Nanopore Ամբողջական տրանսկրիպտոմ

Nanopore transcriptome sequencing-ը հզոր մեթոդ է ամբողջ երկարությամբ cDNA-ների հաջորդականացման համար՝ ճշգրիտ նույնականացնելով և քանակականացնելով տառադարձման իզոֆորմները: BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline-ը նախագծված է վերլուծելու RNA-Seq տվյալները, որոնք ստեղծվել են Nanopore հարթակում բարձրորակ լավ ծանոթագրված հղումային գենոմի դեմ՝ ապահովելով որակական և քանակական վերլուծություն ինչպես գենի, այնպես էլ տառադարձման մակարդակում: Որակի վերահսկումից հետո ստացվում են լիամետրաժ ոչ քիմերային (FLNC) հաջորդականություններ, և կոնսենսուսային հաջորդականությունները քարտեզագրվում են հղումային գենոմի վրա՝ ավելորդ տառադարձումները հեռացնելու համար: Այս տառադարձման հավաքածուից արտահայտությունը քանակականացվում է, իսկ դիֆերենցիալ կերպով արտահայտված գեներն ու տառադարձումները նույնականացվում և ֆունկցիոնալ կերպով նշում են: Խողովակաշարը ներառում է նաև այլընտրանքային պոլիադենիլացման (APA) վերլուծություն, այլընտրանքային զուգավորման վերլուծություն, պարզ հաջորդականության կրկնվող (SSR) վերլուծություն, lncRNA-ի և համապատասխան թիրախների կանխատեսում, կոդավորման հաջորդականությունների (CDS) կանխատեսում, գենային ընտանիքի վերլուծություն, տրանսկրիպցիոն գործոնի վերլուծություն, նոր գեների կանխատեսում։ և սղագրությունների ֆունկցիոնալ անոտացիա: