BMKMANU S1000 Տարածական տրանսկրիպտոմ
BMKMANU S1000 Տարածական տրանսկրիպտոմի տեխնիկական սխեմա
Առանձնահատկություններ
● Բանաձևը՝ 5 մկՄ
● Կետի տրամագիծը՝ 2,5 մկՄ
● Բծերի քանակը՝ մոտավորապես 2 միլիոն
● նկարահանման տարածքի 3 հնարավոր ձևաչափեր՝ 6,8 մմ * 6,8 մմ, 11 մմ * 11 մմ կամ 15 մմ * 20 մմ
● Յուրաքանչյուր շտրիխ կոդավորված բշտիկ բեռնված է 4 հատվածից կազմված այբբենարաններով.
poly(dT) պոչը mRNA պրիմինգի և cDNA սինթեզի համար
Եզակի մոլեկուլային նույնացուցիչ (UMI) ուժեղացման կողմնակալությունը շտկելու համար
Տարածական շտրիխ կոդ
Մասնակի ընթերցված 1 հաջորդականացման այբբենարանի պարտադիր հաջորդականությունը
● H&E և հատվածների լյումինեսցենտային ներկում
● Օգտագործման հնարավորությունբջիջների հատվածավորման տեխնոլոգիաH&E ներկման, լյումինեսցենտային ներկման և ՌՆԹ-ի հաջորդականության ինտեգրում՝ յուրաքանչյուր բջջի սահմանները որոշելու և յուրաքանչյուր բջջին գենային արտահայտությունը ճիշտ վերագրելու համար:
BMKMANU S1000-ի առավելությունները
●Ենթաբջջային բանաձեւՅուրաքանչյուր գրավման տարածք պարունակում էր 2,5 մկմ տրամագծով և 5 մկմ հեռավորությամբ բծերի կենտրոնների միջև ավելի քան 2 միլիոն տարածական շտրիխ կոդավորված բծեր, ինչը հնարավորություն է տալիս տարածական տրանսկրիպտոմի վերլուծություն ենթաբջջային լուծաչափով (5 մկմ):
●Բազմաստիճան լուծման վերլուծություն.Ճկուն բազմամակարդակ վերլուծություն, որը տատանվում է 100 մկմ-ից մինչև 5 մկմ՝ օպտիմալ լուծաչափով տարբեր հյուսվածքների առանձնահատկությունները լուծելու համար:
●«Երեքը մեկ սլայդում» Բջջային հատվածավորման տեխնոլոգիան օգտագործելու հնարավորություն.Համատեղելով ֆլուորեսցենտային ներկումը, H&E ներկումը և ՌՆԹ-ի հաջորդականացումը մեկ սլայդի վրա՝ մեր «երեքը մեկում» վերլուծության ալգորիթմը հնարավորություն է տալիս բջիջների սահմանների նույնականացմանը հետագա բջիջների վրա հիմնված տրանսկրիպտոմիկայի համար:
●Համատեղելի է բազմակի հաջորդականության հարթակների հետՀասանելի են և՛ NGS, և՛ երկար ընթերցված հաջորդականությունը:
●1-8 ակտիվ գրավման տարածքի ճկուն ձևավորումՆկարահանման տարածքի չափը ճկուն է, հնարավոր է օգտագործել 3 ձևաչափ (6,8 մմ * 6,8 մմ, 11 մմ * 11 մմ և 15 մմ * 20 մմ)
●Միանգամյա սպասարկումԱյն միավորում է փորձի և հմտությունների վրա հիմնված բոլոր քայլերը, ներառյալ կրիո-հատում, ներկում, հյուսվածքների օպտիմալացում, տարածական շտրիխ կոդավորում, գրադարանի պատրաստում, հաջորդականացում և կենսաինֆորմատիկա:
●Համապարփակ բիոինֆորմատիկա և արդյունքների օգտագործման համար հարմար պատկերացում.փաթեթը ներառում է 29 վերլուծություններ և 100+ բարձրորակ թվեր՝ զուգորդված ներքին մշակված ծրագրաշարի օգտագործման հետ՝ բջիջների պառակտումը և կետային կլաստերավորումը պատկերացնելու և հարմարեցնելու համար:
●Անհատականացված տվյալների վերլուծություն և պատկերացում: հասանելի է տարբեր հետազոտական հարցումների համար
●Բարձր որակավորում ունեցող տեխնիկական թիմավելի քան 250 հյուսվածքների տեսակների և 100+ տեսակների փորձով, ներառյալ մարդ, մուկ, կաթնասուն, ձուկ և բույսեր:
●Իրական ժամանակի թարմացումներ ամբողջ նախագծի վերաբերյալ: Փորձարարական առաջընթացի լիակատար վերահսկողությամբ:
●Ընտրովի համատեղ անալիզ միաբջիջ mRNA հաջորդականությամբ
Ծառայության բնութագրերը
|
Նմուշ Պահանջներ
| Գրադարան |
Հերթականության ռազմավարություն
| Առաջարկվող տվյալներ | Որակի վերահսկում |
| OCT-ում ներկառուցված կրիոյի նմուշներ, 3 բլոկ մեկ նմուշի համար | S1000 cDNA գրադարան | Illumina PE150 (այլ հարթակներ մատչելի) | 100 K PE ընթերցում 100 uM-ում (60-150 Գբ) | RIN> 7 |
Նմուշի պատրաստման ուղեցույցի և սպասարկման աշխատանքի ընթացքի վերաբերյալ լրացուցիչ մանրամասների համար խնդրում ենք ազատ զգալ զրուցել aBMKGENE փորձագետ
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Նմուշի պատրաստման փուլում կատարվում է նախնական զանգվածային ՌՆԹ-ի արդյունահանման փորձարկում՝ ապահովելու բարձրորակ ՌՆԹ-ի ստացումը: Հյուսվածքների օպտիմալացման փուլում հատվածները ներկվում և պատկերացվում են, իսկ մՌՆԹ-ի հյուսվածքից ազատվելու համար թափանցելիության պայմանները օպտիմիզացված են: Այնուհետև օպտիմիզացված արձանագրությունը կիրառվում է գրադարանի կառուցման ժամանակ, որին հաջորդում է հաջորդականությունը և տվյալների վերլուծությունը:
Ծառայությունների ամբողջական աշխատանքային հոսքը ներառում է իրական ժամանակի թարմացումներ և հաճախորդի հաստատումներ՝ արձագանքող հետադարձ կապը պահպանելու համար՝ ապահովելով նախագծի անխափան կատարումը:
BMKMANU S1000-ի կողմից ստեղծված տվյալները վերլուծվում են «BSTMatrix» ծրագրաշարի միջոցով, որն ինքնուրույն նախագծված է BMKGENE-ի կողմից՝ առաջացնելով գեների արտահայտման մատրիցա: Այնտեղից ստեղծվում է ստանդարտ հաշվետվություն, որը ներառում է տվյալների որակի վերահսկում, ներքին նմուշի վերլուծություն և միջխմբային վերլուծություն:
● Տվյալների որակի վերահսկում.
Տվյալների թողարկում և որակի գնահատականի բաշխում
Գենի հայտնաբերում յուրաքանչյուր կետում
Հյուսվածքների ծածկույթ
● Ներքին նմուշի վերլուծություն.
Գենային հարստություն
Կետերի կլաստերավորում, ներառյալ կրճատված չափերի վերլուծություն
Դիֆերենցիալ արտահայտման վերլուծություն կլաստերների միջև. մարկերային գեների նույնականացում
Մարկերային գեների ֆունկցիոնալ անոտացիա և հարստացում
● Միջխմբային վերլուծություն.
Բծերի վերամիավորում երկու նմուշներից (օրինակ՝ հիվանդ և հսկողություն), և նորից կլաստեր
Մարկերային գեների նույնականացում յուրաքանչյուր կլաստերի համար
Մարկերային գեների ֆունկցիոնալ անոտացիա և հարստացում
Խմբերի միջև նույն կլաստերի դիֆերենցիալ արտահայտությունը
Բացի այդ, BMKGENE-ը մշակել է «BSTViewer»-ը օգտատիրոջ համար հարմար գործիք է, որը թույլ է տալիս օգտատիրոջը պատկերացնել գեների արտահայտությունը և տարբեր լուծաչափերով բծերի կլաստերավորումը:
BMKGene-ը մշակել է ծրագրակազմ՝ օգտագործողի համար հարմար վիզուալիզացիայի համար
BSTViewer կետերի կլաստերավորում բազմաստիճան լուծաչափով
BSTCellViewer. բջիջների ավտոմատ և ձեռքով բաժանում
Ներքին նմուշի վերլուծություն
Կետերի կլաստերավորում.
Մարկերային գեների նույնականացում և տարածական բաշխում.
Միջխմբային վերլուծություն
Տվյալների համակցություն երկու խմբերից և վերակլաստերից.
Նոր կլաստերների մարկերային գեներ.
Բացահայտեք BMKGene-ի տարածական տրանսկրիպտոմիկայի ծառայությունների առաջխաղացումները BMKManu S1000 տեխնոլոգիայով այս հատկանշական հրապարակման մեջ.
Song, X. et al. (2023) «Տարածական տրանսկրիպտոմիկան բացահայտում է լույսի ազդեցությամբ առաջացած քլորենխիմայի բջիջները, որոնք ներգրավված են լոլիկի կոշտուկի մեջ ընձյուղների վերածնման խթանմանը»,Ամերիկայի Միացյալ Նահանգների Գիտությունների ազգային ակադեմիայի նյութեր, 120(38), էջ. e2310163120. doi՝ 10.1073/pnas.2310163120
Դուք, Y. et al. (2023) «Հաջորդականության վրա հիմնված տարածական տրանսկրիպտոմիկ մեթոդների համակարգված համեմատություն»,bioRxiv, էջ 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
