Pacbio teljes hosszúságú transzkriptom

A PACBIO teljes hosszúságú transzkriptome szekvenálása, az ISOSEQ lehetővé teszi a transzkripciós izoformák pontos azonosítását, az alternatív poliadeniláció és a splicing fényét, és pontosabb génexpressziós elemzéshez vezet. A BMKCLOUD PACBIO teljes hosszúságú transzkriptom-csővezetékét úgy tervezték, hogy elemezze a circular konszenzusos szekvenálás (CCS) módban szekvenált cDNS könyvtárakat, és azonosítja a teljes hosszúságú nem-kmulikus (FLNC) szekvenciákat, amelyeket ezután nem redundáns transzkripciókba csoportosítanak. Egy későbbi Busco -elemzés felméri a transzkriptómás szerelvény teljességét. Az összeszerelt transzkriptómából több elemzést végeznek: alternatív splicing, egyszerű szekvencia -ismétlés (SSR), az LNCRNS előrejelzése és a megfelelő célgének előrejelzése, az új gének előrejelzése, a géncsalád elemzése, a transzkripciós faktor elemzése és a transzkripciók funkcionális kommentározása.