Növényi/állati de novo genom szekvenálás
De novoA szekvenálás egy faj teljes genomjának felépítésére vonatkozik, szekvenálási technológiák felhasználásával referencia -genom hiányában. A harmadik generációs szekvenálás bevezetése és széles körű elfogadása, amely hosszabb leolvasásokkal rendelkezik, jelentősen fokozta a genom összeszerelését azáltal, hogy növeli az olvasmányok közötti átfedést. Ez a javulás különösen releváns a kihívásokkal teli genomokkal, például a magas heterozigozitással, az ismétlődő régiók, a poliploidok és az ismétlődő elemekkel rendelkező régiók magas arányával, az ismétlődő elemekkel, a rendellenes GC-tartalommal vagy a nagy bonyolultsággal, amelyek általában rosszul összeállították rövid átolvasási szekvenálással. kizárólag.
Az egyablakos megoldásunk integrált szekvenálási szolgáltatásokat és bioinformatikai elemzést nyújt, amelyek kiváló minőségű, de novo összeszerelt genomot eredményeznek. Az Illumina kezdeti genom-felmérése a genom méretének és bonyolultságának becslését tartalmazza, és ezt az információt a Pacbio HiFI-vel való hosszú olvasás következő lépésének irányításához használják, majd ezt követi.de novoContigs összeszerelése. A HIC szerelvény későbbi használata lehetővé teszi a kontigok rögzítését a genomhoz, kromoszóma szintű szerelvényt kapva. Végül, a genomot a gén előrejelzése és az expresszált gének szekvenálása, a transzkriptómákhoz rövid és hosszú leolvasásokkal valósítva.
Szolgáltatási szolgáltatások
● Többszörös szekvenálási és bioinformatikai szolgáltatások integrálása egyablakos megoldásban:
Genome felmérés Illumina -val a genom méretének becsléséhez és a következő lépések irányításához;
Hosszú olvasási szekvenálásde novoa kontigok összeszerelése;
HI-C szekvenálás a kromoszóma rögzítéséhez;
mRNS szekvenálás a gének kommentálására;
A szerelvény érvényesítése.
● Az új genomok felépítésére vagy a meglévő referencia -genomok fejlesztésére alkalmas szolgáltatásokra alkalmas szolgáltatások.
Szolgáltatási előnyök
A szekvenálási platformok és a bioinformatika fejlesztésede novogenom összeszerelés
(Amarasinghe Sl et al.,Genombiológia, 2020)
●Kiterjedt szakértelem és publikációs nyilvántartás: A BMKGENE hatalmas tapasztalatokat halmozott fel a különféle fajok kiváló minőségű genom-összeállításában, ideértve a diploid genomokat és a poliploid és az allopoliszploid fajok rendkívül összetett genomjait. 2018 óta hozzájárulunk a véghez300 nagy hatású publikációt, és ezek közül 20-at közzéteszik a Nature Genetikában-
● Egyablakos oldat: Integrált megközelítésünk egyesíti a többszekvenálási technológiákat és a bioinformatikai elemzéseket egy koherens munkafolyamatba, amely kiváló minőségű, összeszerelt genomot eredményez.
●Az Ön igényeihez igazítva: Szolgáltatási munkafolyamatunk testreszabható, lehetővé téve a különféle jellemzőkkel és konkrét kutatási igényekkel rendelkező genomok adaptálását. Ide tartoznak az óriási genomok, a poliploid genomok, az erősen heterozigóta genomok és még sok más befogadása.
●Magasan képzett bioinformatika és laboratóriumi csapat: Nagyszerű tapasztalattal rendelkezik mind a komplex genom -szerelvények kísérleti, mind bioinformatikájában, valamint a szabadalmak és a szoftverek szerzői jogainak sorozatában.
●Az értékesítés utáni támogatás:Elkötelezettségünk a projekt befejezésén túlmutat, egy 3 hónapos értékesítés utáni szolgáltatási periódussal. Ez idő alatt a projekt nyomon követését, hibaelhárítási támogatást és Q & A üléseket kínálunk az eredményekkel kapcsolatos kérdések kezelésére.
Szolgáltatási előírások
| Genomfelmérés | Genom összeszerelés | Kromoszóma szintű | Genom kommentár |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30x Pacbio CCS HiFi olvas | 100x HI-C | RNA-seq Illumina PE150 10 GB + (választható) Teljes hosszúságú RNS-seq Pacbio 40 GB vagy Nanopore 12 GB |
Szolgáltatási követelmények
A genom felméréséhez, a genom összeállításához és a Hi-C összeszereléshez:
| Szövet- vagy extrahált nukleinsavak | Genomfelmérés | Genom szerelvény Pacbio -val | HI-C összeszerelés |
| Állati zsigerek | 0,5-1 g
| ≥ 3,5 g | ≥2 g |
| Állati izom | ≥ 5 g | ||
| Emlős vér | 1,5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Baromfi/hal vér | ≥ 0,5 ml | ||
| Növény- friss levél | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Tenyésztett sejtek |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Rovar | 0,5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| Extrahált DNS | Koncentráció: ≥1 ng/ µl Összeg ≥ 30 ng Korlátozott vagy nincs degradáció vagy szennyeződés | Koncentráció: ≥ 50 ng/ µl Mennyiség: 10 µg/áramlási cella/minta OD260/280 = 1,7-2,2 OD260/230 = 1,8-2,5 Korlátozott vagy nincs degradáció vagy szennyeződés |
-
|
A transzkriptika genom kommentárához:
| Szövet- vagy extrahált nukleinsavak | Illumina transzkriptom | Pacbio transzkriptom | Nanopórus transzkriptom |
| Növényi gyökér/szár/szirom | 450 mg | 600 mg | |
| Növény - levél/mag | 300 mg | 300 mg | |
| Növény - gyümölcs | 1,2 g | 1,2 g | |
| Állati szív/bél | 300 mg | 300 mg | |
| Állati zsiger/agy | 240 mg | 240 mg | |
| Állati izom | 450 mg | 450 mg | |
| Állati csontok/haj/bőr | 1 g | 1 g | |
| Ízeltlábú - rovar | 6 | 6 | |
| Ízeltlábú -crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Teljes vér | 1 cső | 1 cső | |
| Extrahált RNS | Koncentráció: ≥ 20 ng/ µl Mennyiség ≥ 0,3 μg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Rin≥ 6 5 ≥28s/18s ≥1 | Koncentráció: ≥ 100 ng/ µl Mennyiség ≥ 0,75 µg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Rin≥ 8 5 ≥28s/18s ≥1 | Koncentráció: ≥ 100 ng/ µl Mennyiség ≥ 0,75 µg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Rin≥ 7,5 5 ≥28s/18s ≥1 |
Ajánlott minta szállítás
Tartály: 2 ml centrifuga cső (az ónfólia nem ajánlott)
(A legtöbb minta esetében azt javasoljuk, hogy ne őrizze meg az etanolban.)
Minta címkézés: A mintáknak egyértelműen fel kell címkézniük és meg kell felelniük a benyújtott mintainformációs űrlapnak.
Szállítás: Dry-Ice: A mintákat először zsákokba kell csomagolni, és száraz jégbe kell temetni.
Munkafolyamat
Szolgáltatási munka folyamat
Kísérleti tervezés
Minta szállítás
DNS -extrakció
Könyvtári felépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
Teljes bioinformatikai elemzés, 4 lépésben elválasztva:
1) A genom felmérése, a K-MER elemzés alapján, az NGS olvasmányaival:
A genom méretének becslése
A heterozigózis becslése
Az ismétlődő régiók becslése
2) A genom összeszerelése a Pacbio HiFI -vel:
De novoösszeszerelés
Közgyűlés értékelése: beleértve a Busco elemzést a genom teljességének és az NGS és a Pacbio HIFI olvasásainak leképezéséről
3) HI-C összeszerelés:
HI-C könyvtár QC: Érvényes HI-C interakciók becslése
HI-C összeszerelés: A kontigok csoportosítása csoportokban, majd az egyes csoportokon belüli rendelés és a Contig orientáció hozzárendelése
HI-C értékelés
4) Genom kommentár:
Nem kódoló RNS-előrejelzés
Ismétlő szekvenciák azonosítása (transzpozonok és tandem ismétlések)
Gén előrejelzés
§De novo: ab initio algoritmusok
§ A homológia alapján
§ Transcriptome alapján, hosszú és rövid leolvasással: az olvasmányokde novoösszeszerelt vagy feltérképezve a vázlat genomjához
§ Az előrejelzett gének több adatbázissal történő kommentálása
1) Genom felmérés- K-MER elemzés
2) A genom összeszerelése
2) Genome összeszerelése - A Pacbio HiFi felolvassa a térképezést a huzat összeszerelésére
2) HI-C összeszerelés-A HI-C érvényes interakciós párok becslése
3) HI-C az összeállítás utáni értékelés után
4) Genome kommentár - Az előrejelzett gének integrálása
4) Genom kommentár - előrejelzett gének kommentár
Fedezze fel a Bmkgene de Novo Genome Centrice Services által elősegített előrelépéseket a publikációk kurátus gyűjteményén keresztül:
Li, C. et al. (2021) „A genomszekvenciák feltárják a globális diszpergálási útvonalakat, és konvergens genetikai adaptációkat sugallnak a Seahorse evolúciójában”, Nature Communications, 12 (1). doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
Li, Y. et al. (2023) „A nagyméretű kromoszómális változások genomszintű expressziós változásokhoz, környezeti alkalmazkodáshoz és a Gayal (BOS frontalis) specifikációjához, molekuláris biológiához és evolúcióhoz vezetnek, 40 (1). doi: 10.1093/molBev/msad006.
Tian, T. et al. (2023) „A kiemelkedő aszály-rezisztens kukorica csíraplazma genom összeállítása és genetikai boncolása”, Nature Genetika 2023 55: 3, 55 (3), 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) „A tropán alkaloid bioszintézisének feltárása a Solanaceae család két genomjának elemzésével”, Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Kihívó esettanulmányok:
Telomer-telomer szerelvény:Fu, A. et al. (2023) 'A keserű dinnye (Momordica Charantia L. var. Rebreviata szer.) Telomer-tellomer genomgyelde a gyümölcs fejlődését, összetételét és az érés genetikai jellemzőit tárja fel. ”, Kertészeti Research, 10 (1). doi: 10.1093/hr/uhac228.
Haplotípus -összeállítás:Hu, W. et al. (2021) „Az allél által definiált genom biollél differenciálódást mutat a kasszava evolúciója során”, Molecular Plant, 14 (6), 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Óriás genom szerelvény:Yuan, J. et al. (2022) „A Giga-kromoszómák genomi alapja és a fa bazsarózsa Paeonia Ostii giga-genomja”, Nature Communications 2022 13: 1, 13 (1), 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Poliploid genom összeszerelése:Zhang, Q. et al. (2022) „Genomikus betekintés az autopoliploid cukornád saccharum spontaneum legutóbbi kromoszóma redukciójába”, Nature Genetics 2022 54: 6, 54 (6), 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
