De novo բակտերիալ գենոմի հավաքում
Մենք տրամադրում ենք բակտերիալ գենոմի հավաքման ամբողջական ծառայություն՝ երաշխավորելով 0 բացթողումներ: Դա հնարավոր է ինտեգրելով երկար ընթերցված հաջորդականության տեխնոլոգիաները, ինչպիսիք են Nanopore-ը և PacBio-ն հավաքման համար և կարճ ընթերցման հաջորդականությունը Illumina-ի հետ՝ հավաքման վավերացման և ONT ընթերցումների սխալների ուղղման համար: Մեր ծառայությունն ապահովում է բիոինֆորմատիկ աշխատանքի ամբողջական ընթացքը հավաքումից, ֆունկցիոնալ ծանոթագրությունից և առաջադեմ բիոինֆորմատիկական վերլուծությունից՝ կատարելով հատուկ հետազոտական նպատակներ: Այս ծառայությունը հնարավորություն է տալիս մշակել ճշգրիտ հղումային գենոմներ տարբեր գենետիկական և գենոմային հետազոտությունների համար: Բացի այդ, այն հիմք է հանդիսանում այնպիսի ծրագրերի համար, ինչպիսիք են շտամների օպտիմալացումը, գենետիկական ճարտարագիտությունը և մանրէաբանական տեխնոլոգիաների զարգացումը, ապահովելով գենոմային հուսալի և բացթողումներ, որոնք կարևոր նշանակություն ունեն գիտական պատկերացումների և կենսատեխնոլոգիական նորարարության առաջխաղացման համար:
Ծառայության առանձնահատկությունները
● Երկու հնարավոր տարբերակներով՝ կախված գենոմի ամբողջականության ցանկալի աստիճանից:
● Սևագիր գենոմի տարբերակ. Կարճ ընթերցման հաջորդականություն Illumina NovaSeq PE150-ով:
● Լրացրեք 0 բաց գենոմը:
● Երկար ընթերցված հաջորդականություն Nanopore PromethION 48 կամ PacBio Revio-ում գենոմի հավաքման համար:
● Կարճ ընթերցում Illumina NovaSeq-ի հաջորդականությունը՝ գենոմի վավերացման և սխալի ուղղման համար (Nanopore) կամ գենոմի նախագիծ ստեղծելու համար:
Ծառայության առավելությունները
●Գենոմի զրոյական բացը երաշխավորված էՍա պայմանավորված է Illumina-ի հաջորդականության ինտեգրմամբ երկար ընթերցման հաջորդականությամբ (Nanopore կամ PacBio):
●Կենսաինֆորմատիկայի ամբողջական ընթացքը.Սա ներառում է գենոմի հավաքում և բազմաթիվ գենոմային տարրերի կանխատեսում, ֆունկցիոնալ գենի անոտացիա և գենոմի վիզուալիզացիա, ինչպիսին է Circos-ի սյուժեն:
●Ընդարձակ փորձաքննությունՀավաքված ավելի քան 20,000 մանրէաբանական գենոմներով, BMKGENE-ն բերում է ավելի քան մեկ տասնամյակի փորձ, բարձր հմուտ վերլուծական թիմ, համապարփակ բովանդակություն և գերազանց հետվաճառքային աջակցություն:
●Վաճառքից հետո աջակցություն.Մեր պարտավորությունը տարածվում է ծրագրի ավարտից դուրս՝ վաճառքից հետո սպասարկման 3 ամիս ժամկետով: Այս ընթացքում մենք առաջարկում ենք ծրագրի հետևում, անսարքությունների վերացման օգնություն և հարցուպատասխանի նիստեր՝ արդյունքների հետ կապված ցանկացած հարցում լուծելու համար:
●Հասանելի են բազմակի հաջորդականության ռազմավարություններ.Գենոմի ամբողջականության տարբեր հետազոտական նպատակների և պահանջների համար:
Ծառայության բնութագրերը
| Ծառայություն | Հաջորդականության ռազմավարություն |
| Գենոմի նախագիծ | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genome | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (ըստ ցանկության) |
Նմուշի պահանջներ.
| Համակենտրոնացում (նգ/մլ) | Ընդհանուր քանակություն (մկգ) | Ծավալը (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Նանոպոր | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1,0-3,0 |
| Իլյումինա | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· Բակտերիաներ՝ ≥3.5x1010 բջիջները
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Նմուշի առաքում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
Ներառում է հետևյալ վերլուծությունը.
● Տվյալների հաջորդականության որակի վերահսկում
● Գենոմի ժողով
● Գենոմի բաղադրիչների վերլուծություն. CDS-ի և բազմաթիվ գենոմային տարրերի կանխատեսում
● Ֆունկցիոնալ անոտացիա մի քանի ընդհանուր տվյալների բազաներով (GO, KEGG և այլն) և առաջադեմ տվյալների բազաներով (CARD, VFDB և այլն)
● Գենոմի վիզուալիզացիա
Մենք տրամադրում ենք գենոմը արագ հասանելի ձևաչափով և գենոմի անոտացիայի ֆայլով (gff):
Գենային անոտացիա – GO
Գենի անոտացիա – CAZY ածխաջրեր
Գենոմի վիզուալիզացիա – Կիրկոսի սյուժեն
Բացահայտեք BMKGene-ի բակտերիալ գենոմի հավաքման ծառայությունների առաջխաղացումները՝ հրատարակությունների համադրված հավաքածուի միջոցով:
Dai, W. et al. (2023) «Bacteroides uniformis F18-22-ի հայտնաբերումը որպես անվտանգ և նոր պրոբիոտիկ բակտերիա՝ առողջ մարդու հաստ աղիքից խոցային կոլիտի բուժման համար»,Մոլեկուլային գիտությունների միջազգային հանդես, 24(19), էջ. 14669. doi՝ 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) «Բազմադեղակայուն Proteus mirabilis մեկուսացում, որը կրում է blaOXA-1 և blaNDM-1 Չինաստանի վայրի բնությունից. հանրային առողջության ռիսկի բարձրացում»,Ինտեգրատիվ կենդանաբանություն, 16 (6), էջ 798–809։ doi: 10.1111/1749-4877.12510:
Wang, TT et al. (2017) «Էնդոֆիտ Bacillus flexus KLBMP 4941-ի ամբողջական գենոմային հաջորդականությունը բացահայտում է նրա բույսերի աճի խթանման մեխանիզմը և աղի հանդուրժողականության գենետիկ հիմքը»,Կենսատեխնոլոգիայի ամսագիր, 260, էջ 38–41։ doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) «Klebsiella-ի բազմակի ռեպլիկոնային դիմադրողականության պլազմիդները միջնորդում են հակամանրէային գեների ընդարձակ տարածումը»,Սահմանները մանրէաբանության մեջ, 12, էջ. 754931. doi՝ 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX:
