-
Metagenomikus szekvenálás -NGS
A metagenom egy vegyes organizmusközösség – például környezeti és emberi metagenomok – teljes genetikai anyagának gyűjteménye. Tenyészthető és nem tenyészthető mikroorganizmusok genomjait egyaránt tartalmazza. A sörétes metagenomikus szekvenálás az NGS segítségével lehetővé teszi ezen bonyolult genomi tájak környezeti mintákba ágyazott tanulmányozását azáltal, hogy a taxonómiai profilalkotásnál többet nyújt, és részletes betekintést nyújt a fajok sokféleségébe, abundancia dinamikájába és az összetett populációs struktúrákba. A taxonómiai vizsgálatokon túl a shotgun metagenomics funkcionális genomikai perspektívát is kínál, lehetővé téve a kódolt gének és az ökológiai folyamatokban betöltött feltételezett szerepük feltárását. Végül a genetikai elemek és a környezeti tényezők közötti korrelációs hálózatok létrehozása hozzájárul a mikrobiális közösségek és ökológiai hátterük közötti bonyolult kölcsönhatás holisztikus megértéséhez. Összefoglalva, a metagenomikus szekvenálás kulcsfontosságú eszköz a különféle mikrobiális közösségek genomikai bonyolultságának feltárásához, megvilágítva a genetika és az ökológia közötti sokrétű kapcsolatokat ezeken az összetett ökoszisztémákon belül.
Platformok: Illumina NovaSeq és DNBSEQ-T7
-
Metagenomic Sequencing-TGS
A metagenom egy vegyes organizmusközösség genetikai anyagának gyűjteménye, például környezeti és emberi metagenomok. Tenyészthető és nem tenyészthető mikroorganizmusok genomjait egyaránt tartalmazza. A metagenomikus szekvenálás lehetővé teszi ezen bonyolult genomi tájak ökológiai mintákba ágyazott tanulmányozását azáltal, hogy a taxonómiai profilalkotásnál többet nyújt. Funkcionális genomikai perspektívát is kínál azáltal, hogy feltárja a kódolt géneket és feltételezett szerepüket a környezeti folyamatokban. Míg a hagyományos Illumina szekvenálási módszert széles körben használták a metagenomikai vizsgálatokban, a Nanopore és a PacBio régóta olvasott szekvenálás megjelenése megváltoztatta a területet. A Nanopore és a PacBio technológia javítja a downstream bioinformatikai elemzéseket, különösen a metagenom összeállítást, biztosítva a folyamatosabb összeállításokat. A jelentések azt mutatják, hogy a Nanopore-alapú és PacBio-alapú metagenomika sikeresen generált teljes és zárt bakteriális genomokat komplex mikrobiomokból (Moss, EL és munkatársai, Nature Biotech, 2020). A Nanopore-olvasók és az Illumina-olvasók integrálása stratégiai megközelítést biztosít a hibajavításhoz, csökkentve a Nanopore eredendően alacsony pontosságát. Ez a szinergikus kombináció kihasználja az egyes szekvenálási platformok erősségeit, robusztus megoldást kínálva a lehetséges korlátok leküzdésére, valamint a metagenomikus elemzések pontosságának és megbízhatóságának növelésére.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia és PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
A 16S és 18S rRNS gének az Internal Transcribed Spacer (ITS) régióval együtt kulcsfontosságú molekuláris ujjlenyomat-markerekként szolgálnak a rendkívül konzervált és hipervariábilis régiók kombinációja miatt, így felbecsülhetetlen értékű eszközök a prokarióta és eukarióta szervezetek jellemzésére. Ezeknek a régióknak az amplifikációja és szekvenálása izolációmentes megközelítést kínál a mikrobiális összetétel és a különböző ökoszisztémák diverzitásának vizsgálatához. Míg az Illumina szekvenálás általában olyan rövid hipervariábilis régiókat céloz meg, mint például a 16S és az ITS1 V3-V4, bebizonyosodott, hogy a 16S, 18S és ITS teljes hosszának szekvenálásával kiváló taxonómiai annotáció érhető el. Ez az átfogó megközelítés a pontosan osztályozott szekvenciák magasabb százalékát eredményezi, és olyan felbontást ér el, amely a fajok azonosítására is kiterjed. A PacBio Single-Molecule Real-Time (SMRT) szekvenáló platformja kiemelkedik azáltal, hogy rendkívül pontos hosszú leolvasást (HiFi) biztosít, amely lefedi a teljes hosszúságú amplikonokat, vetekedve az Illumina szekvenálás pontosságával. Ez a képesség lehetővé teszi a kutatók számára, hogy páratlan előnyre tegyenek szert – panorámás kilátást a genetikai tájra. A kiterjesztett lefedettség jelentősen megnöveli a fajok megjegyzéseinek felbontását, különösen a baktérium- vagy gombaközösségekben, lehetővé téve a mikrobiális populációk bonyolultságának mélyebb megértését.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Az Illumina technológiával végzett amplikon szekvenálás, amely kifejezetten a 16S, 18S és ITS genetikai markereket célozza meg, hatékony módszer a mikrobiális közösségeken belüli törzsfejlődés, taxonómia és fajszám feltárására. Ez a megközelítés magában foglalja a háztartási genetikai markerek hipervariábilis régióinak szekvenálását. Eredetileg molekuláris ujjlenyomatként vezették beWoeses et al1977-ben ez a technika forradalmasította a mikrobiom profilalkotást, lehetővé téve az izolálás nélküli elemzéseket. A 16S (baktériumok), 18S (gombák) és az Internal Transcribed Spacer (ITS, gombák) szekvenálása révén a kutatók nemcsak a bőséges, hanem a ritka és azonosítatlan fajokat is azonosíthatják. A kulcsfontosságú eszközként széles körben elterjedt amplikon-szekvenálás kulcsfontosságúvá vált az eltérő mikrobiális összetételek felismerésében különböző környezetekben, beleértve az emberi szájat, a beleket, a székletet és azon túl.
-
Bakteriális és gombás teljes genom újraszekvenálása
A baktériumok és gombák teljes genomjának újraszekvenálási projektjei kulcsfontosságúak a mikrobiális genomika fejlesztésében, lehetővé téve a mikrobiális genomok kiegészítését és összehasonlítását. Ez megkönnyíti a fermentációs tervezést, az ipari folyamatok optimalizálását és a másodlagos anyagcsere utak feltárását. Ezen túlmenően a gombák és baktériumok újraszekvenálása kulcsfontosságú a környezeti alkalmazkodás megértéséhez, a törzsek optimalizálásához és a genetikai evolúció dinamikájának feltárásához, aminek széles körű következményei vannak az orvostudományban, a mezőgazdaságban és a környezettudományban.
-
Prokarióta RNS szekvenálás
Az RNS-szekvenálás lehetővé teszi az összes RNS-transzkriptum átfogó profilalkotását a sejten belül, meghatározott körülmények között. Ez az élvonalbeli technológia hatékony eszközként szolgál, feltárva a különféle biológiai folyamatokhoz kapcsolódó bonyolult génexpressziós profilokat, génstruktúrákat és molekuláris mechanizmusokat. Az alapkutatásban, klinikai diagnosztikában és gyógyszerfejlesztésben széles körben alkalmazott RNS-szekvenálás betekintést nyújt a sejtdinamika és a genetikai szabályozás bonyolultságába. Prokarióta RNS mintafeldolgozásunk a prokarióta transzkriptomokhoz van szabva, beleértve az rRNS kimerülését és az irányított könyvtár előkészítését.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Metatranszkriptom szekvenálás
Az Illumina szekvenálási technológiát kihasználva a BMKGENE metatranszkriptom szekvenáló szolgáltatása bemutatja a mikrobák sokféle skálájának dinamikus génexpresszióját, amely az eukariótáktól a prokariótákig és vírusokig terjed, természetes környezetben, például talajban, vízben, tengerben, székletben és bélben. Átfogó szolgáltatásunk lehetővé teszi a kutatók számára, hogy elmélyüljenek a komplex mikrobiális közösségek teljes génexpressziós profiljában. A taxonómiai elemzésen túl a metatranszkriptom szekvenáló szolgáltatásunk megkönnyíti a funkcionális gazdagodás feltárását, megvilágítva a differenciálisan expresszált géneket és azok szerepét. Rengeteg biológiai betekintést fedezhet fel, miközben a génexpresszió, a taxonómiai sokféleség és a funkcionális dinamika összetett tájain navigál e változatos környezeti réseken belül.
-
De novo gomba genom összeállítás
A BMKGENE sokoldalú megoldásokat kínál a gombagenomokhoz, kielégítve a különböző kutatási igényeket és a kívánt genom teljességét. A rövid leolvasású Illumina szekvenálás önmagában lehetővé teszi egy genomvázlat létrehozását. A rövid leolvasást és a hosszú olvasási szekvenálást a Nanopore vagy a Pacbio használatával kombinálják a finomabb gomba genom érdekében, hosszabb kontigokkal. Ezenkívül a Hi-C szekvenálás integrálása tovább növeli a képességeket, lehetővé téve a teljes kromoszóma szintű genom elérését.
-
De novo bakteriális genom összeállítás
Komplett bakteriális genom összeszerelési szolgáltatást nyújtunk, 0 hézagot garantálva. Ez a hosszú olvasási szekvenálási technológiák integrálásával lehetséges, mint például a Nanopore és a PacBio az összeszereléshez, valamint a rövid olvasási szekvenálás az Illumina-val az összeállítás ellenőrzéséhez és az ONT-olvasások hibajavításához. Szolgáltatásunk a teljes bioinformatikai munkafolyamatot biztosítja az összeszereléstől, a funkcionális annotációtól és a fejlett bioinformatikai elemzéstől kezdve, konkrét kutatási célokat teljesítve. Ez a szolgáltatás lehetővé teszi precíz referenciagenomok kifejlesztését különböző genetikai és genomikai vizsgálatokhoz. Ezenkívül olyan alkalmazások alapját képezi, mint a törzsoptimalizálás, a géntechnológia és a mikrobiológiai technológia fejlesztése, biztosítva a megbízható és hiányosságoktól mentes genomikai adatokat, amelyek elengedhetetlenek a tudományos betekintés és a biotechnológiai innováció előmozdításához.
