Hi-C-ի վրա հիմնված գենոմի հավաքում
Hi-C-ն մեթոդ է, որը նախատեսված է քրոմոսոմների կոնֆիգուրացիան ֆիքսելու համար՝ համատեղելով զոնդավորման վրա հիմնված փոխազդեցությունները և բարձր թողունակության հաջորդականությունը: Ենթադրվում է, որ այս փոխազդեցությունների ինտենսիվությունը բացասաբար է կապված քրոմոսոմների վրա ֆիզիկական հեռավորության հետ: Հետևաբար, Hi-C տվյալները օգտագործվում են գենոմում հավաքված հաջորդականությունների կլաստերավորումը, դասակարգումը և կողմնորոշումը ուղղորդելու և դրանք որոշակի թվով քրոմոսոմների վրա ամրացնելու համար: Այս տեխնոլոգիան հզորացնում է քրոմոսոմային մակարդակի գենոմի հավաքումը բնակչության վրա հիմնված գենետիկ քարտեզի բացակայության դեպքում: Յուրաքանչյուր գենոմի կարիք ունի Hi-C:
Ծառայության առանձնահատկությունները
● Հերթականություն Illumina NovaSeq-ում PE150-ով:
● Ծառայությունը պահանջում է, որ հյուսվածքների նմուշները, արդյունահանված նուկլեինաթթուների փոխարեն, խաչաձեւ կապակցեն ֆորմալդեհիդի հետ և պահպանեն ԴՆԹ-սպիտակուց փոխազդեցությունները:
● Hi-C փորձը ներառում է կպչուն ծայրերի սահմանափակում և վերականգնում բիոտինով, որին հաջորդում է ստացված բութ ծայրերի շրջանաձևացումը՝ պահպանելով փոխազդեցությունները: ԴՆԹ-ն այնուհետև քաշվում է ստրեպտավիդինի ուլունքներով և մաքրվում՝ հետագա գրադարանային պատրաստման համար:
Ծառայության առավելությունները
Hi-C-ի ակնարկ
(Lieberman-Aiden E et al.,Գիտություն, 2009)
●Գենետիկական բնակչության տվյալների անհրաժեշտության վերացում.Hi-C-ն փոխարինում է շարունակական խարսխման համար անհրաժեշտ էական տեղեկատվությանը:
●Մարկերի բարձր խտություն.հանգեցնելով 90%-ից բարձր խարսխման բարձր հարաբերակցության:
●Ընդարձակ փորձաքննություն և հրապարակման գրառումներ.BMKGene-ն ունի հսկայական փորձ Hi-C գենոմի հավաքման ավելի քան 2000 դեպքի հետ՝ 1000 տարբեր տեսակներից և տարբեր արտոնագրերից: Հրապարակված ավելի քան 200 դեպքերի ազդեցության գործակիցը կազմում է ավելի քան 2000:
●Բարձր հմուտ կենսաինֆորմատիկայի թիմ.Ներքին արտոնագրերով և ծրագրային ապահովման հեղինակային իրավունքներով Hi-C փորձերի և տվյալների վերլուծության համար, ինքնազարգացած վիզուալիզացիայի տվյալների ծրագրակազմը թույլ է տալիս ձեռքով բլոկի տեղափոխումը, հետադարձումը, չեղարկումը և վերափոխումը:
●Վաճառքից հետո աջակցություն.Մեր պարտավորությունը տարածվում է ծրագրի ավարտից դուրս՝ վաճառքից հետո սպասարկման 3 ամիս ժամկետով: Այս ընթացքում մենք առաջարկում ենք ծրագրի հետևում, անսարքությունների վերացման օգնություն և հարցուպատասխանի նիստեր՝ արդյունքների հետ կապված ցանկացած հարցում լուծելու համար:
●Համապարփակ ծանոթագրությունՄենք օգտագործում ենք բազմաթիվ տվյալների բազաներ՝ հայտնաբերված տատանումներով գեները ֆունկցիոնալ կերպով ծանոթագրելու և համապատասխան հարստացման վերլուծություն կատարելու համար՝ տրամադրելով պատկերացումներ բազմաթիվ հետազոտական նախագծերի վերաբերյալ:
Ծառայության բնութագրերը
| Գրադարանի պատրաստում | Հերթականության ռազմավարություն | Առաջարկվող տվյալների ելք | Որակի վերահսկում |
| Hi-C գրադարան | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Նմուշի պահանջներ
| Հյուսվածք | Պահանջվող գումարը |
| Կենդանական ներքին օրգաններ | ≥ 2 գ |
| Կենդանիների մկանները | |
| Կաթնասունների արյուն | ≥ 2 մլ |
| Թռչնամիս/Ձկան Արյուն | |
| Բույս- Թարմ տերեւ | ≥ 3 գ |
| Մշակված բջիջներ | ≥ 1x107 |
| Միջատ | ≥ 2 գ |
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Փորձի ձևավորում
Նմուշի առաքում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
1) չմշակված տվյալների QC
2) Hi-C գրադարանի QC՝ վավերական Hi-C փոխազդեցությունների գնահատում
3) Hi-C հավաք.
4) Hi-C գնահատում
Hi-C գրադարան QC – Hi-C վավերական փոխազդեցության զույգերի գնահատում
Hi-C ժողով – վիճակագրություն
Հավաքումից հետո գնահատում – աղբամանների միջև ազդանշանի ինտենսիվության ջերմային քարտեզ
Բացահայտեք BMKGene-ի Hi-C հավաքման ծառայությունների առաջխաղացումները՝ հրատարակությունների համադրված հավաքածուի միջոցով:
Tian, T. et al. (2023) «Գենոմի հավաքում և երաշտի դիմացկուն եգիպտացորենի ակնառու գերմպլազմայի գենետիկական դիսեկցիա», Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), էջ 496–506: doi՝ 10.1038/s41588-023-01297-y:
Wang, ZL et al. (2020) «Asian Honeybee Apis cerana Genome-ի քրոմոսոմային մասշտաբով հավաքում», Սահմաններ գենետիկայի մեջ, 11, էջ. 524140. doi՝ 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX:
Zhang, F. et al. (2023) «Տրոպան ալկալոիդների կենսասինթեզի էվոլյուցիայի բացահայտում Solanaceae ընտանիքում երկու գենոմների վերլուծությամբ», Nature Communications 2023 14:1, 14(1), էջ 1–18: doi՝ 10.1038/s41467-023-37133-4:
Zhang, X. et al. (2020) «Բանյան ծառի և փոշոտող կրետի գենոմները ապահովում են պատկերացումներ Fig-Wasp Coevolution-ի մասին», Բջջ, 183(4), էջ 875-889.e17: doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
