-
BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
A térbeli transzkriptomika a tudományos innováció élvonalában áll, lehetővé téve a kutatók számára, hogy a szöveteken belüli bonyolult génexpressziós mintákba mélyedjenek, miközben megőrzik azok térbeli kontextusát. A BMKGene különféle platformok között fejlesztette ki a BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chipet, amely 3,5 µm-es megnövelt felbontással büszkélkedhet, eléri a szubcelluláris tartományt, és többszintű felbontási beállításokat tesz lehetővé. A hozzávetőleg 4 millió folttal rendelkező S3000 chip mikrolyukakat alkalmaz, amelyek gyöngyökkel vannak rétegezve, és térben vonalkódolt rögzítő szondákkal vannak feltöltve. Az S3000 chipből térbeli vonalkódokkal dúsított cDNS-könyvtárat készítenek, majd az Illumina NovaSeq platformon szekvenálják. A térben vonalkódolt minták és UMI-k kombinációja biztosítja a generált adatok pontosságát és specifikusságát. A BMKManu S3000 chip rendkívül sokoldalú, többszintű felbontási beállításokat kínál, amelyek finoman beállíthatók a különböző szövetekhez és a kívánt részletszintekhez. Ez az alkalmazkodóképesség a chipet kiemelkedő választássá teszi a különféle térbeli transzkriptomikai vizsgálatokhoz, precíz térbeli klaszterezést biztosítva minimális zajjal. A sejtszegmentációs technológia alkalmazása a BMKManu S3000-nél lehetővé teszi a transzkripciós adatok lehatárolását a sejtek határaiig, ami közvetlen biológiai jelentéssel bíró elemzést eredményez. Ezenkívül az S3000 jobb felbontása sejtenként nagyobb számú gént és UMI-t eredményez, ami lehetővé teszi a térbeli transzkripciós minták és a sejtek klaszterezésének sokkal pontosabb elemzését.
-
Egymagvú RNS szekvenálás
Az egysejtű befogási és egyedi könyvtárépítési technikák fejlesztése nagy áteresztőképességű szekvenálással párosulva forradalmasította a sejtszintű génexpressziós vizsgálatokat. Ez az áttörés lehetővé teszi az összetett sejtpopulációk mélyebb és átfogóbb elemzését, leküzdve a génexpresszió átlagolásával kapcsolatos korlátokat az összes sejtre vonatkozóan, és megőrizve a valódi heterogenitást ezeken a populációkon belül. Míg az egysejtű RNS-szekvenálás (scRNA-seq) tagadhatatlan előnyökkel jár, bizonyos szövetekben kihívásokba ütközik, ahol az egysejtű szuszpenzió létrehozása nehéznek bizonyul, és friss mintákra van szükség. A BMKGene-nél ezt az akadályt az egymagos RNS-szekvenálás (snRNA-seq) kínálásával oldjuk meg a legmodernebb 10X Genomics Chromium technológia segítségével. Ez a megközelítés kiszélesíti azoknak a mintáknak a spektrumát, amelyek egysejtszintű transzkriptomanalízisre alkalmasak.
A magok izolálása az innovatív 10X Genomics Chromium chipen keresztül valósul meg, amely nyolccsatornás mikrofluidikai rendszerrel rendelkezik kettős keresztezésekkel. Ezen a rendszeren belül a vonalkódokat, primereket, enzimeket és egyetlen magot tartalmazó gélgyöngyöket nanoliteres olajcseppekbe kapszulázzák, és így képződik a Gel Bead-in-Emulsion (GEM). A GEM képződését követően minden GEM-en belül sejtlízis és vonalkód felszabadulás következik be. Ezt követően az mRNS-molekulák reverz transzkripción mennek keresztül cDNS-ekké, amelyek 10-szeres vonalkódokat és egyedi molekuláris azonosítókat (UMIs) tartalmaznak. Ezeket a cDNS-eket ezután standard szekvenáló könyvtár felépítésnek vetik alá, ami megkönnyíti a génexpressziós profilok robusztus és átfogó feltárását egysejtszinten.
Platform: 10× Genomics Chromium és Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
A térbeli transzkriptomika egy élvonalbeli technológia, amely lehetővé teszi a kutatók számára, hogy a szöveteken belüli génexpressziós mintázatokat vizsgálják, miközben megőrzik térbeli kontextusukat. Ebben a tartományban az egyik hatékony platform a 10x Genomics Visium Illumina szekvenálással párosítva. A 10X Visium elve egy speciális chipen rejlik, amely egy kijelölt rögzítési területtel rendelkezik, ahová a szövetmetszetek kerülnek. Ez a rögzítési terület vonalkódos foltokat tartalmaz, amelyek mindegyike a szöveten belüli egyedi térbeli helynek felel meg. A szövetből befogott RNS-molekulákat ezután egyedi molekuláris azonosítókkal (UMI-k) jelölik a reverz transzkripciós folyamat során. Ezek a vonalkódos foltok és UMI-k lehetővé teszik a génexpresszió pontos térbeli feltérképezését és mennyiségi meghatározását egysejt felbontásban. A térben vonalkódolt minták és UMI-k kombinációja biztosítja a generált adatok pontosságát és specifikusságát. A Spatial Transcriptomics technológia használatával a kutatók mélyebben megérthetik a sejtek térbeli szerveződését és a szövetekben fellépő komplex molekuláris kölcsönhatásokat, felbecsülhetetlen értékű betekintést nyújtva a biológiai folyamatok mögött meghúzódó mechanizmusokba számos területen, beleértve az onkológiát, idegtudományt, fejlődésbiológiát, immunológiát. és botanikai tanulmányok.
Platform: 10X Genomics Visium és Illumina NovaSeq
