16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Ծառայության առանձնահատկությունները
● Հերթականացման հարթակ՝ Illumina NovaSeq:
● 16S, 18S և ITS կարճ շրջանների ուժեղացում, ի թիվս այլ ուժեղացման թիրախների:
● Ամպլիկոնի ճկուն ընտրություն:
● Նախորդ ծրագրի փորձը մի քանի ուժեղացման թիրախներով:
Ծառայության առավելությունները
●Առանց մեկուսացման.Շրջակա միջավայրի նմուշներում մանրէաբանական կազմի արագ նույնականացում:
●Բարձր լուծաչափԲնապահպանական նմուշների ցածր առատ բաղադրիչներում:
●Լայն ԿիրառելիՏարբեր մանրէաբանական համայնքի ուսումնասիրություններ:
●Համապարփակ բիոինֆորմատիկական վերլուծությունQIIME2 վերջին փաթեթը (մանրէաբանական էկոլոգիայի քանակական պատկերացում)՝ տվյալների բազայի, անոտացիայի, OTU/ASV-ի տարբեր վերլուծություններով:
●Ընդարձակ փորձաքննությունՏարեկան իրականացվող 150 հազար ամպլիկոնների հաջորդականության նախագծերով BMKGENE-ն բերում է ավելի քան մեկ տասնամյակի փորձ, բարձր հմուտ վերլուծական թիմ, համապարփակ բովանդակություն և գերազանց հետվաճառքային աջակցություն:
Ծառայության բնութագրերը
| Գրադարան | Հաջորդականության ռազմավարություն | Առաջարկվող տվյալներ |
| Ամպլիկոն | Illumina PE250 | 50/100/300K պիտակներ (Կարդալ զույգեր) |
Ծառայության պահանջներ
| Համակենտրոնացում (նգ/մլ) | Ընդհանուր գումարը (նգ) | Ծավալը (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Հող/տիղմ՝ 1-2գ
● Աղիքային պարունակություն-կենդանական՝ 0,5-2գ
● Աղիքային պարունակություն-միջատ՝ 0,1-0,25գ
● Բույսի մակերեսը (հարստացված նստվածք)՝ 0,1-0,5գ
● Խմորման արգանակի հարստացված նստվածք՝ 0,1-0,5գ
● Կղանք (մեծ կենդանիներ)՝ 0,5-2գ
● Կղանք (մուկ)՝ 3-5 հատիկ
● Թոքային ալվեոլային լվացման հեղուկ՝ ֆիլտրի թուղթ
● Հեշտոցային շվաբր՝ 5-6 շվաբր
● Մաշկի/սեռական օրգանների շվաբր/թք/բերանի փափուկ հյուսվածք/ֆարինգեալ շվաբր/ռեկտալ շվաբր՝ 2-3 շվաբր
● Մակերեւութային միկրոօրգանիզմներ՝ զտիչ թուղթ
● Ջրային մարմին/օդ/կենսաֆիլմ՝ զտիչ թուղթ
● Էնդոֆիտներ՝ 1-2գ
● Ատամների ափսե՝ 0,5-1գ
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Նմուշի առաքում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
Ներառում է հետևյալ վերլուծությունը.
- Հում տվյալների որակի վերահսկում
- OTU կլաստերավորում /Անաղմուկ (ASV)
- OTU անոտացիա
- Ալֆա բազմազանության վերլուծություն. բազմաթիվ ինդեքսներ, ներառյալ Շենոնը, Սիմփսոնը և ACE-ը:
- Բետա բազմազանության վերլուծություն
- Միջխմբային վերլուծություն
- Հարաբերակցության վերլուծություն. շրջակա միջավայրի գործոնների և OUT կազմի և բազմազանության միջև
- 16S ֆունկցիոնալ գենի կանխատեսում
Տաքսոնոմիական բաշխման հիստոգրամ
տաքսոնոմիկ առատության կլաստերավորման ջերմային քարտեզ
Ալֆա բազմազանության վերլուծություն. հազվադեպության կոր
բետա բազմազանության վերլուծություն. NMDS
Միջխմբային վերլուծություն. LEFSE բիոմարկերի հայտնաբերում
Ուսումնասիրեք առաջխաղացումները, որոնք նպաստում են BMKGene-ի ամպլիկոնների հաջորդականացման ծառայությունները Illumina-ի հետ՝ հրատարակությունների համադրված հավաքածուի միջոցով:
Dong, C. et al. (2022) «Հավաքում, առանցքային միկրոբիոտա և ռիզոսֆերային հողի և կեղևի միկրոբիոտայի գործառույթը Eucommia ulmoides-ում», Սահմաններ մանրէաբանության մեջ, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/F
Li, Y. et al. (2023) «Սինթետիկ բակտերիալ կոնսորցիումների փոխպատվաստում մկների մեջ Gardnerella vaginalis-ի կողմից առաջացած բակտերիալ վագինոզի բուժման համար», Microbiome, 11 (1), էջ 1–14: doi՝ 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. and Liu, H. (2022) «Օդային փոշու միկրոբիոմներ, որոնք հավաքվել են ցամաքային փակ կենսագեներատիվ կյանքի պահպանման փորձի ժամանակ «Lunar Palace 365», Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20։ doi՝ 10.1186/S40793-022-00399-0/ՖԻԳՈՒՐԵՐ/8:
Yin, S. et al. (2022) «Կոմպոստացման ժամանակ ազոտի փոխակերպման վերահսկվող ազոտի կորստի հետ կապված ֆունկցիոնալ գեների հումքից կախված առատություն», Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
