Ծածկված տարանջատված վերլուծություն
Ծառայության առավելություններ
Takagi et al., Գործարանի ամսագիր, 2013
● ճշգրիտ տեղայնացում. 30 + 30-ից 200 + 200 անձանց համար նախատեսված խցուկները `նվազագույնի հասցնելու ֆոնային աղմուկը նվազագույնի հասցնելու համար. Ոչ հոմանիշների մուտանտանտների վրա հիմնված թեկնածուի տարածաշրջանի կանխատեսում:
● Համապարփակ վերլուծություն. Խորության թեկնածուի գենային գործառույթ Անտրոնացիան, ներառյալ NR, Swissprot, Go, Kegg, Cog, Kog եւ այլն:
● Ավելի արագ շրջադարձային ժամանակ. Արագ գենի տեղայնացում 45 աշխատանքային օրվա ընթացքում:
● Ընդարձակ փորձ. BMK- ն իր ներդրումն է ունեցել հազարավոր հատկություններ տեղայնացման մեջ, ընդգրկելով բազմազան տեսակներ, ինչպիսիք են բերքը, ջրային արտադրանքները, անտառը, ծաղիկները, մրգերը եւ այլն:
Ծառայության բնութագրերը
Բնակչություն.
Հակառակ ֆենոտիպերով ծնողների սերունդների պոռնկություն:
օրինակ, F2 սերունդ, հետադարձ կապ (մ.թ.ա.), վերամշակված ներկառուցված գիծ (ռիլ)
Խառնել լողավազան
Որակական հատկությունների համար `30-ից 50 անձ (նվազագույնը 20) / մեծ մասը
Քանակական Tratis- ի համար լավագույն 5% -ից 10% անհատների համար կամ ծայրահեղ ֆենոտիպեր ամբողջ բնակչության մեջ (նվազագույնը 30 + 30):
Առաջարկվող հաջորդականության խորությունը
Առնվազն 20x / ծնող եւ 1x / սերունդ անհատ (օրինակ `30 + 30 անհատի) սերունդների խառնուրդի լողավազան, հաջորդականության խորությունը կկազմի 30x մեկ մեծ մասի համար)
Bioinformatics վերլուծություններ
● Ամբողջ գենոմը վերափոխում
● Տվյալների մշակում
● SNP / Indel Calling
● Թեկնածուի շրջանի ցուցադրություն
● թեկնածու գենի գործառույթ
Նմուշի պահանջներ եւ առաքում
Նմուշի պահանջներ.
Նուկլեոտիդներ.
| GGNA նմուշ | Հյուսվածքների նմուշ |
| Համակենտրոնացում, ≥30 NG / μL | Բույսեր, 1-2 գ |
| Գումարը, ≥2 մկգ (415 μl) | Կենդանիներ, 0,5-1 գ |
| Մաքուր, OD260 / 280 = 1.6-2.5 | Ամբողջ արյունը `1,5 մլ |
Ծառայության աշխատանքի հոսքը
Փորձերի ձեւավորում
Նմուշի առաքում
RNA արդյունահանում
Գրադարանների կառուցում
Հաջորդականացում
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքի ծառայություններ
1.Անոկրատական վերլուծության բազան էվկլիդյան հեռավորության վրա (ED) `թեկնածուի տարածաշրջան հայտնաբերելու համար: Հետեւյալ ցուցանիշում
X- առանցք. Քրոմոսոմի համարը; Յուրաքանչյուր կետ ներկայացնում է SNP- ի ed արժեքը: Սեւ գիծը համապատասխանում է տեղադրված Ed արժեքին: Ավելի բարձր արժեքը ցույց է տալիս ավելի նշանակալի ասոցիացիա կայքի եւ ֆենոտիպի միջեւ: Կարմիր դանակը ներկայացնում է նշանակալի ասոցիացիայի շեմն:
2.Աշխատալի վերլուծություն, որը չի հիմնվել SNP- ին
X- առանցք. Քրոմոսոմի համարը; Յուրաքանչյուր կետ ներկայացնում է SNP-ինդեքսի արժեքը: Սեւ գիծը կանգնած է տեղավորված SNP ինդեքսի արժեքի համար: Որքան մեծ է արժեքը, այնքան ավելի նշանակալի է ասոցիացիան:
BMK գործ
Հիմնական ազդեցության քանակական հատկանիշների տեղակայումը FNL7.1 կոդավորում է հանգուցյալ սաղմնավորի առատ սպիտակուցը, որը կապված է վարունգով մրգերի պարանոցի երկարության հետ
Հրապարակված է. Բույսերի կենսատեխնոլոգիական հանդես2020
Կիսապաշտպանության ռազմավարություն.
Ծնողներ (Jin5-508, YN). Ամբողջ գենոմը `34 × եւ 20 ×:
ԴՆԹ լողավազաններ (50 երկար եւ 50 կարճ պարանոց). 61 × եւ 52 × Resequencing
Հիմնական արդյունքները
Այս ուսումնասիրության մեջ տարանջատման բնակչությունը (F2 եւ F2: 3) ստեղծվել է երկար պարանոցի վարունգի գծով Jin5-508 եւ կարճ պարանոցի ընդմիջում: ԴՆԹ-ի երկու լողավազան կառուցվել է 50 ծայրահեղ երկար պարանոցի եւ 50 ծայրահեղ կարճ պարանոցի անհատների կողմից: Major-Effect QTL- ը Chr07- ի վրա նույնականացվել է BSA- ի վերլուծության եւ QTL ավանդական քարտեզագրմամբ: Թեկնածուի շրջանը հետագայում նեղացավ `նուրբ քարտեզագրմամբ, գեների արտահայտման քանակական եւ տրանսգենիկ փորձերի միջոցով, որոնք բացահայտեցին հիմնական գենը պարանոցի երկարությունը վերահսկելու համար, CSFNL7.1: Բացի այդ, CSFNL7.1 խթանող շրջանում պոլիմորֆիզմը հայտնաբերվել է համապատասխան արտահայտության հետ: Հետագա ֆիլոգենետիկ վերլուծությունները ենթադրում են, որ FNL7.1 Locus- ը շատ հավանական է, որ ծագում է Հնդկաստանից:
 QTL-Mapping- ը BSA- ի վերլուծության մեջ `թեկնածուի տարածաշրջանը որոշելու համար` կապված վարունգի պարանոցի երկարության հետ |  Cuc ամբարի պարանոց-երկարության QTL- ի Lod պրոֆիլները հայտնաբերվել են Chr07- ի վրա |
Xu, x., et al. «Հիմնական ազդեցության քանակական հատկանիշները FNL7.1 կոդավորում են հանգուցյալ սաղմնավորի առատ սպիտակուցը, որը կապված է վարունգի մրգերի պարանոցի երկարության հետ»: Բույսերի կենսատեխնոլոգիայի ամսագիր 18.7 (2020):
