Bmkmanu s3000_spatial տառադարձող
BMKMANU S3000 տարածական տառադարձային տեխնիկական սխեման
Հատկություններ
- Բանաձեւ, 3.5 մկմ
- Տեղում տրամագիծը, 2.5 մկմ
- կետերի քանակը, մոտավորապես 4 միլիոն
- 3 հնարավոր գրավման տարածքի ձեւաչափեր. 6.8 մմ * 6,6 մմ, 11 մմ * 11 մմ կամ 15 մմ * 20 մմ
- Յուրաքանչյուր շտրիխիկ բշտիկ բեռնված է 4 բաժիններից բաղկացած նախաներկով.
• Պոլի (DT) պոչ `MRNA- ի նախապատմության եւ CDNA սինթեզի համար,
• Եզակի մոլեկուլային նույնացուցիչ (UMI) `ուժեղացման կողմնակալությունը շտկելու համար
• տարածական շտրիխ
• Մասնակի ընթերցման հաջորդականության կապի հաջորդականությունը 1 հաջորդական նախնական
- Բաժինների H & E եւ լյումինեսցենտ
- Բջջային հատվածի տեխնոլոգիա օգտագործելու հնարավորություն. H & E- ի ինտեգրման, լյումինեսցենտային ներկերի եւ RNA- ի հերթականությամբ ինտեգրումը `յուրաքանչյուր բջիջի սահմանները որոշելու եւ յուրաքանչյուր բջիջի համար ճիշտ նշանակելու համար: Բջջային աղբամանի հիման վրա հոսանքի հոսանքի տարածական պրոֆիլային վերլուծության վերամշակում:
- Հնարավոր է հասնել բազմաբնույթ լուծման վերլուծության, բազմաբնույթ մակարդակի վերլուծություն, սկսած 100-ից մինչեւ 3,5 հա, օպտիմալ լուծույթով տարատեսակ հյուսվածքների առանձնահատկությունները լուծելու համար:
BMKMANU S3000- ի առավելությունները
-Գրավման կետերի կրկնապատկում 4 միլիոն: Սա հանգեցնում է բջիջների բարելավված կլաստերի, որոնք հիմնված են Transpractional պրոֆիլների վրա, ավելի լավ մանրուքներով, որոնք համընկնում են հյուսվածքների կառուցվածքին:
- ենթաօրենսդրական լուծում.Յուրաքանչյուր գրավման տարածք պարունակում է> 2 միլիոն տարածական շտրիխիկ բծեր `2,5 մկմ տրամագծով եւ տեղում կենտրոնների միջեւ 5 մկմ-ի տարածքով, ինչը հնարավորություն է տալիս տարածական տառադարձային վերլուծություն (5 մկմ):
-Բազմաֆինանսավորման լուծման վերլուծություն.Համագործակցող բազմամակարդակ վերլուծություն, սկսած 100 մկմ-ից 5 մկմ, տարբեր հյուսվածքների առանձնահատկությունները լուծելու համար `օպտիմալ լուծմամբ:
Մի քիչ«Երեքը մեկ սլայդում» բջջային հատվածի տեխնոլոգիան օգտագործելու հնարավորություն.Լյումինեսցենտային ներկառուցումը, H & E- ն, եւ RNA- ի հաջորդականությունը մեկ սլայդում, մեր «երեք-մեկ» վերլուծության վրա, Ալգորիթմը հնարավորություն է տալիս բջջային բջիջների վրա հիմնված փոխանցման համար բջջային սահմանների նույնականացում:
Մի քիչՀամատեղելի է բազմաթիվ հաջորդականացված հարթակների հետ. Թե NGS- ն եւ Long-Read Sequencing- ը մատչելի են:
Մի քիչ1-8 ակտիվ գրավման տարածքի ճկուն ձեւավորումՍեւեռման տարածքի չափը ճկուն է, հնարավոր է օգտագործել 3 ձեւաչափ (6.8 մմ * 6,8 մմ), 11 մմ * 11 մմ եւ 15 մմ)
Մի քիչՄիանգամյա ծառայությունԻնտեգրվում է բոլոր փորձը եւ հմտությունների վրա հիմնված քայլերը, ներառյալ Cryo-Scienting, Instain, հյուսվածքների օպտիմիզացումը, տարածական շտրիխոդը, գրադարանների պատրաստումը, հաջորդականությունը եւ բիոինֆորմատիկան:
Մի քիչՀամապարփակ բիոինֆորմատիկա եւ արդյունքների օգտագործողի համար հարմար պատկերացում.Փաթեթը ներառում է 29 վերլուծություն եւ 100+ բարձրորակ գործիչներ, որոնք զուգորդվում են ներմուծված ծրագրային ապահովման օգտագործման միջոցով `բջջային պառակտման եւ տեղում կլաստերացմանը պատկերացնելու եւ հարմարեցնելու համար:
Մի քիչԱնհատականացված տվյալների վերլուծություն եւ արտացոլումՀասանելի է տարբեր հետազոտական պահանջների համար
Մի քիչԲարձրակարգ տեխնիկական թիմ: Ավելի քան 250 հյուսվածքի եւ 100+ տեսակների փորձով, ներառյալ մարդու, մկնիկի, կաթնասունի, ձկների եւ բույսերի:
Մի քիչԻրական ժամանակի թարմացումներ ամբողջ նախագծի վերաբերյալ: Փորձարարական առաջընթացի լիարժեք վերահսկմամբ:
Մի քիչԸնտրովի համատեղ վերլուծություն `մեկ բջջային MRNA- ի հաջորդականությամբ
Ծառայության բնութագրերը
| Նմուշի պահանջներ | Գրադարան | Կիսապայմանագրային ռազմավարություն | Առաջարկվող տվյալները | Որակի հսկողություն |
| Oct-Imbedded Cryo նմուշներ (Օպտիմալ տրամագիծ. Մոտավոր: 6 × 6 × 6 մմ) 2 բլոկ մեկ նմուշի համար 1 փորձի համար, 1 կրկնօրինակում | S3000 CDNA գրադարան | Illumina PE150 | 160k PE- ն կարդում է 100-ի համար (250 ԳԲ) | RIN> 7 |
Նմուշների պատրաստման ուղեցույցի եւ ծառայության աշխատանքային հոսքի վերաբերյալ լրացուցիչ մանրամասների համար խնդրում ենք ազատ զգալ զրուցել aBMKGene փորձագետ
Ծառայության աշխատանքի հոսքը
Նմուշի նախապատրաստման փուլում իրականացվում է RNA- ի սկզբնական մեծացման փորձաքննություն, բարձրորակ RNA հնարավոր է ձեռք բերել: Հյուսվածքների օպտիմիզացման փուլում հատվածները վիտրաժներ են եւ արտացոլված են, եւ հյուսվածքից MRNA թողարկման թափանցիկացման պայմանները օպտիմիզացված են: Օպտիմիզացված արձանագրությունն այնուհետեւ կիրառվում է գրադարանի կառուցման ընթացքում, որին հաջորդում են հաջորդականացում եւ տվյալների վերլուծություն:
Ամբողջ ծառայության աշխատանքային հոսքը ներառում է իրական ժամանակի թարմացումներ եւ հաճախորդի հաստատումներ `պատասխանատու արձագանքների հանգույցը պահպանելու համար, ապահովելով ծրագրի սահուն կատարումը:
BMKMANU S3000- ի կողմից ստեղծված տվյալները վերլուծվում են «BSTMATRIX» ծրագրային ապահովման միջոցով, որն ինքնուրույն նախագծված է BMKGene- ի կողմից, ստեղծելով բջջային մակարդակի եւ բազմաբնույթ լուծման գեների արտահայտման մատրիցա: Այնտեղից ստեղծվում է ստանդարտ զեկույց, որը ներառում է տվյալների որակի վերահսկում, ներքին նմուշների վերլուծություն եւ միջբայրների վերլուծություն:
- Տվյալների որակի վերահսկում.
- տվյալների ելք եւ որակի գնահատման բաշխում
- գենի հայտնաբերում յուրաքանչյուր տեղում
- հյուսվածքների ծածկույթ
- Ներքին նմուշի վերլուծություն.
- Գենի հարստություն
- տեղում կլաստերինգ, ներառյալ նվազեցված հարթության վերլուծությունը
- Դիֆերենցիալ արտահայտման վերլուծություն կլաստերի միջեւ. Նշող գեների նույնականացում
- ֆունկցիոնալ ծանոթագրություն եւ նշիչի գեների հարստացում
- Միջխորհրդային վերլուծություն
- կետերի վերահրապարակում երկու նմուշներից (օր., Հիվանդ եւ վերահսկող) եւ կրկին կլաստեր
- Յուրաքանչյուր կլաստերի համար ցուցիչ գեների նույնականացում
- ֆունկցիոնալ ծանոթագրություն եւ նշիչի գեների հարստացում
- խմբերի միջեւ նույն կլաստերի դիֆերենցիալ արտահայտությունը
Բացի այդ, BMKGene- ը մշակել է «BSTViewer» - ը օգտագործողի համար հարմար գործիք է, որն օգտագործողին հնարավորություն է տալիս տարբեր բանաձեւերով պատկերացնել գեների արտահայտությունը եւ տեղում կլաստերը:
BMkgene- ն առաջարկում է տարածական պրոֆիլային ծառայություններ ճշգրիտ մեկանգամյա լուծույթում (հիմնվելով բջջային բինի կամ բազմաբնակարան քառակուսի աղբարկղից `100-ից 3.5):
S3000 Slide- ի հյուսվածքային հատվածներից տարածական պրոֆիլավորող տվյալները լավ ելույթ ունեցան ինչպես ստորեւ:
Դեպքի ուսումնասիրություն 1. Մկնիկի ուղեղ
Մկնիկի ուղեղի բաժնի վերլուծություն S3000- ով հանգեցրել է 94 000 բջիջների նույնականացման, մեկ բջիջի համար 2000 գեների միջին հաջորդականությամբ: 3.5 UM- ի բարելավված լուծումը հանգեցրեց բջիջների շատ մանրամասն կլաստերի, հիմնված փոխանցման ձեւերի հիման վրա, բջիջների կլաստերներ, որոնք ընդօրինակում են ուղեղի տարբերակված կառույցները: Դա հեշտությամբ նկատվում է, պատկերելով բջիջների բաշխումը, որը կլաստավորված է որպես օլիգոդենդրոցիտներ եւ միկրոօղլիա բջիջներ, որոնք, համապատասխանաբար, տեղակայված են մոխրագույն եւ սպիտակ նյութի մեջ:
Դեպքի ուսումնասիրություն 2. Մկնիկի սաղմ
Մկնիկի սաղմնային հատվածի վերլուծություն S3000- ով `2200 000 բջիջների նույնականացմանը, միջին հաշվով մեկ բջիջի միջին հաջորդականությամբ: 3.5 UM- ի բարելավված լուծումը հանգեցրեց բջիջների շատ մանրամասն կլաստերի, հիմնվելով տարածման ձեւերի վրա, որի վրա 12 կլաստերներ աչքի տարածքում եւ ուղեղի տարածքում գտնվող 28 կլաստեր:
Ներքին նմուշների վերլուծություն Բջջային կլաստեր.
Մարկերի գեների նույնականացում եւ տարածական բաշխում.
- Բարձրագույն ենթաէլեկուլային լուծում. S3000 սայթաքում համեմատած S3000- ի յուրաքանչյուր գրավում> 4 միլիոն տարածական շտրիխիկ կետեր, 2,5 մկմ տրամագծով եւ 3,5 մկմ-ի միջեւ հեռավորության վրա, ավելի բարձր ենթատեքստային վերլուծություն (Քառակուսի աղբարկղ `3,5 մկմ):
- Բարձր գրավման արդյունավետություն. S1000 սլայդի համեմատությամբ Median_umi- ն աճում է 30% -ից մինչեւ 70%, Median_Gene- ը աճում է 30% -ից 60% -ից
S1000 չիպի սխեման.
S3000 չիպի սխեման.
