PacBio 2+3 teljes hosszúságú mRNS oldat
Jellemzők
● Tanulmánytervezés:
Összevont minta, amelyet PacBio-val szekvenáltak a transzkriptum izoformáinak azonosítására
Külön minták (replikátumok és tesztelendő körülmények) szekvenáljákNGS a transzkriptum kifejeződésének számszerűsítésére
● PacBio szekvenálás CCS módban, HiFi leolvasást generál
● A teljes hosszúságú átiratok szekvenálása
● Az elemzéshez nincs szükség referenciagenomra; azonban alkalmazható
● A bioinformatikai elemzés nemcsak gén- és izoformaszintű expressziót foglal magában, hanem az lncRNS, a génfúziók, a poliadeniláció és a génszerkezet elemzését is.
Előnyök
● Nagy pontosság: HiFi 99,9%-os pontossággal olvas (Q30), az NGS-hez hasonlítható
● Alternatív Splicing Analysis: az összes transzkriptum szekvenálása lehetővé teszi az izoforma azonosítását és jellemzését.
● PacBio és NGS erősségek kombinációja: lehetővé teszi az expresszió mennyiségi meghatározását az izoforma szintjén, felfedve a változást, amely elfedhető a teljes génexpresszió elemzésekor
● Széleskörű szakértelem: több mint 1100 PacBio teljes hosszúságú átírási projekt befejezésével és több mint 2300 minta feldolgozásával csapatunk rengeteg tapasztalattal rendelkezik minden projektben.
● Értékesítés utáni támogatás: elkötelezettségünk a projekt befejezésén túl is 3 hónapos értékesítés utáni szolgáltatási időszakkal terjed ki. Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdés-feleleteket kínálunk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolásához.
Mintakövetelmények és szállítás
| Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatok | Minőségellenőrzés |
| PolyA-val dúsított mRNS CCS könyvtár | PacBio Folytatás II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A dúsított | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotidok
|
| Konc. (ng/μl) | Mennyiség (μg) | Tisztaság | Integritás |
| Illumina Könyvtár | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott fehérje- vagy DNS-szennyeződés látható, vagy nincs. | Növényeknél: RIN≥4,0; Állatok esetében: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonali emelkedés |
| PacBio könyvtár | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott fehérje- vagy DNS-szennyeződés látható, vagy nincs. | Növények: RIN≥7,5 Állatok: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonali emelkedés |
Javasolt mintaszállítás
Tartály: 2 ml-es centrifugacső (ón fólia nem ajánlott)
Mintacímkézés: Csoport+replikáció pl. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Szállítás:
1. Szárazjég:A mintákat zsákokba kell csomagolni, és szárazjégbe kell temetni.
2. RNS-stabil csövek: Az RNS-minták RNS-stabilizáló csőben (pl. RNAstable®) száríthatók és szobahőmérsékleten szállíthatók.
A következő elemzést tartalmazza:
Nyers adatok minőségének ellenőrzése
Alternatív poliadenilációs elemzés (APA)
Fúziós átirat elemzése
Alternatív illesztési elemzés
Benchmarking univerzális egypéldányos ortológus (BUSCO) elemzés
Új transzkriptanalízis: kódoló szekvenciák (CDS) előrejelzése és funkcionális annotáció
lncRNS elemzés: lncRNS és célpontok előrejelzése
MicroSatelite Identification (SSR)
Differentially Expressed Transcripts (DET) elemzése
Differentially Expressed Genes (DEG-ek) elemzése
DEG-ek és DET-ek funkcionális annotációja
BUSCO elemzés
Alternatív illesztési elemzés
Alternatív poliadenilációs elemzés (APA)
Differentially Expressed Genes (DEG) és transzkriptumok (DETs9 elemzés).
DET-ek és DEG-ek fehérje-fehérje interakciós hálózatai
Fedezze fel a BMKGene PacBio 2+3 teljes hosszúságú mRNS-szekvenálása által elősegített fejlesztéseket egy összeállított publikációgyűjtemény segítségével.
Chao, Q. et al. (2019) „A Populus szár transzkriptumának fejlődési dinamikája”, Plant Biotechnology Journal, 17(1), 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) „Az aszkorbinsavtartalom dinamikus változásai az Actinidia latifolia (aszkorbátban gazdag gyümölcstermés) gyümölcsfejlődése és érése során, valamint a kapcsolódó molekuláris mechanizmusok”, International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) „A bioaktív polifillinekben részt vevő bioszintetikus útvonalgének hatékony előrejelzése Paris polyphylla-ban”, Communications Biology 2022 5:1, 5(1), 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) „A Tuta absoluta (Meyrick) transzkriptom és a citokróm P450 gének kombinált PacBio Iso-Seq és Illumina RNS-Seq elemzése”, Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) „A transzkriptom komplexitásának felmérése PacBio egymolekula valós idejű elemzésével Illumina RNS szekvenálással kombinálva a ricinolsav bioszintézisének jobb megértése érdekében Ricinus communisban”, BMC Genomics, 20(1), 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
