10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Տեխնիկական սխեման
Առանձնահատկություններ
● Բանաձև՝ 100 մկՄ
● Կետի տրամագիծը՝ 55 մկՄ
● Բծերի քանակը՝ 4992
● Նկարահանման տարածքը՝ 6,5 x 6,5 մմ
● Յուրաքանչյուր շտրիխ կոդավորված կետ բեռնված է 4 հատվածից կազմված այբբենարաններով.
- պոլի(dT) պոչ՝ mRNA պրիմինգի և cDNA սինթեզի համար
- Եզակի մոլեկուլային նույնացուցիչ (UMI) ուժեղացման կողմնակալությունը շտկելու համար
- Տարածական շտրիխ կոդ
- Մասնակի ընթերցված 1 հաջորդականացման այբբենարանի պարտադիր հաջորդականությունը
● հատվածների H&E ներկում
Առավելությունները
●Միանգամյա սպասարկումինտեգրում է փորձի և հմտությունների վրա հիմնված բոլոր քայլերը, ներառյալ կրիո-հատումը, ներկումը, հյուսվածքների օպտիմալացումը, տարածական շտրիխ կոդավորումը, գրադարանի պատրաստումը, հաջորդականությունը և կենսաինֆորմատիկան:
● Բարձր որակավորում ունեցող տեխնիկական թիմավելի քան 250 հյուսվածքների տեսակների և 100+ տեսակների փորձով, ներառյալ մարդ, մուկ, կաթնասուն, ձուկ և բույսեր:
●Իրական ժամանակի թարմացում ամբողջ նախագծի վերաբերյալՓորձարարական առաջընթացի լիակատար վերահսկողությամբ:
●Համապարփակ ստանդարտ կենսաինֆորմատիկա.փաթեթը ներառում է 29 անալիզ և 100+ բարձրորակ թվեր:
●Անհատականացված տվյալների վերլուծություն և պատկերացումհասանելի է տարբեր հետազոտական հարցումների համար:
●Ընտրովի համատեղ անալիզ միաբջիջ mRNA հաջորդականությամբ
Տեխնիկական պայմաններ
| Նմուշի պահանջներ | Գրադարան | Հերթականության ռազմավարություն | Առաջարկվող տվյալներ | Որակի վերահսկում |
| OCT-ում ներկառուցված կրիոյի նմուշներ (Օպտիմալ տրամագիծը՝ մոտավորապես 6x6x6 մմ³) 2 բլոկ մեկ նմուշի համար | 10X Visium cDNA գրադարան | Illumina PE150 | 50K PE ընթերցում մեկ տեղում (60 Գբ) | RIN > 7 |
Նմուշի պատրաստման ուղեցույցի և սպասարկման աշխատանքի ընթացքի վերաբերյալ լրացուցիչ մանրամասների համար խնդրում ենք ազատ զգալ զրուցել aBMKGENE փորձագետ
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Նմուշի պատրաստման փուլում կատարվում է նախնական զանգվածային ՌՆԹ-ի արդյունահանման փորձարկում՝ ապահովելու բարձրորակ ՌՆԹ-ի ստացումը: Հյուսվածքների օպտիմալացման փուլում հատվածները ներկվում և պատկերացվում են, իսկ մՌՆԹ-ի հյուսվածքից ազատվելու համար թափանցելիության պայմանները օպտիմիզացված են: Այնուհետև օպտիմիզացված արձանագրությունը կիրառվում է գրադարանի կառուցման ժամանակ, որին հաջորդում է հաջորդականությունը և տվյալների վերլուծությունը:
Ծառայությունների ամբողջական աշխատանքային հոսքը ներառում է իրական ժամանակի թարմացումներ և հաճախորդի հաստատումներ՝ արձագանքող հետադարձ կապը պահպանելու համար՝ ապահովելով նախագծի անխափան կատարումը:
Ներառում է հետևյալ վերլուծությունը.
Տվյալների որակի վերահսկում.
o Տվյալների թողարկում և որակի գնահատականի բաշխում
o Գենի հայտնաբերում յուրաքանչյուր կետում
o Հյուսվածքների ծածկույթ
Ներքին նմուշի վերլուծություն.
o Գենային հարստություն
o Կետերի կլաստերավորում, ներառյալ կրճատված չափերի վերլուծություն
o Դիֆերենցիալ արտահայտման վերլուծություն կլաստերների միջև. մարկերային գեների նույնականացում
o Մարկերային գեների ֆունկցիոնալ անոտացիա և հարստացում
Միջխմբային վերլուծություն
o Բծերի վերամիավորում երկու նմուշներից (օրինակ՝ հիվանդ և վերահսկվող) և նորից կլաստերից
o Մարկերային գեների նույնականացում յուրաքանչյուր կլաստերի համար
o Մարկերային գեների ֆունկցիոնալ անոտացիա և հարստացում
o Խմբերի միջև նույն կլաստերի դիֆերենցիալ արտահայտությունը
Ներքին նմուշի վերլուծություն
Կետերի կլաստերավորում
Մարկերային գեների նույնականացում և տարածական բաշխում
Միջխմբային վերլուծություն
Տվյալների համակցություն երկու խմբերից և նորից կլաստեր
Նոր կլաստերների մարկերային գեներ
Բացահայտեք BMKGene-ի տարածական տրանսկրիպտոմիկայի ծառայության առաջխաղացումները 10X Visium-ի կողմից այս ցուցադրված հրապարակումներում.
Chen, D. et al. (2023) «mthl1՝ կաթնասունների կպչուն GPCR-ների Drosophila-ի պոտենցիալ հոմոլոգը, ներգրավված է ճանճերի մեջ ներարկված օնկոգեն բջիջների հակաուռուցքային ռեակցիաներում»,Ամերիկայի Միացյալ Նահանգների Գիտությունների ազգային ակադեմիայի նյութեր, 120(30), էջ. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) «STEEL-ը հնարավորություն է տալիս բարձր լուծաչափով սահմանազատել տարածական ժամանակային տրանսկրիպտոմիկ տվյալները»,Ճեպազրույցներ բիոինֆորմատիկայում, 24 (2), էջ 1–10։ doi՝ 10.1093/BIB/BBAD068:
Liu, C. et al. (2022) «Օրգանոգենեզի տարածական ժամանակային ատլաս խոլորձի ծաղիկների զարգացման մեջ»,Նուկլեինաթթուների հետազոտություն, 50 (17), էջ 9724–9737։ doi՝ 10.1093/NAR/GKAC773:
Wang, J. et al. (2023) «Տարածական տրանսկրիպտոմիկայի և մեկ միջուկի ՌՆԹ-ի հաջորդականության ինտեգրումը բացահայտում է արգանդի լեյոմիոմայի պոտենցիալ թերապևտիկ ռազմավարությունները»,Կենսաբանական գիտությունների միջազգային հանդես, 19 (8), էջ 2515–2530։ doi՝ 10.7150/IJBS.83510:
