Գենոմի ամբողջ ասոցիացիայի վերլուծություն
Աշխատանքային ընթացք
Ծառայության առավելությունները
●Ընդարձակ փորձաքննություն և հրապարակման գրառումներGWAS-ում կուտակված փորձով BMKGene-ն իրականացրել է հարյուրավոր տեսակների նախագծեր բնակչության GWAS-ի հետազոտության մեջ, օգնել է հետազոտողներին հրապարակել ավելի քան 100 հոդված, իսկ ազդեցության կուտակային գործակիցը հասել է 500-ի:
● Համապարփակ կենսաինֆորմատիկական վերլուծությունԱշխատանքային հոսքը ներառում է SNP-հատկանիշի ասոցիացիայի վերլուծություն՝ տրամադրելով թեկնածու գեների մի շարք և դրանց համապատասխան ֆունկցիոնալ անոտացիա:
●Բարձր որակավորում ունեցող բիոինֆորմատիկայի թիմ և վերլուծության կարճ ցիկլԱռաջադեմ գենոմիկայի վերլուծության մեծ փորձով BMKGene-ի թիմը տրամադրում է համապարփակ վերլուծություններ՝ արագ շրջադարձային ժամանակով:
●Վաճառքից հետո աջակցություն.Մեր պարտավորությունը տարածվում է ծրագրի ավարտից դուրս՝ վաճառքից հետո սպասարկման 3 ամիս ժամկետով: Այս ընթացքում մենք առաջարկում ենք ծրագրի հետևում, անսարքությունների վերացման օգնություն և հարցուպատասխանի նիստեր՝ արդյունքների հետ կապված ցանկացած հարցում լուծելու համար:
Ծառայության բնութագրերը և պահանջները
| Հերթականության տեսակը | Առաջարկվող բնակչության սանդղակը | Հերթականության ռազմավարություն | Նուկլեոտիդային պահանջներ |
| Ամբողջ գենոմի հաջորդականությունը | 200 նմուշ | 10x | Կոնցենտրացիան՝ ≥ 1 նգ/մլ Ընդհանուր գումար≥ 30 նգ Սահմանափակ կամ առանց քայքայման կամ աղտոտման |
| Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) | Պիտակի խորությունը՝ 10x Պիտակների քանակը: < 400 Մբ. խորհուրդ է տրվում WGS < 1 Գբ: 100 հազար պիտակներ 1 Գբ > 2 Գբ: 300 հազար պիտակներ Առավելագույն 500 հազար պիտակներ | Կոնցենտրացիան ≥ 5 նգ/մլ Ընդհանուր քանակը ≥ 80 նգ Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Ագարոզայի գել. չկան կամ սահմանափակ է քայքայումը կամ աղտոտումը
|
Նյութի ընտրություն
Տարբեր սորտեր, ենթատեսակներ, լանդշաֆտներ/գենբանկեր/խառը ընտանիքներ/վայրի ռեսուրսներ
Տարբեր սորտեր, ենթատեսակներ, լանդշաֆտներ
Half-sib ընտանիք / full-sib ընտանիք / վայրի ռեսուրսներ
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Փորձի ձևավորում
Նմուշի առաքում
ՌՆԹ արդյունահանում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
Ներառում է հետևյալ վերլուծությունը.
- Գենոմի ամբողջ ասոցիացիայի վերլուծություն. LM, LMM, EMMAX, FASTLMM մոդել
- Թեկնածու գեների ֆունկցիոնալ անոտացիա
SNP-հատկանիշի ասոցիացիայի վերլուծություն – Մանհեթենի սյուժեն
SNP-հատկանիշի ասոցիացիայի վերլուծություն – QQ սյուժեն
Բացահայտեք BMKGene-ի դե GWAS ծառայությունների առաջխաղացումները՝ հրատարակությունների համադրված հավաքածուի միջոցով.
Lv, L. et al. (2023) «Ամոնիակային հանդուրժողականության գենետիկ հիմքի պատկերացում Sinonovacula constricta-ում ածելիի կակղամորթում՝ գենոմի լայն ասոցիացիայի ուսումնասիրությամբ»,Ջրային կուլտուրա, 569, էջ. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) «Աղվեսի պոչերի 398 կորեկի միացումների բազմաօմիկական վերլուծությունները բացահայտում են գենոմային շրջանները՝ կապված ընտելացման, մետաբոլիտի հատկությունների և հակաբորբոքային էֆեկտների հետ»,Մոլեկուլային գործարան, 15 (8), էջ 1367–1383։ doi՝ 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) «Genome Wide Association Mapping of Hulless Barely Phenotypes in Drought Environment»,Սահմանները բույսերի գիտության մեջ, 13, էջ. 924892. doi՝ 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX:
Zhao, X. et al. (2021) «GmST1-ը, որը կոդավորում է սուլֆոտրանսֆերազը, դիմադրություն է հաղորդում սոյայի մոզաիկա վիրուսի G2 և G3 շտամներին»,Բույսեր, բջիջներ և շրջակա միջավայր, 44 (8), էջ 2777–2792։ doi՝ 10.1111/PCE.14066:
