16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Ծառայության առանձնահատկությունները
● Հերթականացման հարթակ՝ PacBio Revio
● Հերթականության ռեժիմ՝ CCS (HiFi կարդում է)
● Թիրախային շրջանի ուժեղացում, որին հաջորդում է ամպլիկոնների տանդեմային կապը մինչև HiFi SMRT զանգի գրադարանի պատրաստումը
Ծառայության առավելությունները
●Ավելի բարձր տաքսոնոմիական լուծում՝ Տhan կարճ ամպլիկոնային հաջորդականություն,հնարավորություն տալով OTU դասակարգման ավելի բարձր ցուցանիշներ տեսակների մակարդակում:
●Բարձր ճշգրիտ բազային զանգերPacBio CCS ռեժիմի հաջորդականություն (HiFi-ը կարդում է):
●Առանց մեկուսացմանՇրջակա միջավայրի նմուշներում մանրէաբանական կազմի արագ նույնականացում:
●Լայնորեն կիրառելիՏարբեր մանրէաբանական համայնքի ուսումնասիրություններ:
●Համապարփակ բիոինֆորմատիկական վերլուծությունQIIME2 վերջին փաթեթը (մանրէաբանական էկոլոգիայի քանակական պատկերացում)՝ տվյալների բազայի, անոտացիայի, OTU/ASV-ի տարբեր վերլուծություններով:
●Ընդարձակ փորձաքննությունՏարեկան իրականացվող ամպլիկոնների հաջորդականության հազարավոր նախագծերով BMKGENE-ն բերում է ավելի քան մեկ տասնամյակի փորձ, բարձր հմուտ վերլուծական թիմ, համապարփակ բովանդակություն և գերազանց հետվաճառքային աջակցություն:
Ծառայության բնութագրերը
| Գրադարան | Հաջորդականության ռազմավարություն | Առաջարկվող տվյալներ |
| Ամպլիկոն | PacBio Revio | 10/30/50 K թեգեր (CCS) |
Նմուշի պահանջներ
| Համակենտրոնացում (նգ/մլ) | Ընդհանուր քանակություն (մկգ) | Ծավալը (µL) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥20 |
Առաջարկվող նմուշի առաքում
Նմուշները սառեցրեք հեղուկ ազոտի մեջ 3-4 ժամ և պահեք հեղուկ ազոտում կամ -80 աստիճանով մինչև երկարաժամկետ պահպանում: Պահանջվում է նմուշի առաքում չոր սառույցով:
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Նմուշի առաքում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
Ներառում է հետևյալ վերլուծությունը.
●Հում տվյալների որակի վերահսկում
●OTU կլաստերավորում/աղմկազերծում (ASV)
●OTU անոտացիա
●Ալֆա բազմազանության վերլուծություն. բազմաթիվ ինդեքսներ, այդ թվում՝ Շենոն, Սիմփսոն և ACE:
●Բետա բազմազանության վերլուծություն
●Միջխմբային վերլուծություն
●Կոռելյացիոն վերլուծություն. շրջակա միջավայրի գործոնների և OUT կազմի և բազմազանության միջև
●16S ֆունկցիոնալ գենի կանխատեսում
Տաքսոնոմիական բաշխման հիստոգրամ
Համայնքային բաշխման ֆիլոգենետիկ ծառ
Ալֆա բազմազանության վերլուծություն. ACE
ցուցանիշը
Բետա բազմազանության վերլուծություն. PCoA
Միջխմբային վերլուծություն՝ ANOVA
Բացահայտեք առաջխաղացումները, որոնք նպաստում են BMKGene-ի ամպլիկոնների հաջորդականացման ծառայությունները PacBio-ի հետ՝ հրատարակությունների համադրված հավաքածուի միջոցով:
Gao, X. and Wang, H. (2023) «Ռոմենի բակտերիալ պրոֆիլների և գործառույթների համեմատական վերլուծություն տարբեր ֆենոլոգիայի նկատմամբ հարմարվողականության ժամանակ (Գրին ընդդեմ խոտածածկ) ալպիական մերինո ոչխարների մեջ, երկու աճող փուլերով ալպիական մարգագետնում», խմորում, 9 ( 1), էջ. 16. doi՝ 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. et al. (2023) «Մանրէաբանական մութ նյութի գրավում անապատային հողերում՝ օգտագործելով կուլտուրոմիկայի վրա հիմնված մետագենոմիկա և բարձր լուծաչափի վերլուծություն», npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), էջ 1–14: doi՝ 10.1038/s41522-023-00439-8:
Mu, L. et al. (2022) «Ճարպաթթուների աղերի ազդեցությունը ֆերմենտացման բնութագրերի, մանրէների բազմազանության և խառը սիլոսի աերոբ կայունության վրա, պատրաստված առվույտով, բրնձի ծղոտով և ցորենի թեփով», Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), էջ 1475– 1487 թ. doi՝ 10.1002/JSFA.11482:
Yang, J. et al. (2023) «Օքսիդատիվ սթրեսի կենսամարկերների և աղիքների միկրոբիոտայի փոխազդեցությունը Sonchus brachyotus DC-ի էքստրակտների հակաօքսիդանտ ազդեցություններում: Օքսազոլոնից առաջացած աղիքային օքսիդատիվ սթրես չափահաս զեբրաձկան մեջ, հակաօքսիդանտներ 2023, հատ. 12, Էջ 192, 12(1), էջ 192: 192. doi՝ 10.3390/ANTIOX12010192:
