-
Hi-C alapú kromatin kölcsönhatás
A Hi-C egy olyan módszer, amelyet arra terveztek, hogy rögzítse a genomi konfigurációt a közelségen alapuló kölcsönhatások és a nagy áteresztőképességű szekvenálás kombinálásával. A módszer a kromatin formaldehiddel történő térhálósításán alapul, majd az emésztést és az újraligálást követi oly módon, hogy csak a kovalensen kötött fragmensek képezzenek ligációs termékeket. Ezen ligációs termékek szekvenálásával lehetőség nyílik a genom 3D-s szerveződésének tanulmányozására. A Hi-C lehetővé teszi a genom azon részei eloszlásának tanulmányozását, amelyek enyhén tömöttek (A-rekeszek, euchromatin) és nagyobb valószínűséggel transzkripciósan aktívak, valamint a szorosabban csomagolt régiók (B-rekeszek, Heterochromatin). A Hi-C arra is használható, hogy pontosan meghatározza a topologikusan asszociált doméneket (TAD), a genom azon régióit, amelyek feltekeredő szerkezetűek és valószínűleg hasonló expressziós mintázatot mutatnak, valamint azonosítani lehet a kromatin hurkokat, a DNS-régiókat, amelyeket fehérjék kötnek össze, és amelyek gyakran szabályozási elemekkel gazdagítva. A BMKGene Hi-C szekvenáló szolgáltatása felhatalmazza a kutatókat a genomika térbeli dimenzióinak feltárására, új utakat nyitva a genomszabályozás, valamint annak egészségre és betegségre gyakorolt hatásai megértésére.
-
Kromatin immunprecipitációs szekvenálás (ChIP-seq)
A Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) egy olyan technika, amely antitestek felhasználásával szelektíven dúsítja a DNS-kötő fehérjéket és a megfelelő genomikai célpontokat. Az NGS-szel való integráció lehetővé teszi a hisztonmódosítással, transzkripciós faktorokkal és más DNS-kötő fehérjékkel kapcsolatos DNS-célpontok genomszintű profilozását. Ez a dinamikus megközelítés lehetővé teszi a kötődési helyek összehasonlítását különböző sejttípusok, szövetek vagy állapotok között. A ChIP-Seq alkalmazásai a transzkripciós szabályozás és a fejlődési utak tanulmányozásától a betegségmechanizmusok feltárásáig terjednek, így nélkülözhetetlen eszközzé válik a genomiális szabályozási tájak megértéséhez és a terápiás ismeretek előmozdításához.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Teljes genom-biszulfit szekvenálás (WGBS)
A Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) a DNS-metiláció alapos feltárásának aranystandard módszere, különösen a citozin (5-mC) ötödik pozíciója, amely a génexpresszió és a sejtaktivitás kulcsfontosságú szabályozója. A WGBS alapelve a biszulfitos kezelés, amely a nem metilált citozinok uracillá (C-vé U-vá) való átalakulását idézi elő, miközben a metilált citozinokat változatlan formában hagyja. Ez a technika egybázisú felbontást kínál, lehetővé téve a kutatók számára, hogy átfogóan vizsgálják a metilómot, és feltárják a különböző állapotokhoz, különösen a rákhoz kapcsolódó rendellenes metilációs mintákat. A WGBS alkalmazásával a tudósok páratlan betekintést nyerhetnek a genomszintű metilációs tájakba, árnyalt megértést biztosítva a különféle biológiai folyamatok és betegségek hátterében álló epigenetikai mechanizmusokról.
-
Transzpozáz-hozzáférhető kromatin vizsgálata nagy áteresztőképességű szekvenálással (ATAC-seq)
Az ATAC-seq egy nagy áteresztőképességű szekvenálási technika, amelyet az egész genomra kiterjedő kromatin hozzáférhetőség elemzésére használnak. Használata mélyebben megérti a génexpresszió globális epigenetikai szabályozásának összetett mechanizmusait. A módszer egy hiperaktív Tn5 transzpozázt használ a nyitott kromatin régiók egyidejű fragmentálására és címkézésére szekvenáló adapterek beiktatásával. Az ezt követő PCR-amplifikáció eredményeként létrejön egy szekvenáló könyvtár, amely lehetővé teszi a nyitott kromatin régiók átfogó azonosítását meghatározott tér-idő körülmények között. Az ATAC-seq holisztikus képet nyújt a hozzáférhető kromatin tájakról, ellentétben azokkal a módszerekkel, amelyek kizárólag a transzkripciós faktor kötőhelyeire vagy specifikus hisztonmódosított régiókra összpontosítanak. Ezeknek a nyitott kromatin régióknak a szekvenálásával az ATAC-seq feltárja azokat a régiókat, amelyek nagyobb valószínűséggel kötnek aktív szabályozó szekvenciákat és potenciális transzkripciós faktor kötőhelyeket, értékes betekintést nyújtva a génexpresszió dinamikus modulációjába a genomban.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
A csökkentett reprezentációs biszulfitszekvencia (RRBS) a teljes genomú biszulfitszekvencia (WGBS) költséghatékony és hatékony alternatívájaként jelent meg a DNS-metilációs kutatásban. Míg a WGBS átfogó betekintést nyújt a teljes genom egyetlen bázis felbontású vizsgálatával, magas költsége korlátozó tényező lehet. Az RRBS stratégiailag enyhíti ezt a kihívást a genom reprezentatív részének szelektív elemzésével. Ez a módszer a CpG szigetekben gazdag régiók dúsításán alapul MspI hasítással, majd a 200-500/600 bps méretű fragmensek méretének kiválasztásával. Következésképpen csak a CpG-szigetekhez közeli régiókat szekvenálják, míg a távoli CpG-szigetekkel rendelkező régiókat kizárják az elemzésből. Ez a folyamat a biszulfit szekvenálással kombinálva lehetővé teszi a DNS metilációjának nagy felbontású kimutatását, a szekvenálási megközelítés, a PE150 pedig kifejezetten az inszertek végeire fókuszál, nem pedig a közepére, növelve a metilációs profilalkotás hatékonyságát. Az RRBS egy felbecsülhetetlen értékű eszköz, amely költséghatékony DNS-metilációs kutatást tesz lehetővé, és elősegíti az epigenetikai mechanizmusok ismeretét.
