Hőkapár
A HeatMap eszköz elfogadja a mátrix -adatfájlt bemenetként, és lehetővé teszi a felhasználók számára, hogy szűrjék, normalizálják és klaszterre kerüljenek. A hőkapocsok elsődleges felhasználási esete a különböző minták közötti génexpressziós szint klaszter analízise.
Génjelentés
A Gene Annotation eszköz a gén annotációt hajtja végre, a bemeneti FASTA fájlok szekvencia -igazításán alapul, a különféle adatbázisokhoz.
Alapvető helyi igazítási keresési eszköz (BLAST)
A BLAST eszköz az NCBI BLAST BMKCLOUD integrált verziója, és ugyanazon funkciók végrehajtására használható a BMKCloud -fiókba feltöltött adatok felhasználásával.
CDS_UTR előrejelzés
A CDS_UTR predikciós eszközt úgy tervezték, hogy előre jelezze a kódoló régiók (CD) és a nem kódoló régiók (UTR) megadott transzkripciós szekvenciáiban az ismert fehérje-adatbázisok és az ORF előrejelzési eredményeivel szembeni BLAST eredmények alapján.
Manhattani telek
A Manhattan Plot eszköz lehetővé teszi a magas minta kísérletek megjelenítését, és általában a genom szintű asszociációs tanulmányokban (GWAS) használják.
Cirkosi diagram
A Circos Diagram eszköz hatékony megjelenítést biztosít a genomi jellemzők eloszlásáról a genomban. A közös jellemzők közé tartozik a kvantitatív lókuszok, az SNP -k, az indelek, a szerkezeti és a másolási szám variánsok.
Gén ontológia (GO) dúsítás
A GO dúsító eszköz funkcionális dúsítási elemzést nyújt. Az eszköz elsődleges szoftvere a Topgo-Bioconductor csomag, amely magában foglalja a differenciális expressziós elemzést, a GO dúsításának elemzését és az eredmények megjelenítését.
Súlyozott gén-ko-expressziós hálózati elemzés (WGCNA)
A WGCNA egy széles körben alkalmazott adatbányászati módszer a gén-expressziós modulok felfedezésére. Ez alkalmazható a különféle expressziós adatkészletekre, beleértve a mikrotáblázatot és az NGS gén expressziós adatait.
Interproscan
Az Interproscan eszköz interpro protein szekvencia -elemzést és osztályozást biztosít.
Go KEGG dúsítás
A GO KEGG dúsító eszköz úgy tervezi, hogy létrehozza a GO dúsító hisztogramot, a KEGG -dúsító hisztogramot és a KEGG dúsítási útját, amely egy biztosított génkészlet és a megfelelő kommentár alapján készült.