Prokarióta RNS -szekvenálás
Jellemzők
● Az RNS -minta feldolgozása az rRNS -kimerülést, majd az RNS könyvtári előkészítést követi.
● Bioinformatikus elemzés a referencia genomhoz való igazításon alapul
● Az elemzés magában foglalja a génexpressziót és a DEG -ket, de a transzkripciós szerkezetet és az SRNS -analízist is
Szolgáltatási előnyök
●Szigorú minőség -ellenőrzés: Az alapvető vezérlési pontokat minden szakaszban, a minta- és könyvtári előkészítéstől a szekvenálásig és a bioinformatikáig valósítjuk meg. Ez a aprólékos megfigyelés biztosítja a következetesen jó minőségű eredmények szállítását.
●Szál-specifikus szekvenálási adatok: Mivel az RNS könyvtár előkészítése irányba, lehetővé téve az anti-érzéki átiratok azonosítását.
●A prokarióta transzkriptómákhoz igazított teljes elemzés: A bioinformatikus csővezeték nemcsak a génexpresszió elemzését, hanem a transzkripció szerkezetének elemzését is magában foglalja, beleértve az operonok, az UTR -ek és a promóterek azonosítását is. Ez magában foglalja az SRNS -ek elemzését is, nevezetesen a másodlagos szerkezet és a célok előrejelzését.
●Az értékesítés utáni támogatás: Elkötelezettségünk a projekt befejezésén túlmutat, egy 3 hónapos értékesítés utáni szolgáltatási periódussal. Ez idő alatt a projekt nyomon követését, hibaelhárítási támogatást és Q & A üléseket kínálunk az eredményekkel kapcsolatos kérdések kezelésére.
Minta követelmények és szállítási követelmények
| Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Az ajánlott adatok | Minőség -ellenőrzés |
| rRNS kimerült irányú könyvtár | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30 ≥85% |
Minta követelmények:
| Conc. (Ng/μL) | Összeg (μg) | Tisztaság | Integritás |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,8-2,0 OD260/230 = 1,0-2,5 Korlátozott vagy egyáltalán nem látható fehérje vagy DNS -szennyeződés a gélen. | Rin≥6.5 |
Ajánlott minta szállítás
Tartály: 2 ml centrifuga cső (az ónfólia nem ajánlott)
Minta címkézés: Csoport+replikáció EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Szállítás:
1. Száraz jég: A mintákat zsákokba kell csomagolni és száraz jégbe temetni.
2.
Szolgáltatási munka folyamat
Minta szállítás
Könyvtári felépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
Bioinformatikai elemzés munkafolyamat
Tartalmazza a következő elemzést:
● Nyers adatminőség -ellenőrzés
● Összehangolás a referencia -genomhoz
● Könyvtári minőség -értékelés: RNS fragmentáció véletlenszerűsége, betétméret és szekvenálási telítettség
● Az előrejelzett kódoló gének funkcionális kommentálása
● Expressziós elemzés: Korreláció és főkomponens -elemzés (PCA)
● Differenciális gén expresszió (DEG)
● A DEG -k funkcionális kommentálása és dúsítása
● SRNS elemzés: előrejelzés, kommentár, cél és másodlagos szerkezet előrejelzése
● Transcript szerkezet elemzése: operonok, kezdő és befejező pozíciók, nem transzlált régió (UTS), promoter és SNP/Indel elemzés
Telítettség szekvenálása
A kódoló gének funkcionális megjegyzése
A minták közötti összefüggés
Differenciális expresszált gének (DEG) elemzés
Funkcionális dúsítási elemzés
SRNA kommentár
Fedezze fel a Bmkgene Nanopore teljes hosszúságú mRNS szekvenálási szolgáltatásai által elősegített előrelépéseket ebben a kiemelt kiadványban.
Guan, CP et al. (2018) „A biofilm-formájú Staphylococcus epidermidis globális transzkriptom-változásai, amelyek reagálnak a Sophorea alopecuroides összes alkaloidjára”,Lengyel Journal of Microbiology, 67 (2), p. 223. doi: 10.21307/pJM-2018-024.
