Kis RNS Sequencing-Illumina
Jellemzők
● A könyvtár előkészítése tartalmaz egy méretválasztási lépést
● Bioinformatikai elemzés a miRNS előrejelzésére és célpontjaira összpontosítva
Szolgáltatás előnyei
●Átfogó bioinformatikai elemzés:Lehetővé teszi az ismert és az új miRNS-ek azonosítását, a miRNS-célpontok azonosítását, valamint a megfelelő funkcionális annotációt és gazdagítást több adatbázissal (KEGG, GO)
●Szigorú minőségellenőrzés: Az alapvető ellenőrzési pontokat minden szakaszban megvalósítjuk, a minta- és könyvtár-előkészítéstől a szekvenálásig és a bioinformatikáig. Ez az aprólékos ellenőrzés biztosítja a folyamatosan jó minőségű eredményeket.
●Értékesítés utáni támogatás: Elkötelezettségünk túlmutat a projekt befejezésén, 3 hónapos értékesítés utáni szolgáltatási időszakkal. Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdés-feleleteket kínálunk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolásához.
●Széleskörű Szakértelem: A különböző kutatási területeken több mint 300 fajt lefedő, több sRNS-projekt sikeres lezárásáról szóló múlttal rendelkező csapatunk rengeteg tapasztalatot hoz minden projektbe.
Mintakövetelmények és szállítás
| Könyvtár | Platform | Ajánlott adatok | Adatok minőségellenőrzése |
| Méret kiválasztva | Illumina SE50 | 10M-20M olvasás | Q30≥85% |
Mintakövetelmények:
Nukleotidok:
| Konc. (ng/μl) | Mennyiség (μg) | Tisztaság | Integritás |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott fehérje- vagy DNS-szennyeződés látható, vagy nincs. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonali emelkedés |
● Növények:
Gyökér, szár vagy szirom: 450 mg
Levél vagy mag: 300 mg
Gyümölcs: 1,2 g
● Állat:
Szív vagy bél: 450 mg
Zsigerek vagy agy: 240 mg
Izom: 600 mg
Csontok, haj vagy bőr: 1,5 g
● Ízeltlábúak:
Rovarok: 9g
Rákfélék: 450 mg
● Teljes vér: 2 cső
● Cellák: 106 sejteket
● Szérum és plazma:6 ml
Javasolt mintaszállítás
Tartály: 2 ml-es centrifugacső (ón fólia nem ajánlott)
Mintacímkézés: Csoport+másolat pl. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Szállítás:
1. Szárazjég: A mintákat zsákokba kell csomagolni, és szárazjégbe kell temetni.
2. RNS-stabil csövek: Az RNS-minták RNS-stabilizáló csőben (pl. RNAstable®) száríthatók és szobahőmérsékleten szállíthatók.
Szerviz munkafolyamat
Kísérleti tervezés
Mintaszállítás
RNS extrakció
Könyvtárépítés
Sorrendezés
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
Bioinformatika
● Nyers adatok minőségének ellenőrzése
● sRNS osztályozás
● Referenciagenomhoz igazítás
● Ismert és újszerű miRNS azonosítása
● Differenciális miRNS expressziós analízis
● A miRNS célpontok funkcionális annotációja
A miRNS azonosítása: szerkezet és mélység
A miRNS differenciális expressziója – hiearchikus klaszterezés
A differenciálisan expresszált miRNS-ek célpontjának funkcionális annotációja
Fedezze fel a BMKGene sRNS-szekvenálási szolgáltatásai által elősegített kutatási eredményeket egy válogatott publikációgyűjtemény segítségével.
Chen, H. et al. (2023) „A vírusfertőzések gátolják a szaponin bioszintézist és a fotoszintézist a Panax notoginsengben”, Plant Physiology and Biochemistry, 203, p. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) „A növényi FYVE domént tartalmazó FREE1 fehérje mikroprocesszor-komponensekkel társul, hogy elnyomja a miRNS biogenezist” – írja az EMBO, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) „A MicroRNA Ame-Bantam-3p szabályozza a lárva bábfejlődését azáltal, hogy megcélozza a többszörös epidermális növekedési faktor-szerű 8 gént (megf8) a mézelő méhben, Apis mellifera”, International Journal of Molecular Sciences, 24(6), p. . 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) „A húsminőséggel összefüggő MiRNS és gének integrált elemzése feltárja, hogy a Gga-MiR-140-5p befolyásolja az intramuszkuláris zsírlerakódást csirkékben”, Cellular Physiology and Biochemistry, 46(6), 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
