-
Egymagvú RNS szekvenálás
Az egysejtű befogási és egyedi könyvtárépítési technikák fejlesztése nagy áteresztőképességű szekvenálással párosulva forradalmasította a sejtszintű génexpressziós vizsgálatokat. Ez az áttörés lehetővé teszi az összetett sejtpopulációk mélyebb és átfogóbb elemzését, leküzdve a génexpresszió átlagolásával kapcsolatos korlátokat az összes sejtre vonatkozóan, és megőrizve a valódi heterogenitást ezeken a populációkon belül. Míg az egysejtű RNS-szekvenálás (scRNA-seq) tagadhatatlan előnyökkel jár, bizonyos szövetekben kihívásokba ütközik, ahol az egysejtű szuszpenzió létrehozása nehéznek bizonyul, és friss mintákra van szükség. A BMKGene-nél ezt az akadályt az egymagos RNS-szekvenálás (snRNA-seq) kínálásával oldjuk meg a legmodernebb 10X Genomics Chromium technológia segítségével. Ez a megközelítés kiszélesíti azoknak a mintáknak a spektrumát, amelyek egysejtszintű transzkriptomanalízisre alkalmasak.
A magok izolálása az innovatív 10X Genomics Chromium chipen keresztül valósul meg, amely nyolccsatornás mikrofluidikai rendszerrel rendelkezik kettős keresztezésekkel. Ezen a rendszeren belül a vonalkódokat, primereket, enzimeket és egyetlen magot tartalmazó gélgyöngyöket nanoliteres olajcseppekbe kapszulázzák, és így képződik a Gel Bead-in-Emulsion (GEM). A GEM képződését követően minden GEM-en belül sejtlízis és vonalkód felszabadulás következik be. Ezt követően az mRNS-molekulák reverz transzkripción mennek keresztül cDNS-ekké, amelyek 10-szeres vonalkódokat és egyedi molekuláris azonosítókat (UMIs) tartalmaznak. Ezeket a cDNS-eket ezután standard szekvenáló könyvtár felépítésnek vetik alá, ami megkönnyíti a génexpressziós profilok robusztus és átfogó feltárását egysejtszinten.
Platform: 10× Genomics Chromium és Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
A térbeli transzkriptomika egy élvonalbeli technológia, amely lehetővé teszi a kutatók számára, hogy a szöveteken belüli génexpressziós mintázatokat vizsgálják, miközben megőrzik térbeli kontextusukat. Ebben a tartományban az egyik hatékony platform a 10x Genomics Visium Illumina szekvenálással párosítva. A 10X Visium elve egy speciális chipen rejlik, amely egy kijelölt rögzítési területtel rendelkezik, ahová a szövetmetszetek kerülnek. Ez a rögzítési terület vonalkódos foltokat tartalmaz, amelyek mindegyike a szöveten belüli egyedi térbeli helynek felel meg. A szövetből befogott RNS-molekulákat ezután egyedi molekuláris azonosítókkal (UMI-k) jelölik a reverz transzkripciós folyamat során. Ezek a vonalkódos foltok és UMI-k lehetővé teszik a génexpresszió pontos térbeli feltérképezését és mennyiségi meghatározását egysejt felbontásban. A térben vonalkódolt minták és UMI-k kombinációja biztosítja a generált adatok pontosságát és specifikusságát. A Spatial Transcriptomics technológia használatával a kutatók mélyebben megérthetik a sejtek térbeli szerveződését és a szövetekben fellépő komplex molekuláris kölcsönhatásokat, felbecsülhetetlen értékű betekintést nyújtva a biológiai folyamatok mögött meghúzódó mechanizmusokba számos területen, beleértve az onkológiát, idegtudományt, fejlődésbiológiát, immunológiát. és botanikai tanulmányok.
Platform: 10X Genomics Visium és Illumina NovaSeq
-
Teljes hosszúságú mRNS szekvenálás - nanopórus
Míg az NGS-alapú mRNS-szekvenálás sokoldalú eszköz a génexpresszió számszerűsítésére, a rövid leolvasásokra való támaszkodása korlátozza a hatékonyságát a komplex transzkriptomikai elemzésekben. Másrészt a nanopórusos szekvenálás hosszú leolvasási technológiát alkalmaz, amely lehetővé teszi a teljes hosszúságú mRNS-transzkriptumok szekvenálását. Ez a megközelítés megkönnyíti az alternatív splicing, génfúziók, poliadeniláció és az mRNS izoformák számszerűsítésének átfogó feltárását.
A nanopórusos szekvenálás, egy nanopórusos egymolekula valós idejű elektromos jeleken alapuló módszer, valós idejű eredményeket biztosít. A kétszálú DNS a motoros fehérjék által irányítva a biofilmbe ágyazott nanopórusos fehérjékhez kötődik, és feszültségkülönbség alatt letekercselődik, ahogy áthalad a nanopóruscsatornán. A DNS-szálon lévő különböző bázisok által generált megkülönböztető elektromos jeleket valós időben észlelik és osztályozzák, megkönnyítve a pontos és folyamatos nukleotidszekvenálást. Ez az innovatív megközelítés legyőzi a rövid olvasási korlátokat, és dinamikus platformot biztosít a bonyolult genomikai elemzésekhez, beleértve az összetett transzkriptomikai vizsgálatokat is, azonnali eredményekkel.
Platform: Nanopore PromethION 48
-
Teljes hosszúságú mRNS szekvenálás - PacBio
Míg az NGS-alapú mRNS-szekvenálás sokoldalú eszköz a génexpresszió számszerűsítésére, a rövid leolvasásokra való támaszkodása korlátozza a komplex transzkriptomikai elemzésekben való használatát. Másrészt a PacBio szekvenálás (Iso-Seq) hosszú olvasási technológiát alkalmaz, amely lehetővé teszi a teljes hosszúságú mRNS-transzkriptumok szekvenálását. Ez a megközelítés megkönnyíti az alternatív splicing, génfúziók és poliadeniláció átfogó feltárását. Vannak azonban más lehetőségek is a génexpresszió mennyiségi meghatározására a szükséges adatok nagy mennyisége miatt. A PacBio szekvenálási technológia egymolekulájú, valós idejű (SMRT) szekvenáláson alapul, amely határozott előnyt biztosít a teljes hosszúságú mRNS-transzkriptumok rögzítésében. Ez az innovatív megközelítés nulla üzemmódú hullámvezetők (ZMW) és mikrogyártott lyukak használatát foglalja magában, amelyek lehetővé teszik a DNS polimeráz aktivitásának valós idejű megfigyelését a szekvenálás során. Ezeken a ZMW-ken belül a PacBio DNS-polimeráza egy komplementer DNS-szálat szintetizál, és hosszú leolvasásokat generál, amelyek az mRNS-transzkriptumok teljes egészét lefedik. A PacBio működése Circular Consensus szekvenálás (CCS) módban növeli a pontosságot ugyanazon molekula ismételt szekvenálásával. A generált HiFi leolvasások pontossága az NGS-hez hasonló, ami tovább járul a komplex transzkriptomikai jellemzők átfogó és megbízható elemzéséhez.
Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukarióta mRNS Sequencing-NGS
Az mRNS szekvenálás, egy sokoldalú technológia, lehetővé teszi az összes mRNS-transzkriptum átfogó profilozását a sejten belül, meghatározott körülmények között. Széleskörű alkalmazásaival ez az élvonalbeli eszköz bonyolult génexpressziós profilokat, génstruktúrákat és különféle biológiai folyamatokhoz kapcsolódó molekuláris mechanizmusokat tár fel. Az alapkutatásban, a klinikai diagnosztikában és a gyógyszerfejlesztésben széles körben elterjedt mRNS-szekvenálás betekintést nyújt a sejtdinamika és a genetikai szabályozás bonyolultságába, felkeltve a kíváncsiságot a benne rejlő lehetőségekről különböző területeken.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Nem referencia alapú mRNS Sequencing-NGS
Az mRNS-szekvenálás lehetővé teszi az összes mRNS-transzkriptum átfogó profilalkotását a sejten belül meghatározott körülmények között. Ez az élvonalbeli technológia hatékony eszközként szolgál, feltárva a különféle biológiai folyamatokhoz kapcsolódó bonyolult génexpressziós profilokat, génstruktúrákat és molekuláris mechanizmusokat. Az alapkutatásban, a klinikai diagnosztikában és a gyógyszerfejlesztésben széles körben alkalmazott mRNS-szekvenálás betekintést nyújt a sejtdinamika és a genetikai szabályozás bonyolultságába.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Hosszú, nem kódoló szekvencia-Illumina
A hosszú, nem kódoló RNS-ek (lncRNS-ek) 200 nukleotidnál hosszabbak, amelyek minimális kódoló potenciállal rendelkeznek, és kulcsfontosságú elemei a nem kódoló RNS-nek. A sejtmagban és a citoplazmában található RNS-ek döntő szerepet játszanak az epigenetikai, transzkripciós és poszttranszkripciós szabályozásban, aláhúzva jelentőségüket a sejtes és molekuláris folyamatok alakításában. Az LncRNS szekvenálás hatékony eszköz a sejtdifferenciálódásban, az ontogenezisben és az emberi betegségekben.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Kis RNS Sequencing-Illumina
A kis RNS (sRNS) molekulák közé tartoznak a mikroRNS-ek (miRNS-ek), a kis interferáló RNS-ek (siRNS-ek) és a piwi-kölcsönhatásba lépő RNS-ek (piRNS-ek). Ezek közül a körülbelül 18-25 nukleotid hosszú miRNS-ek különösen figyelemre méltóak a különféle sejtfolyamatokban betöltött kulcsfontosságú szabályozó szerepük miatt. A szövet- és stádium-specifikus expressziós mintákkal a miRNS-ek magas konzervációt mutatnak a különböző fajokban.
Platform: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
A cirkuláris RNS-szekvenálás (circRNA-seq) a cirkuláris RNS-ek profilozására és elemzésére szolgál, az RNS-molekulák egy osztálya, amelyek nem kanonikus splicing események miatt zárt hurkokat képeznek, és megnövelt stabilitást biztosítanak ennek az RNS-nek. Míg egyes cirRNS-ekről kimutatták, hogy mikroRNS-szivacsként működnek, megkötik a mikroRNS-eket, és megakadályozzák, hogy szabályozzák cél-mRNS-eiket, más cirRNS-ek kölcsönhatásba léphetnek fehérjékkel, módosíthatják a génexpressziót, vagy szerepet játszhatnak a sejtfolyamatokban. A circRNS expressziós elemzés betekintést nyújt e molekulák szabályozó szerepébe és jelentőségükbe a különböző sejtfolyamatokban, fejlődési szakaszokban és betegségekben, hozzájárulva az RNS-szabályozás összetettségének mélyebb megértéséhez a génexpresszió összefüggésében.
-
Teljes transzkriptom szekvenálása – Illumina
A teljes transzkriptom szekvenálás átfogó megközelítést kínál különféle RNS-molekulák profilálásához, beleértve a kódoló (mRNS) és a nem kódoló RNS-eket (lncRNS, circRNS és miRNS). Ez a technika egy adott pillanatban meghatározott sejtek teljes transzkriptumát rögzíti, lehetővé téve a sejtfolyamatok holisztikus megértését. „Totális RNS-szekvenálásként” is ismert, amelynek célja bonyolult szabályozó hálózatok feltárása a transzkriptom szintjén, lehetővé téve az olyan mélyreható elemzéseket, mint a versengő endogén RNS (ceRNS) és a közös RNS-elemzés. Ez jelzi a kezdeti lépést a funkcionális jellemzés felé, különösen a cirRNS-miRNS-mRNS-alapú ceRNS kölcsönhatásokat magában foglaló szabályozó hálózatok feloldásában.
