Nem referencia alapú mRNS Sequencing-NGS
Jellemzők
● Poli mRNS befogása a könyvtár előkészítése előtt
● Független minden referenciagenomtól: az átiratok de novo összeállításán alapul, több adatbázissal (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG) annotált unigének listájának létrehozása.
● A génexpresszió és a transzkriptum szerkezetének átfogó bioinformatikai elemzése
Szolgáltatás előnyei
●Széleskörű Szakértelem: a BMKGENE-nél több mint 600 000 minta feldolgozása során szerzett tapasztalattal, amelyek különböző mintatípusokat, például sejttenyészeteket, szöveteket és testnedveket ölelnek fel, így csapatunk rengeteg tapasztalatot visz minden projektbe. Sikeresen lezártunk több mint 100 000 mRNA-Seq projektet különböző kutatási területeken.
●Szigorú minőségellenőrzés: az alapvető kontrollpontokat minden szakaszban megvalósítjuk, a minta- és könyvtár-előkészítéstől a szekvenálásig és a bioinformatikáig. Ez az aprólékos ellenőrzés biztosítja a folyamatosan jó minőségű eredményeket.
● Átfogó megjegyzések: több adatbázist használunk a differenciálisan expresszált gének (DEG-ek) funkcionális annotálásához és a megfelelő dúsítási elemzés elvégzéséhez, betekintést nyújtva a transzkriptomválasz mögött meghúzódó sejtes és molekuláris folyamatokba.
●Értékesítés utáni támogatás: elkötelezettségünk a projekt befejezésén túl is 3 hónapos értékesítés utáni szolgáltatási időszakkal terjed ki. Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdés-feleleteket kínálunk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolásához.
Mintakövetelmények és szállítás
| Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatok | Minőségellenőrzés |
| Poly A dúsított | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Mintakövetelmények:
Nukleotidok:
| Konc. (ng/μl) | Mennyiség (μg) | Tisztaság | Integritás |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott fehérje- vagy DNS-szennyeződés látható, vagy nincs. | Növényeknél: RIN≥4,0; Állatok esetében: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonali emelkedés |
● Növények:
Gyökér, szár vagy szirom: 450 mg
Levél vagy mag: 300 mg
Gyümölcs: 1,2 g
● Állat:
Szív vagy belek: 300 mg
Zsigerek vagy agy: 240 mg
Izom: 450 mg
Csontok, haj vagy bőr: 1g
● Ízeltlábúak:
Rovarok: 6g
Rákfélék: 300 mg
● Teljes vér: 1 tubus
● Cellák: 106 sejteket
Javasolt mintaszállítás
Tartály: 2 ml-es centrifugacső (ón fólia nem ajánlott)
Mintacímkézés: Csoport+másolat pl. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Szállítás:
1. Szárazjég: A mintákat zsákokba kell csomagolni, és szárazjégbe kell temetni.
2. RNS-stabil csövek: Az RNS-minták RNS-stabilizáló csőben (pl. RNAstable®) száríthatók és szobahőmérsékleten szállíthatók.
Szerviz munkafolyamat
Kísérleti tervezés
Mintaszállítás
RNS extrakció
Könyvtárépítés
Sorrendezés
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
Bioinformatika
Transzkriptum összeállítás és unigén szelekció
Egyedi annotáció
Mintakorreláció és biológiai ismétlődések értékelése
Differenciálisan expresszált gének (DEG)
A DEG-ek funkcionális annotációja
DEG-ek funkcionális dúsítása
Fedezze fel a BMKGene eukarióta NGS mRNS szekvenálási szolgáltatásai által elősegített előrelépéseket egy összeállított publikációgyűjtemény segítségével.
Shen, F. et al. (2020) „De novo transzkriptom-összeállítás és nem-elfogult génexpresszió az amuri harcsa (Silurus asotus) ivarmirigyeiben”, Genomics, 112(3), 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) „A szacharóz metabolizmusának transzkriptomanalízise a hagyma duzzanata és fejlődése során (Allium cepa L.)”, Frontiers in Plant Science, 7. (szeptember), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) „De novo összeállítás, jellemzés és annotáció a Sarcocheilichthys sinensis transzkriptumához”, PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) „A de novo transzkriptomelemzés betekintést nyújt a Podocarpus macrophyllus sótűrő képességébe sóstressz alatt”, BMC Plant Biology, 21(1), 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/ÁBRAK/9.
