ԴՆԹ / RNA Sequencing -Pacbio Sequencer
Հատկություններ
PacBio Sequencer- ում հաջորդող երկու ռեժիմներ. Շարունակական երկար ընթերցված (CLR) եւ շրջանաձեւ համաձայնություն կարդացեք (CCS)
| Կիսապայմանագրային ռեժիմ | Գրադարանի չափը | Տեսական տվյալներԵկամտաբերություն (մեկ խցում) | Մեկ-բազաՃշգրտություն | Ծրագրեր |
| Կլոր | 20KB, 30KB եւ այլն: | 80 ԳԲ-ից 130 ԳԲ | Մոտավոր: 85% | Դե Նովո, SV զանգեր եւ այլն: |
| CCS | 15-20 KB | 14-ից 40 ԳԲ / բջջային (Sequel II) 70-ից 110 ԳԲ / բջջային (Revio) Կախված է նմուշներից | Մոտավոր: 99% | Դե Նովո, SNP / INDEL / SV CALLING, ISO-SEQ, |
Revio- ի գործունեության եւ առանձնահատկությունների համեմատությունը եւ Sequel II- ը
| Պայմաններ | Sequel II համակարգ | Revio համակարգ | Աճում |
| Ավելի բարձր խտություն | 8 միլիոն zmws | 25 միլիոն zmws | 3x |
| Անկախ փուլեր | 1 | 4 | 4x |
| Ավելի կարճ ժամանակներ | 30 ժամ | 24 ժամ | 1.25x |
| 30x HIFI մարդու գենոմներ / տարի | 88 | 1,300 | 15x ընդհանուր առմամբ |
Ծառայության առավելություններ
● PacBio Sequencing Platform- ի ավելի քան 8 տարվա փորձ, հազարավոր փակ նախագծերով `տարբեր տեսակների հետ:
● Ամբողջովին հագեցած է PacBio հաջորդական վերջին պլատֆորմներով, ReRIO- ն երաշխավորում է բավարար հաջորդականացման միջոցով:
● Ավելի արագ շրջադարձային ժամանակ, տվյալների ավելի բարձր եկամտաբերություն եւ ավելի ճշգրիտ տվյալներ:
● Նպաստել են հարյուրավոր բարձր ազդեցության PACBIO- ի վրա հիմնված հրապարակումներում:
Նմուշի պահանջներ
| Նմուշի տեսակը | Գումար | Համակենտրոնացում (QUBIT®) | Ծավալ | Մաքրություն | Ուրիշներ |
| Գենոմ ԴՆԹ | Կախված տվյալների պահանջից | ≥50 NG / μL | ≥15μl | OD260 / 280 = 1.7-2.2; OD260 / 230 = 1.8-2.5; Մաքրել գագաթը 260 նմ է,Ոչ աղտոտում չկա | Համակենտրոնացումը պետք է չափվի քվիտով եւ քվիտով / նանոպորով = 0.8-2.5 |
| Ընդհանուր RNA | ≥1.2% | ≥120 NG / μL | ≥15μl | OD260 / 280 = 1.7-2.5; OD260 / 230 = 0.5-2.5;Ոչ աղտոտում չկա | Rin արժեքը ≥7.5 5≥28s / 18S≥1 |
Ծառայության աշխատանքային հոսք
Նմուշի պատրաստում
Գրադարանների կառուցում
Հաջորդականացում
Տվյալների վերլուծություն
Ծրագրի առաքում
1. Տնային տվյալների բերքատվություն
63 CCS բջիջներից ստացված տվյալներ (26 տեսակից)
| Տվյալներ-Pacbio-ccs-15 kb | Միջին | Մաքս | Թեփ | Միջին |
| Եկամտաբերություն - subreads (GB) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polymerase N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| Subreads n50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| Միջին երկարություն-պոլիմերազ | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| Միջին երկարություն-ենթականեր | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| Միջին երկարությամբ-CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
16 CLR բջիջներից ստացված տվյալները (76 տեսակից)
| Data-PacBio-CLR-30KB | Միջին | Մաքս | Թեփ | Միջին |
| Եկամտաբերություն - subreads (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polymerase N50 | 39,456 | 121,191 | 15 389 | 35,231 |
| Subreads n50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| Միջին երկարություն-պոլիմերազ | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| Միջին երկարություն-ենթականեր | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.Data QC - ԴեմոՏվյալների եկամտաբերության վիճակագրությունը
| Նմուշ | CCS- ը կարդում է համար | Ընդհանուր CCS բազաներ (BP) | CCS- ն կարդում է N50 (BP) | CCS միջին երկարությունը (BP) | CCS ամենաերկար կարդալը (BP) | subreads հիմքեր (BP) | CCS տոկոսադրույքը (%) |
| Pb_bmkxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
