● Երկու էքսոմի վահանակներ հասանելի են՝ հիմնվելով զոնդերով թիրախային հարստացման վրա՝ Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) և xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT):
● Հերթականություն Illumina NovaSeq-ում:
● Կենսաինֆորմատիկ խողովակաշար՝ ուղղված հիվանդության վերլուծությանը կամ ուռուցքի վերլուծությանը:
●Թիրախում է սպիտակուցի կոդավորման շրջանըՍպիտակուցների կոդավորման շրջանները գրավելով և հաջորդականացնելով՝ hWES-ն օգտագործվում է սպիտակուցի կառուցվածքի հետ կապված տարբերակները բացահայտելու համար:
●Ծախսերի արդյունավետ:hWES-ը տալիս է մարդու հիվանդության հետ կապված մուտացիաների մոտավորապես 85%-ը մարդու գենոմի 1%-ից:
●Բարձր ճշգրտությունՀերթականության բարձր խորությամբ, hWES-ը հեշտացնում է ինչպես սովորական տարբերակների, այնպես էլ հազվադեպ տարբերակների հայտնաբերումը 1%-ից ցածր հաճախականությամբ:
●Որակի խիստ հսկողությունՄենք իրականացնում ենք հինգ հիմնական հսկիչ կետեր բոլոր փուլերում՝ նմուշների և գրադարանների պատրաստումից մինչև հաջորդականացում և կենսաինֆորմատիկա: Այս մանրակրկիտ մոնիտորինգը ապահովում է հետևողականորեն բարձրորակ արդյունքների ապահովում:
●Կենսաինֆորմատիկայի համապարփակ վերլուծությունՄեր խողովակաշարը դուրս է գալիս տեղեկատու գենոմի տատանումների նույնականացումից, քանի որ այն ներառում է առաջադեմ վերլուծություն, որը նախատեսված է հատուկ հետազոտական հարցերին անդրադառնալու՝ կապված հիվանդությունների գենետիկական ասպեկտների կամ ուռուցքների վերլուծության հետ:
●Վաճառքից հետո աջակցություն.Մեր պարտավորությունը տարածվում է ծրագրի ավարտից դուրս՝ վաճառքից հետո սպասարկման 3 ամիս ժամկետով: Այս ընթացքում մենք առաջարկում ենք ծրագրի հետևում, անսարքությունների վերացման օգնություն և հարցուպատասխանի նիստեր՝ արդյունքների հետ կապված ցանկացած հարցում լուծելու համար:
Exon Capture ռազմավարություն | Հաջորդականության ռազմավարություն | Առաջարկվող տվյալների ելք |
Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) կամ xGen Exome հիբրիդացման վահանակ v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5-10 Գբ Մենդելյան խանգարումների/հազվադեպ հիվանդությունների դեպքում՝ > 50x Ուռուցքի նմուշների համար՝ ≥ 100x |
Նմուշի տեսակը
| Գումարը(Qubit®)
| Համակենտրոնացում | Ծավալը
| Մաքրություն (NanoDrop™) |
Գենոմային ԴՆԹ
| ≥ 50 նգ | ≥ 6 նգ/մլ | ≥ 15 մլ | OD260/280=1.8-2.0 ոչ մի դեգրադացիա, ոչ մի աղտոտում
|
hWES- հիվանդության նմուշների բիոինֆորմատիկ վերլուծությունը ներառում է.
● Տվյալների հաջորդականություն QC
● Հղման գենոմի հավասարեցում
● SNP-ների և InDels-ի նույնականացում
● SNP-ների և InDels-ի ֆունկցիոնալ անոտացիա
Ուռուցքի նմուշների կենսաինֆորմատիկ վերլուծությունը ներառում է.
● Տվյալների հաջորդականություն QC
● Հղման գենոմի հավասարեցում
● SNP-ների, InDels-ի և սոմատիկ տատանումների նույնականացում
● Բողբոջային գծերի տարբերակների նույնականացում
● Մուտացիայի ստորագրությունների վերլուծություն
● շարժիչ գեների նույնականացում՝ հիմնված ֆունկցիոնալ մուտացիաների վրա
● Մուտացիայի անոտացիա դեղերի նկատմամբ զգայունության մակարդակում
● Հետերոգենության վերլուծություն – մաքրության և պլոիդիայի հաշվարկ
Տվյալների QC – Exome-ի գրավման վիճակագրություն
Տարբերակի նույնականացում – InDels
Ընդլայնված վերլուծություն. վնասակար SNPs/InDels-ների նույնականացում և բաշխում – Circos-ի սյուժե
Ուռուցքի վերլուծություն. սոմատիկ մուտացիաների նույնականացում և բաշխում
Ուռուցքի վերլուծություն