Hi-C-ի վրա հիմնված քրոմատինի փոխազդեցություն
Ծառայության առանձնահատկությունները
● Հերթականություն Illumina NovaSeq-ում PE150-ով:
● Ծառայությունը պահանջում է, որ հյուսվածքների նմուշները, արդյունահանված նուկլեինաթթուների փոխարեն, խաչաձեւ կապակցեն ֆորմալդեհիդի հետ և պահպանեն ԴՆԹ-սպիտակուց փոխազդեցությունները:
● Hi-C փորձը ներառում է կպչուն ծայրերի սահմանափակում և վերականգնում բիոտինով, որին հաջորդում է ստացված բութ ծայրերի շրջանաձևացումը՝ պահպանելով փոխազդեցությունները: ԴՆԹ-ն այնուհետև քաշվում է ստրեպտավիդինի ուլունքներով և մաքրվում՝ հետագա գրադարանային պատրաստման համար:
Ծառայության առավելությունները
●Օպտիմալ սահմանափակող ֆերմենտի ձևավորումապահովել բարձր Hi-C արդյունավետություն տարբեր տեսակների վրա մինչև 93% վավեր փոխազդեցության զույգերով:
●Ընդարձակ փորձաքննություն և հրապարակման գրառումներ.BMKGene-ն ունի 800 տարբեր տեսակներից և տարբեր արտոնագրերից >2000 Hi-C հաջորդականության նախագծերի հսկայական փորձ: 100-ից ավելի հրապարակված դեպքեր՝ 900-ից ավելի կուտակային ազդեցության գործակցով։
●Բարձր որակավորում ունեցող բիոինֆորմատիկայի թիմ.Ներքին արտոնագրերով և ծրագրային ապահովման հեղինակային իրավունքներով Hi-C փորձերի և տվյալների վերլուծության համար և ինքնուրույն մշակված վիզուալիզացիայի տվյալների ծրագրային ապահովում:
●Վաճառքից հետո աջակցություն.Մեր պարտավորությունը տարածվում է ծրագրի ավարտից դուրս՝ վաճառքից հետո սպասարկման 3 ամիս ժամկետով: Այս ընթացքում մենք առաջարկում ենք ծրագրի հետևում, անսարքությունների վերացման օգնություն և հարցուպատասխանի նիստեր՝ արդյունքների հետ կապված ցանկացած հարցում լուծելու համար:
●Համապարփակ ծանոթագրությունՄենք օգտագործում ենք բազմաթիվ տվյալների բազաներ՝ հայտնաբերված տատանումներով գեները ֆունկցիոնալ կերպով ծանոթագրելու և համապատասխան հարստացման վերլուծություն կատարելու համար՝ տրամադրելով պատկերացումներ բազմաթիվ հետազոտական նախագծերի վերաբերյալ:
Ծառայության բնութագրերը
| Գրադարան | Հաջորդականության ռազմավարություն | Առաջարկվող տվյալների ելք | Hi-C ազդանշանի լուծում |
| Hi-C գրադարան | Illumina PE150 | Քրոմատինային հանգույց՝ 150x TAD: 50x | Քրոմատինային հանգույց՝ 10 Կբ TAD՝ 40 Կբ |
Ծառայության պահանջներ
| Նմուշի տեսակը | Պահանջվող գումարը |
| Կենդանական հյուսվածք | ≥ 2 գ |
| Ամբողջ արյուն | ≥2 մլ |
| Սնկերը | ≥ 1 գ |
| Բույս - երիտասարդ հյուսվածք | 1 գ/ալիկոտ, խորհուրդ է տրվում 2-4 չափաբաժին |
| Մշակված բջիջներ | ≥1x107 |
Ներառում է հետևյալ վերլուծությունը.
● Հում տվյալների QC;
● Քարտեզագրում և Hi-C գրադարանի QC. վավեր փոխազդեցության զույգեր և փոխազդեցության քայքայման ցուցիչներ (IDEs);
● Գենոմի ամբողջ փոխազդեցության պրոֆիլավորում. cis/trans վերլուծություն և Hi-C փոխազդեցության քարտեզ;
● A/B խցիկի բաշխման վերլուծություն;
● TAD-ների և քրոմատինային օղակների նույնականացում;
● Դիֆերենցիալ վերլուծություն 3D քրոմատինի կառուցվածքի տարրերի վրա նմուշների միջև և համապատասխան գեների համապատասխան ֆունկցիոնալ անոտացիա:
Cis և տրանս համամասնությունների բաշխում
Նմուշների միջև քրոմոսոմային փոխազդեցությունների ջերմային քարտեզ
A/B խցիկների գենոմի լայն տարածում
Քրոմատինային օղակների գենոմի լայն տարածում
TAD-ների պատկերացում
Բացահայտեք BMKGene-ի Hi-C հաջորդականության ծառայությունների կողմից իրականացվող հետազոտական առաջընթացները՝ հրատարակությունների համադրված հավաքածուի միջոցով:
Meng, T. et al. (2021) «Համեմատական ինտեգրված բազմաօմիկական վերլուծությունը ցույց է տալիս CA2-ը որպես խորդոմայի նոր թիրախ»,Նեյրոուռուցքաբանություն, 23(10), էջ 1709–1722։ doi՝ 10.1093/NEUONC/NOAB156:
Xu, L. et al. (2021) «Գենոմի 3D անկազմակերպումը և վերադասավորումը պատկերացումներ են տալիս NAFLD-ի պաթոգենեզի վերաբերյալ ինտեգրված Hi-C, Nanopore և RNA հաջորդականությամբ»,Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), էջ 3150–3164։ doi՝ 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
