հավանականությամբ, կապված են տնային հատկությունների հետ:
3.GWA- ները Dorsal Fin- ում տնային գոտում ոսկու ձուկ են հայտնաբերել 378 թեկնածուի գեներ, որոնք պոտենցիալ կապված են: Tyrosine-Protein Kinase- ի թղթակիցը նույնականացվել է որպես թեկնածուի պատճառահետեւանքային գեն, որը կապված է թափանցիկության հետ
Նախապատմել
Goldfish- ը (Carassius Auratus) ամենակարեւոր գյուղացիական ձկներից մեկն է, որը տնային տնտեսությունում տիրում էր հին Չինաստանում: Նրանք մեկնաբանել են Չարլզ Դարվինը, որպես «անցնելով գրեթե անսահման բազմազանության գույնի, մենք հանդիպում ենք կառույցի առավել արտառոց փոփոխությունների»: Չափազանց բազմազան հատկություններ եւ տնային տնտեսությունների երկար պատմություն, ոսկե ձկների հիանալի գենետիկ մոդելային համակարգ `ձկների ֆիզիոլոգիայի եւ էվոլյուցիայի համար:
Ձեռքբերումներ
Goldfish Genome
JPacBio եւ Illumina զույգի զույգի զույգերի հաջորդականության տվյալների վերլուծությունը տալիս է նախնական 1.657 G նախագիծ (Contig N50 = 474 KB): Bionano օպտիկական քարտեզը հավաքվել եւ շտկել է հավաքը 1,73 ԳԲ չափի (գնահատված գենոմի չափը, 1.8 ԳԲ): Hi-C հիմնահարված համը ավելացված է 606 KB- ից 31.84 MB- ից 31.84% -ից 31.75% (1.65 ԳԲ) կողմնորոշված եւ պատվիրված խարիսխի մակարդակի վրա: Գենոմը բաղկացած է 56,251 կոդավորման գեներից եւ 10,098 երկար չկառուցված տառադարձումից: Ավելին, 38 հնարավոր ցենտրոմային շրջանները կանխատեսվում էին 50 քրոմոսոմից:
Նկար 1 ոսկե ձուկ գենոմ
TԵնթածրագրերի պարզ հավաքածուները հայտնաբերվել են հնագույն հիբրիդացման իրադարձության արդյունքում 50 ոսկե ձկնաբուծական քրոմոսոմներում: Goldfish- ի եւ Barbina- ի միջեւ կարդացած ընթերցվածների ավելի բարձր մասնագիտացված քրոմոսոմների հավաքածուն սահմանվել է որպես «Subenome A (Chra01 ~ A25), այսինքն, սուբենոմը, որը տարածված է Barbinae- ի համար, իսկ մնացած մնացորդները,« Chrb01 ~ B25 »:
Տնային եւ ընտրովի ավլումներ
AԸնդհանուր առմամբ 16 Վայրի տեսակը Crucon Carps եւ 185 ներկայացուցիչ Goldfish տարբերակները ռեժիսում էին մոտավորապես 12,5x միջին հաշվարկային խորությամբ, ստեղծելով 4,3 տեռաբազ: Ֆիլոգենետիկ վերակառուցման եւ PCA- ի վերլուծությունը հաստատեց սերտ կապը ընդհանուր ոսկե ձկների եւ խաչաձեւ կարպի միջեւ, քան մյուս ոսկե ձկնիկը, որի վերջինս բաժանվեց երկու տողի:
LD քայքայվող վերլուծությունը `վերը նշված չորս ենթակայություններից, որոնք բնակչության գենետիկական խցիկի առկայությանը աջակցում էին ոսկե ձկնաբուծության մեջ տնային տնտեսության եւ ուժեղ արհեստական ընտրության առկայությանը: Գենետիկ բազմազանության բարձրացում (π) crusian carp- ից ընդհանուր ոսկե ձկնիկից մինչեւ wen goldfish եւ ձու Goldfish- ը իրենց տնային տնտեսության ընթացքում նշում էր գենետիկ տատանումների զգալի կուտակում: Ներկայացուցչական տվյալներից նույնացվել են 25.2 MB եւ 946 գեներ ընդգրկող 50 ընտրովի ավլում գենոմիկական շրջաններ (33 ոսկե ձկնաբուծություն եւ 16 Crucian Crap): Ընդլայնում վերլուծություն 201 անձանց, 393 գեն նշված է ավարտված ընտրովի մաքրման շրջաններում: Այս գեները հայտնաբերվել են ցածր բազմազանության, որոնք, հավանաբար, նպաստում են ֆենոտիպերին, որոնք կապված են ոսկե ձկնաբուծության հիմնական տնային հատկությունների հետ:
Fig.3 Գենոմ-լայն տնային տնտեսություն-հարակից վերլուծություն
Gwas տնային ոսկե ձկնիկի վրա
DOrsal Fin- ը առանցքային առանձնահատկությունն առանձնացնում է ձվի ոսկե ձկնիկից wen goldfish- ը: 96 wen Goldfish- ի վրա գտնվող Dorsal Fin- ի GWA- ները եւ 87 ձվի ոսկե ձուկը բացահայտեցին 378 թեկնածուի գեներ, որոնք տարածվեցին 13 քրոմոսոմների վրա եւ նկատվեց այս գեների անհավասար բաշխումը: Այս թեկնածուի գեների ֆունկցիոնալ վերլուծությունը կարեւորեց կենսաբանական գործընթացները, ներառյալ «բջջային մակերեւութային ընկալիչ ազդանշանը», «Փոխադրման տրանսպորտ», «կմախքի համակարգի զարգացում» եւ այլն:
Fig.4 Dorsal Fin- ի Gwas- ը տնային ոսկե ձկնիկի վրա
IN GWA- ն թափանցիկ մասշտաբի հետ կապված հատկությունների, հայտնաբերվել է մեկ ուժեղ ասոցիացիայի գագաթնակետ: Թիրոս-սպիտակուցային կինազային ընկալիչ կոդավորող գենը հայտնաբերվել է թեկնածուների շրջաններից մեկում:
Նկար 5 թափանցիկ մասշտաբի հետ կապված հատկությունների gwas
Տեղեկանք
Cհավ եւ al. Ոսկե ձկնաբուծության էվոլյուցիոն ծագում եւ տնային տնտեսություն (Carassius Auratus): PNAS (2020)
Լուրեր Նպատակ ունի կիսել վերջին հաջող դեպքերը կենսաբաշխիչ տեխնոլոգիաներով, գրավել նոր գիտական նվաճումները, ինչպես նաեւ ուսումնասիրության ընթացքում կիրառվող նշանավոր տեխնիկան:
Ժամանակը `Jan-04-2022