Növényi/állati teljes genom szekvenálás
Szolgáltatási szolgáltatások
● A könyvtári előkészítés lehet standard vagy PCR-mentes
● 4 szekvenálási platformon kapható: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 vagy Pacbio Revio.
● Bioinformatikus elemzés a variánsok kimutatására összpontosítva: SNP, Indel, SV és CNV
Szolgáltatási előnyök
●Kiterjedt szakértelem- és kiadványrekordok: A több mint 1000 faj genomszekvenálásának felhalmozódott tapasztalata több mint 1000 közzétett esetet eredményezett, amelynek kumulatív ütési tényezője több mint 5000.
●Átfogó bioinformatikai elemzés: Beleértve a variációs hívást és a funkciót.
● Az értékesítés utáni támogatás:Elkötelezettségünk a projekt befejezésén túlmutat, egy 3 hónapos értékesítés utáni szolgáltatási periódussal. Ez idő alatt a projekt nyomon követését, hibaelhárítási támogatást és Q & A üléseket kínálunk az eredményekkel kapcsolatos kérdések kezelésére.
●Átfogó kommentár: Több adatbázist használunk az azonosított variációkkal való funkcionális kommentáláshoz és a megfelelő dúsítási elemzés elvégzéséhez, betekintést nyújtva a több kutatási projektbe.
Szolgáltatási előírások
| Azonosítandó variánsok | Szekvenálási stratégia | Ajánlott mélység |
| SNP és indel | Illumina Novaseq PE150 vagy mgi t7 | 10x |
| SV és CNV (kevésbé pontos) | 30x | |
| SV és CNV (pontosabb) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP -k, indelek, SV és CNV | Pacbio Revio | 10x |
Minta követelmények
| Szövet- vagy extrahált nukleinsavak | Illumina/MGI | Nanopó | Pacbio
| ||
| Állati zsigerek | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Állati izom | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Emlős vér | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Baromfi/hal vér | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Növény- friss levél | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Tenyésztett sejtek |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Rovar lágyszöveti/egyén | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Extrahált DNS
| Koncentráció: ≥ 1 ng/ µl Mennyiség: ≥ 30 ng Korlátozott vagy nincs degradáció vagy szennyeződés
| Koncentráció Összeg
OD260/280
OD260/230
Korlátozott vagy nincs degradáció vagy szennyeződés
| ≥ 40 ng/ µl 4 µg/áramlási cella/minta
1.7-2.2
≥1.5 | Koncentráció Összeg
OD260/280
OD260/230
Korlátozott vagy nincs degradáció vagy szennyeződés | ≥ 50 ng/ µl 10 µg/áramlási cella/minta
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| PCR-mentes könyvtár előkészítése: Koncentráció ≥ 40 ng/ µl Összeg ≥ 500 ng | |||||
Szolgáltatási munka folyamat
Minta szállítás
DNS -extrakció
Könyvtári felépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Adatszállítás
Tartalmazza a következő elemzést:
- Nyers adatminőség -ellenőrzés
- A referencia genomhoz való igazítás statisztikája
- Variáns azonosítás: SNP, Indel, SV és CNV
- A variánsok funkcionális megjegyzése
A referencia genomhoz való igazítás statisztikája - szekvenálás mélységeloszlás
SNP hívás több minta között
Indel azonosítás-Az indel hosszának statisztikája a CDS régióban és a genom szintű régióban
Variáns eloszlás a genom között - Circos Plot
A gének funkcionális kommentálása azonosított variánsokkal - gén -ontológia
Chai, Q. et al. (2023) „A glutation S -transzferáz GHTT19 meghatározza a virágszirom pigmentációját az antocianin -felhalmozódás szabályozásával a pamutban”, Plant Biotechnology Journal, 21. (2), p. 433. Doi: 10.1111/pbi.13965.
Cheng, H. et al. (2023) „A kromoszóma szintű vad hevea brasiliensis genom új eszközöket kínál a genomiális támogatáshoz és az értékes lókuszokhoz a gumihozam kiemelésére”, Plant Biotechnology Journal, 21 (5), 1058–1072. doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. et al. (2021) „A torkolati kagyló genomja betekintést nyújt az éghajlati hatásba és az adaptív plaszticitásba”, Communications Biology 2021 4: 1, 4 (1), 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) „A kínai őslakos csirkék genom és metilezési változásainak elemzése az idő múlásával betekintést nyújt a fajok megőrzéséhez”, Communications Biology, 5 (1), 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
